ある夜、金色の魔法使いにコヨミが誘拐された。コヨミを追ってきた操真晴人の前で金色の魔法使いはコヨミの魔力と自分のクリエイトウィザードリングの魔力を利用し、虹色に輝く光の竜巻を発生させる。その竜巻に巻き込まれた晴人は何とかコヨミの手を掴んだものの、意識を失ってしまう。 そして夜が明け、目覚めた2人が目にしたのは、一見すると普段通りの風景であるものの、周りの人々はみな魔法を使って暮らしている光景であった。世界は虹色の竜巻によって魔法使いの国に変えられてしまっており、全ての住人は魔法使いとして、ホウキで空を飛んだり、使い魔をペットとして扱うことがごく当たり前の日常を送っていた。さらにお金の代わりに魔力で売買を行う魔力流通システムが、この世界における社会の根幹をなしていた。そんな不思議な世界で晴人とコヨミは協力者である奈良瞬平と大門凛子、さらには仁藤攻介と出会うが、この世界に元々いた住人となっていた彼らは2人のことも全く知らぬ素振りを見せており、輪島繁の面影堂も魔法の指輪を扱うショップに様変わりしていた。 その面影堂では、かつて虹色の竜巻で母親と離れ離れになったシイナという少年が働いていた。母親を捜して街をさまよっていたある夜、シイナは偶然にも「金色の魔法使い」が虹色の竜巻を使って人々を攫う姿を目撃し、金色の魔法使いの正体が国を治めるマヤ大王ではないかと推測する。シイナの言葉を信じる晴人は仁藤と共にマヤ大王のいるエメラルド城に潜入し、魔力流通システムの秘密とそれを利用したマヤ大王の恐るべき計画を知る。しかし秘密を知った晴人はマヤ大王によって、異世界からの侵略者として指名手配されてしまう。