徳川幕府の終わりが宣言され、徳川慶喜が大阪へと下ったことで、新選組も戦いに備えて伏見奉行所へ屯所を移すことになる。そして慶応3年、新選組隊士の市村鉄之助は、かねて親しくしていた少女・沙夜への思いを抱きながらも、副長・土方歳三の小姓として、隊医で親友の山崎烝、兄の辰之助らと新選組として運命を共にしようとするだが……。