遥かな昔、謎の異星人「降臨者」が地球に残した3つの「ユニット」と呼ばれる物体。高校生の深町晶は偶然その1つを手に入れ、殖装体「ガイバー」となってしまい、降臨者の遺したデータを悪用し世界征服を目論む秘密結社「クロノス」に追われることとなる。 「調製」と呼ばれる遺伝子操作により強大な力を持った怪人「獣化兵（ゾアノイド）」達との激闘。クロノス幹部の殖装体「ガイバーII」の襲撃。そして獣化兵を遥かに凌ぐ力を持つ「超獣化兵（ハイパーゾアノイド）」。晶は苦戦しつつもガイバーの能力でこれらの強敵を撃退する。 「ガイバーIII」巻島顎人の暗躍もあり、クロノス日本支部を壊滅させるが、世界規模の組織であるクロノスには到底太刀打ちできず、次第に追い詰められていく晶たち。 「獣神将試作体（プロト・ゾアロード）」である村上征樹やクロノス内部の反乱分子達との出会いを経て、晶たちは降臨者がかつて使用していた生体宇宙船（遺跡宇宙船）を手に入れる。しかし最高位の調製体「獣神将（ゾアロード）」で構成された「クロノス十二神将」と総帥アルカンフェルの登場により晶たちはなすすべもなく敗北する。 そして199X年8月17日、世界規模のクーデターの成功により、クロノスの統治する世界が実現した。 それから1年。「巨人殖装（ガイバー・ギガンティック）」という強大な力を得て復活した晶は、人類の命運を担う戦いへと身を投じていく。その彼を中心に敵・味方が交錯する。 かつて敵として戦ったが、クロノスを裏切り晶に味方する「戦闘生物（バトルクリーチャー）」アプトム。再調製を受け十二神将の1人として晶たちの前に立ちはだかる、かつての同志村上。晶から巨人殖装を奪い、自らの軍団を率いて世界の覇者を目指す、野望の男ガイバーIII・顎人。野心を持ち反逆を企てるが失敗し、力を奪われ組織を追われた元獣神将リヒャルト・ギュオーの謀略。ギュオーと手を結ぶ、新たに登場した四人目の殖装体「ガイバーII F」、その女性殖装者ヴァルキュリア。 降臨者自身の手による調製を受け、数万年を生きるクロノスの盟主、獣神将アルカンフェルの真意とは何か。 それぞれの思惑を胸に戦いは続く。