「太一が大人になると、ボクたち一緒にいられないの?」「俺たちは、ずっと一緒だ」 ＜太一とアグモンたちが出会い、デジタルワールドを冒険した夏から十年以上が経過した2010年。 世界中の“選ばれし子どもたち"は徐々にその存在が認知され、現実世界にデジモンがいる風景も珍しくなくなっていた。 太一は大学生となり、ヤマトたちもそれぞれ歩むべき道を見定め、自身の進路を進み始めていた。 そんな中、世界中の“選ばれし子どもたち"の周囲で、ある事件が起こり始める。 太一たちの前に現れたデジモンを専門に研究する学者・メノアと井村は、"エオスモン"と呼ばれるデジモンが原因だと語り、助力を求めてくる。 事件解決に向けて、太一たち選ばれし子どもたちが再び集結。 しかし、エオスモンとの戦いの中でアグモンたちの“進化"に異変が起こる。 その様子を見たメノアは、太一たちに衝撃の事実を語る。 選ばれし子どもが大人になった時、パートナーデジモンはその姿を消してしまう――。 エオスモンの脅威は、次第に太一の仲間たちにも及んでいく。 戦わなければ仲間を救えない、しかし無理な戦闘はパートナーとの別れを早めていく事に。 ずっと一緒にいると思っていた。 一番大切な存在と別れてでも戦うのか?“選ばれし子ども"が大人になるということ―。 変えられぬ宿命を前に、太一とアグモンの"絆"が導き出す、自分たちだけの答えとは？＞

影山と切磋琢磨（せっさたくま）することでモチベーションもスキルもアップし、彼とのコンビネーションも良くなってきた日向。インターハイに出場した二人をはじめとする烏野高校バレー部は、常波高校を破って伊達工業高校と対戦することに。伊達工業が繰り出す鉄壁のブロックに苦戦を強いられながらも激闘の末に勝ち進んだ彼らは、県内で屈指の実力を誇る及川徹が所属する青葉城西高校と対峙（たいじ）するが……。

お台場とデジタルワールドを行き来した冒険の日々から10年が過ぎた2012年。それぞれの道を歩き出しつつも、大輔たち選ばれし子どもたちとパートナーデジモンは変わらぬ絆で結ばれていた。そんなある日、突如巨大なデジタマが東京タワー上空に出現し、世界中へメッセージが発信される。「みんなにともだちを。世界中すべてのひとにデジモンを」世界がその動向を注目する中、大輔たちの前に欠けたデジヴァイスを持った青年・大和田ルイが現れる。選ばれし子ども誕生の裏側には、幼いルイのたった一つの願いが隠されていた……。過去そして現在、全てが繋がった時、デジモン史上最大の危機が訪れる。果たして大輔たち02チームが選んだ道とは？今再び、大人になった選ばれし子どもたちが出動する！