2012年12月、湾岸署が管轄内で行われている国際環境エネルギーサミットの警護で慌ただしい中、その会場内で誘拐事件が発生、数時間後に被害者は射殺体で発見された。捜査会議が開かれるが、使用された拳銃が警察が押収した物の一つだと発覚したことから、その隠蔽のため、全ての捜査情報を鳥飼に文書として報告し、所轄には極秘状態という異例の捜査体制となる。 やがて捜査本部はある一人の男性に注目。本庁に類が及ばないよう、現場を知る所轄を信頼しているからと言葉巧みに湾岸署刑事課強行犯係を誘導して、この男を任意同行させ、捜査本部による自白強要によって被疑者に仕立てて事態収束を図るが、青島はそんな上層部達の不審な動きに気付いていく。そんな中、第二の殺人事件が発生、被害者が当時交渉課課長時代の真下も関わった6年前の誘拐殺人事件の被告で無罪判決を受けていたことが判明する。一方、独自に動いていた青島は鳥飼の策により、先だって捜査本部が逮捕した被疑者に対する「誤認逮捕」「自白強要」という冤罪を着せられて辞職勧告にまで追いやられ上層部に警察手帳を奪われる。一方で室井も事件の捜査本部長の任に就いた後に青島の責任を取る形での辞職が決定されてしまう。 そして真下の息子が誘拐される第三の事件が発生。警察手帳を取り上げられてしまった青島だったが、誘拐事件の発生を知り室井に報告し共闘を進言。室井はこれを受け入れて青島に捜査への参加を命令する。青島は室井からの命令を受けて人質救出・犯人逮捕に奔走。一方、捜査本部を率いる室井は本庁・所轄問わずに集められた情報から事件の真相へと近づいていく。