ある日の夜、空き地でドラえもんのひみつ道具「生命のねじ（いのちのねじ）」で命を得たウマのぬいぐるみ「パカポコ」がのび太と一緒に走りの練習をしていた。しかし空き地は手狭であり、またのび太はジャイアンやスネ夫に「牧場を持っている」と嘘をついてしまったため、何とかならないかと考えていると、ドラえもんが未来から福引の小惑星引換券のはずれ券を持ってくる。そこに牧場や町を作ろうと思ったのび太は早速、小惑星を調べてみる。ところがいろいろ調べても、地球とはまったく違っていて小さくて穴だらけ。しかし最後の1枚を調べるとなんとそこは、大自然の広がる美しい星であった。 のび太とドラえもん、そしてしずか、ジャイアン、スネ夫のいつものメンバーで、この星におもちゃの町を作ろうと考えた。のび太がその町を「ねじ巻き都市（ねじまきシティ）」と名づけた。のび太たちと、ドラえもんが誕生させたぬいぐるみたちによって住みやすい所になりつつあるが、不審なことにどこからともなく「出ていけ」との声が聞こえるようになる。 そんなある日のこと、1人の脱獄囚がねじ巻きシティに忍び込む。熊虎鬼五郎という前科百犯の犯罪者である。この星を自分のものにしようとした熊虎は偶然落ちていた「タマゴコピーミラー」を使い、たくさんの自らのクローンを誕生させる。 ドラえもんたちは熊虎が忍び込んだのも知らず、雷のショックで生まれたピーブたちとともにさらなる町づくりをする。ねじ巻きシティを舞台に、ドラえもんたちと熊虎の戦いが始まろうとしていた。