焼失したはずの名画「ひまわり」がニューヨークのオークションに出品され、鈴木財閥が落札。そこへその名画を狙って怪盗キッドが出現。後日、「ひまわり」を乗せたジェット機が日本へ向かう空で突如爆発。名画はキッドに奪われてしまう。コナンによって「ひまわり」は奪還したものの、キッドは逃走。コナンはキッドらしくない手口に違和感を覚える。そんな中、7枚すべての「ひまわり」を集めた展覧会が開催されることになり……。

京都・舞鶴湾で行なわれたイージス艦体験航海に参加したコナンたち。航海中、突如近づく不審船に艦内は不穏な空気に包まれる。隊員たちの冷静な対処で体験参加者たちは演習だと信じたが、コナンだけはそれが現実の危機だったことに気付く。そんな中、艦内で自衛隊員の左腕が発見される。灰原や阿笠博士、そして陸上の平次と協力して捜査に乗り出すコナン。やがてコナンは、艦内に某国のスパイ“X”が乗りこんでいることを知る！

東都スタジアムでサッカー観戦を楽しんでいたコナンたち。その頃、毛利探偵事務所に大規模爆破を予告する電話が架かる。阻止するには犯人が残した謎の暗号を解読するしかない。蘭が新一に助けを求めた電話で犯行予告を知ったコナンは、暗号解読に乗り出す。次のターゲットは？　犯人はなぜ、小五郎を狙うのか？　やがて解読に成功したコナンは同時に“あること”を知る。それは、この事件に仕掛けられた恐るべき陰謀であった！

阿笠博士の家のお風呂が壊れてしまったので、毛利蘭と灰原哀と一緒に銭湯へやって来た江戸川コナン。ところが、足を滑らし派手に転倒。そのまま気絶してしまう。そんなコナンを病院に連れて行くと言って車に乗せる怪しい2人の男がいた。ひとりは、人相の悪い入れ墨の男･タツ。裏の世界では『アドリブのタツ』として有名だ。もうひとりは名乗りこそしなかったものの、伝説の殺し屋･コンドウだった! 実は、2人は極秘裏に銭湯で任務を遂行していたが、怪しむコナンに感付かれたと思って連れ去ったのだ。と、コナンが目を覚ますも、なんと頭を打ったショックで記憶喪失になっているようだ。一方、毛利探偵事務所には浮気調査の依頼人が来ていた。名前は香苗。美人に弱い毛利小五郎は香苗と共に元便利屋だったという夫の仕事場へと向かった。そこで夫の写真を見せてもらうが、その写真に写っているのはコンドウの姿だった…。記憶を無くしたコナン、世間を騒がす爆弾テロ騒ぎ、そして売れない貧乏役者桜井が再び巻き込まれる! 最後まで油断できない事件の結末は、一体どこへ着地するのか!?

朝倉都知事に謎の脅迫状が届き、翌日、開通したばかりの都営地下鉄のトンネルが爆破された。コナンの活躍でけが人こそ出なかったが、彼は事件の裏に都知事が大臣時代に建設した新潟県のダムが絡んでいるのではと推理し、恨みを持つ者がいないか捜査を開始する。ダムを造るため移設された北ノ沢村を訪れたコナンたち。だが彼らを待っていたのは、8年間眠り続けている“少年”冬馬と、雪原の真ん中で見つかった男の死体だった。

今日も世界中で活動をするルパン三世。しかし、それはほとんどが違う格好、違う顔、違うジャケットを着ていた。何十人のルパンを海を越えて捜査していた銭形は、それはすべて偽者だと感づいていた。東京の寂れた街。夢も希望も無く、ただ毎日を漠然と過ごすしかなくラーメン屋のアルバイトで生計を立てる青年ヤスオは恋人である人気レポーターのユキコからも愛想をつかされつつあり、叶う事の無い「刺激」を求め続けていた。しかしそんな時店に残っていた緑色のジャケットとスったワルサーP38を切っ掛けに、彼の人生は大きく狂い始めて行く。

