『仮面ライダースカル メッセージforダブル』 鳴海亜樹子は紆余曲折の末に芽生えた照井竜 / 仮面ライダーアクセルとの愛を育み、結婚する事に。だが結婚式当日もアクセルに変身して戦おうとする竜に激怒。"仮面ライダー"自体に嫌気がさす。(この事を照井は『仮面ライダーアレルギー』と説明している。) 途中、亜樹子はWが謎の怪人・プテラノドンヤミーと戦う場面に遭遇。その怪人が所持していたメモリーメモリの力によって、亜樹子の意識は過去の風都へ飛ばされる。 過去の風都で起きた「最初のドーパント事件」を通して、亜樹子は父・鳴海荘吉 / 仮面ライダースカルの「ビギンズナイト」を知る。 『仮面ライダーオーズ ノブナガの欲望』 鎧を身にまとった織田信長のミイラが発見され、鴻上ファウンデーションはセルメダルを使用した最先端技術で、織田信長をホムンクルスとして蘇生させた。青年姿で蘇生したノブナガは記憶を失ったまま、鴻上生体研究所を脱走する。 戦国武将の子孫を殺害して回る鎧武者怪人を追っていた火野映司 / 仮面ライダーオーズは、その過程で偶然出会ったノブナガの面倒を見る事に。無垢だったノブナガは図書館などで急速に現代の知識を学んでいき、アルバイトからとある会社の社員になると、比奈の先輩である明智よしのが出場するダンスオーディションの場で会社を乗っ取って社長にまで上り詰める。 『MOVIE大戦CORE』 憑代を失ったサソリ・カニ・エビの3枚のコアメダルの意思が過去の仮面ライダーの苦しみ・悲しみといった偏った記憶を取り込んだメモリーメモリと融合し、邪悪なエネルギー集合体・仮面ライダーコアが誕生した。 Wとオーズの2人の仮面ライダーは、全てを破壊し尽くそうとするその脅威を喰い止めるために、地球の中心である「核」に戦いの場を移し最終決戦を繰り広げる。

『仮面ライダーディケイド 完結編』 紅渡により自分の本来の使命を宣告され、遂に「世界の破壊者」である事を受け入れてしまった門矢士 / 仮面ライダーディケイドは、「ライダー大戦」を勃発させた後、姿を消した。 光夏海の悲痛な叫びも空しく、士はディケイドに変身して多くの仮面ライダー達を次々と倒していく。そしてディケイドは、小野寺ユウスケが変身した仮面ライダークウガ アルティメットフォーム（ダークアイVer.）を激戦の末に倒し、その使命を完遂する。全てのライダーを倒した士の前に姿を現したのは、彼を止めるという決意を固め、仮面ライダーキバーラとなって士との戦いに臨む夏海だった。

亜希子との新婚生活をスタートさせた照井竜。そんな時に発生した連続スリ殺人事件。ドーパント犯罪と睨み捜査を開始した竜率いる超常現象捜査課だったが、その最中に刃野刑事が凶弾に倒れた!そして、なんと竜が容疑者に!事件の鍵を握る女スリ・葛木葵と、捜査の手の逃れ独自に事件を追う竜だが、アクセルメモリが奪われ変身もできない！さらに、女と逃亡を知り激怒した亜樹子とは離婚危機に!?次々と襲い掛かるピンチを竜は振りきることができるのか!?

風都タワー完成30周年の夏、「A」から「Z」までの26個の次世代ガイアメモリT2ガイアメモリを輸送する財団Xのヘリコプターが、世界各地でその名を馳せる不死身の傭兵集団NEVER（ネバー）による強襲の末に自爆し、風都全土にT2メモリが飛散して市民が次々とドーパントに変身していく事件が発生する。 事態の収拾に動こうとするWとアクセルは、国際特務調査機関から訪れたというマリア・S・クランベリーから顛末を聞く。そんなマリアにフィリップは、彼女はシュラウドで自分の母親かもしれないと思い込む。そして、風都にはT2ガイアメモリを得たNEVERが侵攻を開始し、Wとアクセルの前にはNEVERを率いる大道克己が仮面ライダーエターナルに変身して立ち塞がる。エターナルは、Wのファングジョーカーやサイクロンジョーカーエクストリームを平然と圧倒したうえ、マキシマムドライブを発動させて旧世代のガイアメモリの機能を停止させてしまう。 変身できなくなったWとアクセルは、風都を守り抜けるのだろうか。今、占拠された風都タワーにて、NEVERを相手にしたW最大の決戦が始まる。