高校生のピーター・パーカー(トム・ホランド)は夏休みを迎え、親友のネッド(ジェイコブ・バタロン)やMJ(ゼンデイヤ)たちとヨーロッパへ旅行に行く。ところが、ピーターの前にS.H.I.E.L.D.の長官ニック・フューリー(サミュエル・L・ジャクソン)が現れ、彼にある任務を与える。

アベンジャーズの一員ソーの前に死の女神・ヘラが現れた。復讐と野望に燃えるヘラは、ソーの故郷へ攻撃をはじめる。故郷を奪われたソーは、この最強の敵を倒すため盟友ハルク、宿敵ロキらと型破りのチーム“リベンジャーズ”を組み極限バトルに挑む。 そこには、ソーの運命を変える秘密が隠されていた。

たまたま出会ったノリで結成された銀河一の“落ちこぼれ”チーム＜ガーディアンズ・オブ・ギャラクシー＞。小遣い稼ぎに請けた仕事をきっかけに、“黄金の惑星”の艦隊から総攻撃を受けることに。 間一髪、彼らを救ったのは“ピーターの父親”と名乗る謎の男エゴと、触れただけで感情を読み取れるマンティスだった。ピーターの出生に隠された衝撃の真実とは？ さらに銀河全体を脅かす恐るべき陰謀が交錯していき、彼らがなぜか銀河滅亡を阻止する最後の希望に。 その運命の鍵を握るのは、小さくてキュートな最終兵“木”グルートだった…。

人間社会から孤立した女性のみの一族のプリンセスとして生まれたワンダーウーマンは、自分が育ってきた世界以外の環境を知らず、さらに男性を見たこともなかった。ある日、彼女は浜辺に不時着したパイロットと遭遇。彼を救出したことをきっかけに、ワンダーウーマンは身分を隠して人間社会で生活していくことにする。

ニューヨーク。今やニューヨークのアイコンとして、市民に愛される存在となったスパイダーマン。その正体であるピーター・パーカーも学業の傍らで愛するメリー・ジェーン・ワトソン（MJ）との交際を続け、順風満帆な日々を過ごしていた。MJも女優としての活動を続けており、ついに念願のブロードウェイ・デビューを果たすまでに。ピーターはMJへのプロポーズを決意し、メイおばさんにその事を打ち明けた。「MJを幸せにする」と言うピーターに、おばさんは亡きベンおじさんがくれた婚約指輪をそっと託すのだった。

猿と人類の全面戦争が始まってから2年が経ち、シーザーが率いる猿の群れは、森の奥深くのとりでに姿を隠していた。ある日、奇襲によってシーザーの妻と息子の命が奪われる。シーザーは人類の軍隊のリーダーである大佐に復讐するため、オランウータンのモーリスらと共に旅立つ。

天才的な技術を誇るが傲慢な性格だけが欠点の神経外科医スティーブン・ストレンジは、不慮の事故で両手の機能を失い、築いてきたキャリアの全てが崩壊する。手の治療と失われた人生を取り戻すため、あらゆる手段を模索するストレンジは、やがて神秘に満ちた魔術の力へとたどり着く。魔術の修行に励むストレンジは、強大な敵との戦いに巻き込まれていき、医師として相手を傷つけることに苦悩し、外科医に戻るか最強の魔術師として戦う道に進むかの選択を迫られる。

アベンジャーズのリーダーとなった、キャプテン・アメリカ。しかし、彼らが世界各地で繰り広げた戦いが甚大な被害を及ぼしたことが問題になる。さらに、それを回避するためにアベンジャーズは国際的政府組織の管理下に置かれ、活動を制限されることに。アイアンマンことトニー・スタークはこの処置に賛成するが、自発的に平和を守るべきだと考えるキャプテン・アメリカはそんな彼に反発。二人のにらみ合いが激化していく中、世界を震撼させるテロ事件が起きてしまう。

幼くして両親を亡くし、伯父夫婦のもとで大切に育てられたピーター。高校3年生となった彼は、6歳の頃からずっと思いつづけている隣家のメリー・ジェーンに未だに打ち明けることができないちょっと冴えない高校生。ある日ピーターは親友のハリーから彼の父親ノーマン・オズボーンを紹介される。ノーマンは巨大軍需企業オズコープ社の経営者にして天才科学者。ノーマンはピーターの科学の才能を高く評価、彼に目を掛けるようになる。そんなピーターは、大学の研究所を見学した際、遺伝子組み換えでスーパースパイダーとなったクモに刺されてしまう。その瞬間、ピーターの身体に異変が起こり始める。

若き国王ティ・チャラ、またの名を漆黒のヒーロー＜ブラックパンサー＞。2つの顔を持つ彼の使命は、祖国、超文明国家ワカンダの秘密である“ヴィブラニウム”を守ること。それは、世界を破壊するパワーを秘めた鉱石だった。突然の父の死によって王位を継いだティ・チャラは、人類の未来をも脅かすこの秘密を守る使命を負う事になる。

