[位相差空間ゲート]によって短時間で惑星間を航行できるようになり宇宙時代を迎えていた未来の太陽系。賞金の掛かった犯罪者を追って宇宙を飛び回る、通称”カウボーイ”と呼ばれる賞金稼ぎが生業のスパイクとジェットは元マフィアと元警官。記憶喪失の上に莫大な借金を背負っている謎の女フェイ、野生児のような天才ハッカーのエド、人間並みの知能を持つデータ犬アインが加わって4人と1匹が惑星間航行船ビバップ号で奇妙な共同生活を送ることになる。

宇宙暦3199年、我々の住む太陽系を含む天の川銀河（A(アー)銀河）は、資源やエネルギーなどを狙う4つの銀河からやって来た4つの敵艦隊[3]の攻撃により壊滅的な被害を受けていた。味方から「ボロブネ」などと嘲られながらもA銀河最後の艦として参戦した大YAMATO零号は未曾有の危機に立ち向かうこととなる。

商社マンの岡島緑郎は東南アジアへ出張中に海賊まがいの運び屋「ラグーン商会」に誘拐された。しかし、自分の会社に見捨てられた岡島は“ロック”として「ラグーン商会」の一員となる

県内随一の進学校である県立北栄高校1年A組のクラス委員、宮沢雪野は幼少時代から自他共に認める成績優秀・スポーツ万能・容姿端麗な優等生。しかし彼女の本性は虚栄心の塊で、他人からの賞賛や注目を浴びたいがために日々たゆまぬ努力を行い品行方正な人物を演じていたのだった。ところが同じ1年A組クラス委員の有馬総一郎は、雪野の念願だった新入生総代をさらったうえに美形で運動神経に優れ性格も人当たりも良い、本物の優等生だった。自分以上の注目を集める総一郎に（うわべでは優しく接しつつも）激しい対抗心を燃やす雪野は、猛勉強でテスト学年1位を奪取し、総一郎からの告白もあっさり断るが、ある日わずかな油断から自分の本性を総一郎に知られてしまう。

1986年、天才的な技術を持つ日本人脳外科医・Dr.テンマは、ハイネマン院長の娘エヴァと婚約し、ゆくゆくは外科部長から院長という出世コースを掴みかけていた。医師として漠然とした疑問を感じつつも、深く考えることなく手術を重ね、研究に打ち込んでいた。 そんなある日、西ドイツ（当時）・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を銃で撃たれた重傷の少年ヨハンが搬送されてくる。Dr.テンマは、院長の命令を無視してオペを担当し、ヨハンの命を救う。しかし、院内の政治力学によって、テンマの順風な状況は一変し、出世コースから転落する。そんな中、院長、外科部長らの殺害事件が発生。同時に、入院中だったヨハンと双子の妹が失踪する。 1995年、外科部長として職務に励んでいたテンマの前に、美しい青年に成長したヨハンが現れる。テンマの患者ユンケルスを目の前で何の躊躇もなく射殺し、過去の殺人を告白するヨハン。自らの責任を感じたテンマは、怪物ヨハンを射殺するために、ヨハンの双子の妹アンナに会おうとする。殺人犯の濡れ衣を着せられ、キレ者のルンゲ警部に目をつけられたテンマは、ドイツを逃亡しながらヨハンを追跡するのであった。

1986年、天才的な技術を持つ日本人脳外科医・Dr.テンマは、ハイネマン院長の娘エヴァと婚約し、ゆくゆくは外科部長から院長という出世コースを掴みかけていた。医師として漠然とした疑問を感じつつも、深く考えることなく手術を重ね、研究に打ち込んでいた。 そんなある日、西ドイツ（当時）・デュッセルドルフのアイスラー記念病院に、頭部を銃で撃たれた重傷の少年ヨハンが搬送されてくる。Dr.テンマは、院長の命令を無視してオペを担当し、ヨハンの命を救う。しかし、院内の政治力学によって、テンマの順風な状況は一変し、出世コースから転落する。そんな中、院長、外科部長らの殺害事件が発生。同時に、入院中だったヨハンと双子の妹が失踪する。 1995年、外科部長として職務に励んでいたテンマの前に、美しい青年に成長したヨハンが現れる。テンマの患者ユンケルスを目の前で何の躊躇もなく射殺し、過去の殺人を告白するヨハン。自らの責任を感じたテンマは、怪物ヨハンを射殺するために、ヨハンの双子の妹アンナに会おうとする。殺人犯の濡れ衣を着せられ、キレ者のルンゲ警部に目をつけられたテンマは、ドイツを逃亡しながらヨハンを追跡するのであった。

『装甲騎兵ボトムズ』と同じ世界観で作られた物語はTV版『ボトムズ』第1話の4ヶ月前、つまり百年戦争終結2 ヶ月後からスタートする。ストーリーは『ボトムズ』に依拠しないオリジナルだが、事件発端の大元の部分ではクロスオーバーしている。 ー メロウリンク・アリティは、味方が無事に撤退するための捨て石にされたシュエップス小隊の、唯一の生き残り兵士。しかし彼は軍法廷で敵前逃亡、公金横領の濡れ衣を着せられてしまう。これがどさくさ紛れに物資を隠匿した軍高官たちの陰謀だと知ったメロウリンクは、死んだ戦友たちの恨みを晴らすための復讐を開始する。

ロボット工学の権威、東 (あずま) 博士の作った公害処理用アンドロイドBK-1が落雷のショックで狂い、自らアンドロ軍団を組織し人類制圧に乗り出した。息子の鉄也は、自らアンドロイドと融合することによって「新造人間･キャシャーン」となり、ロボット犬･フレンダー、恋人のルナとともにアンドロ軍団に立ち向かうのだった。