ユリウス・カエサルがクレオパトラ7世に贈った〝世界で最も美しいジュエリー“・・・〈光の首飾り〉に〈真紅のルビー〉を埋め込んだ究極の宝物・・・【クリムゾン・ハート】。 それはかつて何者かによって盗み出され、以来、歴史の闇に消え去った。 そして現代。 ルビーと首飾りそれぞれの所有者=東洋・西洋を代表する2人の大富豪が互いの秘宝を狙い合っていた。 アジアの闇社会を牛耳るMr.プラムックと、かつて怪盗ルパンの相棒として名を馳せた老盗賊・ドーソン。 インターポールの銭形警部は、世界中の泥棒たちがドーソンの邸宅に集合するという情報を入手。 ドーソンは、大盗賊団=ザ・ワークスのリーダーであったが引退を表明し、その場で次期リーダーを発表するらしい。 次々集まる名だたる泥棒たちの中には、国際指名手配犯・ルパン三世の姿もあった。 そこにはルパンの仲間である峰不二子、マイケル・リーや、ドーソンの用心棒・次元大介も・・・ だが、この会合を混乱に陥れることを狙ったプラムックは、ルパンをライバル視するマイケルを操って、ドーソン暗殺に成功。 首飾りを手に入れて、ついに【クリムゾン・ハート】を完成させた。 ドーソンの遺志を継ぎ、秘宝奪還を誓うルパン。 そのありかは、地図に載らないジャングルにあり、地雷原と武装兵によって守られる難攻不落の要塞型セキュリティシステム―その名も【方舟(ジ・アーク)】。 ルパン三世は、次元大介、峰不二子、石川五エ門とともに、この「絶対不可能」なミッションに挑む!

高名な建築家の森谷から、高校生探偵・工藤新一宛てにパーティーの招待状が届く。コナンは新一の声で蘭に代理出席を依頼、自分はコナンの姿で付き添うことになった。パーティーの数日後、爆弾のもとになる特殊火薬が盗み出され、連続放火事件が発生。さらには犯人らしき人物から、新一に挑戦するような爆破予告がなされる。見えない犯人を相手に、隠された爆弾を次々と発見していくコナンは、やがて事件の共通点に気付き……。

恋人と甘い一時を過ごす休暇中の草薙素子の元に、仲間となったバトーから爆弾テロの急報が届く。その現場を制圧すると主犯のカルディス人の胸にはテロリスト「スクラサス」のシンボルが刻まれていた。 それと同じ頃、山の手のダムで起きた爆発でひとりの刑事が死亡した。その所持品には“人魚の脚（MERMAID'S LEG）”と記された義体技師の名刺と義体の脚部が遺されていた。それを手懸りに死んだ刑事の後輩であるトグサが捜査を開始する。

15年前、北大西洋上で貨物船第一八代丸が氷山に衝突し沈没。船長とひとりのクルーが犠牲になった。時は流れ現代。大財閥・八代グループの一つ、八代造船の設計士が、自身が手掛けた豪華客船アフロディーテ号の初航海を見ることなく車を運転中に心臓発作で事故死する。その半月後、園子のはからいでコナン、蘭、小五郎たちは、同号の処女航海に参加していた。だが船中には不審な人物が暗躍、ついに殺人事件が発生する……。

高名な元ピアニスト堂本一輝が率いる音楽アカデミーの出身者ばかりを狙った連続殺人が発生。そんな中コナンたちは彼が作った音楽ホールのこけら落としコンサートに招かれた。コンサートの目玉は、バッハが弾いたとされるパイプオルガンとバイオリン“ストラディヴァリウス”の音色、そして、絶対音感を持つ天才歌手・秋庭怜子の歌声であった。しかし、コンサート本番に向けて、数々の不審な事件が起こり始める……。

警察官が連続して殺される事件が発生した。凶悪テロ、あるいは過激派の犯行なのか？　殺された2人はいずれも警察手帳をにぎりしめていた。コナンは小五郎とともに事件について聞き出そうとするが、白鳥刑事が放った一言は“Need　not　to　know（知る必要のないこと）”。これは警察内部で使われる用語で、事件が警察内部に関わることを意味する。警視庁からの情報がない中、ついには蘭の命までもが狙われる！

請負労働者トムと教師のアナ。祖母から引き継いだ家を改築し幸せに暮らすという夢を抱く夫妻は、経済的に追い込まれ、階下の住人が遺した大金に手を付けてしまい……。ジェイムズ・フランコ主演のクライム・アクション。