スパイダーマン、死す── スパイダーマンことピーター・パーカーの突然の訃報により、ニューヨーク市民は悲しみに包まれる。13歳のマイルス・モラレスもその一人──彼こそがピーターの後を継ぐ“新生スパイダーマン”だが、その力を未だに上手くコントロール出来ずにいた。そんなある日、何者かにより時空が歪められる大事故が起こる。その天地を揺るがす激しい衝撃により歪められた時空から集められたのは、スパイダー・グウェン、スパイダーマン・ノワール、スパイダー・ハム、そしてペニー・パーカーと彼女が操るパワードスーツ。彼らは全く別の次元＝ユニバースで活躍する様々なスパイダーマン達だった。

2029年、この25年間で新たなミュータントは生まれておらず、彼らの存在は絶滅の危機に瀕している。かつて「ウルヴァリン」の名で知られていたローガンことジェームズ・ハウレットはテキサス州で運転手として働き、メキシコ国境の向かい側に位置する放棄された製錬工場でキャリバンやチャールズ・エグゼビアと共に暮らしていた。ある日、ローガンはガブリエラ・ロペスから、ローラという名の11歳の少女をノースダコタ州にある「エデン」まで送り届けて欲しいという依頼を受ける。

人類とトランスフォーマーが反目し合い、オプティマス・プライムが姿を消してしまう中、地球の存亡を左右する危機が到来。事態を収束すべく、発明家ケイド・イェーガー、オプティマスの後を継いでオートボットを率いるバンブルビー、謎多き貴族の老人、オックスフォード大学の教授によるチームが結成される。

両親を亡くし叔父のベンと叔母のメイの許で育てられたピーターは、ある日自分の父親が残したバッグに隠された資料をみつける。父について知りたいピーターは父の研究者仲間だったコナーズ博士に近づき博士の授業に参加する。しかし単独で行動し侵入した部屋で遺伝子の組みかえられたクモに刺され、博士の下で勉強している同級生のグウェンに追い出される。その帰りの電車の中でピーターは驚異的な力に目覚める。

スパイダーマンとしてニューヨークの平和を守り、グウェンとの関係も好調なピーター。だが、旧友のハリー・オズボーンがニューヨークに戻ってきたのを機に、充足していた生活が微妙に変化していく。そんな折、サイ型パワードスーツを装着したライノ、人間発電機エレクトロという敵が出現。苦闘を強いられる中、追い打ちをかけるように怪人グリーン・ゴブリンとなったハリーが襲い掛かってくる。

宇宙において最凶・最悪の存在であるサノスが、自身の野望の実現に向けて立ち上がる。それは宇宙で生きている者の半分を葬り去り、“バランスの取れた宇宙”を実現するというもの。サノスはそのために、6つそろえればその野望を叶えることができる“インフィニティ・ストーン”を集め始める。サノスはまず、ソーとハルクが乗ったアスガルドの宇宙船を襲い、やがてドクター・ストレンジらがいる地球のニューヨークにも襲い掛かる。

1940年、連合軍の兵士40万人が、ドイツ軍によってドーバー海峡に面したフランス北端の港町ダンケルクに追い詰められる。ドイツ軍の猛攻にさらされる中、トミーら若い兵士たちは生き延びようとさまざまな策を講じる。一方のイギリスでは民間船も動員した救出作戦が始動し、民間船の船長ミスター・ドーソンは息子らと一緒にダンケルクへ向かうことを決意。さらにイギリス空軍パイロットのファリアが、数的に不利ながらも出撃する。

ベイビーは、その天才的なドライビング・センスを買われ、闇組織の運転手として銀行、現金輸送車を襲ったメンバーの逃亡を手助けすることを仕事としていた。彼は、子供の頃の交通事故が原因で耳鳴りに悩まされ続けていたが、音楽を聴くと耳鳴りがかき消され、ドライビング・テクニックがさらに覚醒し誰も止めることも追いつくこともできない、イカれたドライバーへと変貌するのだった。組織のボスで作戦担当のドク、すぐにブチ切れ銃をブッ放すバッツ、凶暴すぎる夫婦、バディとダーリン。彼らとの仕事にスリルを覚え、才能を活かしてきたが、恋人デボラの存在を組織に嗅ぎつけられたことから、合衆国郵便局の襲撃を最後の仕事に、このクレイジーな環境から抜け出す決意をする。

ブルース・ウェインは、スーパーマンの捨て身の行動に影響を受け、再び人類を信じるようになる。彼は新たな相棒ダイアナ・プリンスの手を借り、強敵との戦いに備えて準備を進める。バットマンとワンダーウーマンとしてお互い協力を約束した彼らは、共に戦ってくれるヒーローたちを集める。

いろいろなガジェットを使い犯罪を繰り返すバルタザール・ブラットを逃したことで、反悪党同盟を追い出されてしまうグルー。意識消沈する中、生き別れになっていた双子の兄弟であるドルーの存在が判明する。対面を果たしたグルーは、豊かな金髪に輝く笑顔で父親からばく大な遺産を受け継いだ、自分とは違い過ぎるドルーに驚く。一方、グルーが悪の道に戻らないことがわかり彼と決別したミニオンたちは、新たなボスを探す中で思わぬ事態になる。