ある雨の日、駅で見知らぬ女子高生に助けられたサラリーマンの天草亮は、その女子高生が妹の親友・有馬一花だと知る。女癖の悪い亮は一花に対し、 お礼にとキスやデートを提案するが、「気持ち悪い」と一蹴されてしまう。 だが、それは亮の中の新たな扉を開いてしまい、彼女に狂信的な恋をする。その日以来、直球すぎるアプローチと愛情表現を毎日のように繰り広げる亮。 それをひたすら気持ち悪がる一花は彼を容赦なく罵倒するが、いつも愛情表現の裏返しとして 受け取られてしまう……。

クラスメイト、全員暗殺者。10年黒組、開講。 舞台となるミョウジョウ学園10年黒組は、たったひとりの標的（ターゲット）とそれを狙う女子高生暗殺者12人で構成されていた。ひとり命を狙われながらも必ず生きて卒業すると誓う一ノ瀬晴。彼女が標的だと気づきつつも、距離が縮まるにつれ、晴がもつあたたかさに次第に惹かれていく東兎角。クラスメイトが刃を剥くとき、兎角は晴の守護者として立ち向かうのか、それとも…？

高校2年生の春、菜穂に届いた「手紙」。その差出人は、10年後の自分だった。初めはイタズラかと思ったが、書かれていることが次々と現実に起こり、「手紙」がこれから起こることを綴っていると知る。転校生の翔を好きになること。そして、17歳の冬に翔が亡くなってしまうこと。翔を失った<26歳の菜穂>の後悔と願いを知った<16歳の菜穂>ができることとは？

《焔牙(ブレイズ)》――それは超化された精神力によって、自らの魂を具現化させて創り出す武器。千人に一人と言われる《焔牙》の適性を持った者に戦闘技術を教える学校・昊陵学園では、生徒達が《絆双刃(デュオ)》と呼ばれるパートナー制度で絆を結び、ともに魂を高め合う。今、《焔牙》が武器の形ではなく、防具――《楯（シールド）》の形をとってしまった《異能（イレギュラー）》の少年・九重 透流と、銀色の髪を持つ少女・ユリエ=シグトゥーナの物語の幕が上がる。パートナーとの絆で未来を掴みとる、学園バトルアクション！！

最強の魔王レオニスは、来たるべき決戦に備え自らの存在を封印した。だが、1000年の時を超えて目覚めたとき、彼はなんと10歳の少年の姿に戻っていた！「なんでだ！？」「君、どうしてここに閉じ込められていたの？ もう大丈夫よ。お姉さんが守ってあげる」＜聖剣学院＞に所属する美少女リーセリアに保護されたレオニスは、変わり果てた世界に愕然。未知なる敵＜ヴォイド＞、＜第〇七戦術都市＞、武器の形をとる異能の力———＜聖剣＞。聞き慣れない言葉に戸惑いつつも、彼は＜聖剣学院＞に入学することに。魔術の失われた未来世界で、最強魔王と美少女たちの織りなす聖剣と魔剣の学園ソード・ファンタジーが幕を開ける！