51年、赤狩りの気配が忍び寄るハリウッド。新進脚本家ピーターは交通事故で記憶を失い、小さな町にたどり着く。彼を見て戦争から帰った息子だと思いこんだ老人は、彼とともに、休館中の老朽化した映画館マジェスティックを再建しようとする。

美しい高原の街「グリーンフィールド」に住む少女ミーはアンノーンの研究をしている父親のシュリーと共に暮らしていた。ある日、遺跡の調査をしていたシュリーがアンノーンの空間に閉じ込められてしまい、行方不明となった。父親が残した奇妙なカードをミーが並び替えた時、「アンノーン」達が出現し、彼女の感情を感じ取り、エンテイを生み出した。声や雰囲気から父親がエンテイになって帰ってきたと思い、ミーは喜んだ。 一方、サトシたちも旅の途中でトレーナーのリンとのポケモンバトルを繰り広げ、ジョウト地方で女性が行きたい場所No.1の「グリーンフィールド」を訪れていた。突如グリーンフィールドがクリスタルで囲まれたことに困惑するサトシ達。シェリーや娘のミーが気掛かりになったオーキド博士とハナコも現場に向かい、サトシと再会した。その様子を見ていたミーは自分もママが欲しいとエンテイに願うと彼女の願いを叶えるため、ハナコを連れ去ってしまう。グリーンフィールドの結晶化が進む中、ミーはサトシ達に両親が帰ってきたから来ないようにメールが来る。それに疑問に思う一同であったがサトシはハナコを救うため、カスミやピカチュウ達と共にグリーンフィールドの中心に出来た結晶塔へ向かう。

1980年代初頭からアメリカ各地で多発した銀行強盗事件の犯人であるフォレスト・タッカーは、15歳で初めて投獄されて以来、逮捕、脱獄を繰り返していた。彼は発砲もしなければ暴力も振るわないという風変わりなスタイルを貫き、粗暴な強盗のイメージとはほど遠い礼儀正しい老人だった。

太陽風の増加が原因で砂漠化が進み、人類存亡が迫りつつある2044年。人間に代わる労働力としてオートマタと呼ばれる人工知能搭載ロボットが人々の生活に浸透していた。さらに、生命体に危害を加えない、自身で修理・改善しないというルールが製造時に組み込まれており、人間との共存に支障が出ないシステムが確立されていた。そんな中、オートマタ管理者ジャックは彼らが自発的に修理を行っていたのを知って驚く。その首謀者と目的を探る彼だが、思わぬ事実に突き当たる。

アート競売人のサイモンはギャング一味と協力し、オークション会場から40億円の名画を盗み出すことに成功する。しかし計画外の動きを見せた彼はギャングのリーダーに暴行され、それが原因で絵画の隠し場所の記憶をなくしてしまう。リーダーは絵画のありかを聞き出すため、催眠療法士を雇う。

言葉が話せ、人間以上の知能を誇る天才犬ピーボ博士と、養子になった人間の少年シャーマン。2人は実の親子以上の絆で結ばれていた。だがある日、シャーマンが学校で同級生の少女ペニーとトラブルを起こしてしまう。博士はペニーと両親を自宅に招き、和解するためのパーティーを開くのだが、そのさなか博士がタイムマシンを発明したことを知ったペニーが、勝手にマシンを使って古代エジプトへとタイムトラベルしてしまう。

いつかは地元を抜け出して大金を稼ぐ…。23歳、EDMシーンでスターになることを夢見るDJのコールと地元の仲間達。クラブでのナイトライフを日々楽しみつつも、誰もが心のどこかで自分の将来に悩んでいた。そんなある日、コールは心に傷を負ったカリスマDJのジェームズと出会う。彼はコールを若かりし頃の自分に重ね合わせ熱心に指導し始める。真剣に夢へと向かって走り始めたコールと仲間達の間にはいつしか歪みが生まれてしまう。ついに、一大フェスへの出演チャンスを貰えたコールだったが、ジェームズの恋人ソフィーに想いを寄せたことで、事態は複雑になる。仲間、恋、夢の間でもがき苦しむコールが、最後に掴む未来とは…。