浅野大義（神尾楓珠）は市立船橋高校吹奏楽部に所属する男の子。担当はトロンボーン。活発で優しく、そして真っすぐな大義は、いつも周囲を明るく照らし、そして大義自身も部員たちに支えられ、青春を謳歌していた。なにより特別な存在である顧問・高橋健一先生（佐藤浩市）に大きな影響を受け、心身共に成長していった。大義は、市船・野球部のために、オリジナル応援曲の作曲に挑戦。作曲の難しさに葛藤しながらも高橋先生からの叱咤激励や親友・佐伯斗真（佐野晶哉＜Aぇ！ group／関西ジャニーズ Jr.＞）の助け、母・桂子（尾野真千子）の応援もあり「市船 soul」が誕生する。そして、いざ試合で演奏されるとたちまち得点を呼ぶ“神応援曲”と呼ばれる様になる。 高校を卒業した大義は、高橋先生の様な教師を志し音楽大学へ進学、夢に向かってキャンパスライフを過ごしていた。そんなある日、大義の身体を異変が襲う。診察の結果、大義の身体は癌に侵されていた―。

小学生の兄弟、航一と龍之介は、両親の離婚で、鹿児島と福岡で暮していた。新しい環境にすぐに溶け込んだ弟・龍之介と違い、鹿児島に移り住んだ兄・航一は、現実を受け入れられず、憤る気持ちを持て余していた。ある日、航一は、新しく開通する九州新幹線、「つばめ」と「さくら」の一番列車がすれ違う瞬間を見ると奇跡が起こるという噂を聞く。もう一度、家族で暮したい航一は、弟と友達を誘い“奇跡”を起こす計画を立てる。

＜持たざる者＞が＜持つ者＞から生きる糧を掠め取り生き延びてきたこの地で、特殊詐欺に加担するネリと弟・ジョー。二人はある夜、思いがけず“億を超える大金”を手にしてしまう。 金を引き出す…ただそれだけだったはずの2人に迫る様々な巨悪。 果たして、ネリとジョーはこの＜危険な地＞から逃れられるのか。

クラスメートに促されるまま、神谷透(道枝駿佑)が日野真織(福本莉子)にうその告白をすると、彼女は本気で好きにならないことを条件に交際を承諾する。やがて互いを知るにつれ、透は本気で彼女に惹(ひ)かれるようになるが、真織は一日ごとに記憶を失ってしまう難病「前向性健忘」であることを明かす。記憶をつなぎ留めようと一日の出来事を日記に記す彼女に対し、少しでも幸福な時間を過ごしてほしいと願う透だったが、自らも重大な秘密を抱えていた。真織の幸せを守るため、透はある計画を練る。

組員が4人しかいない目高組の組長となり、機関銃を抱えて伯父を殺害した相手に殴り込みをかけたという過去を持つ高校3年生の星泉。目高組を解散した彼女は、シャッター商店街の一角でメダカカフェを営む店長として元組員の従業員と共に忙しい毎日を送っていた。そんな中、泉の友人が偽モデル詐欺の被害に遭ったことを知る。

高校入学の日のバスの中で、小学生のとき以来の再会を果たした幼なじみのハルタとチカ。フルートが好きなチカは吹奏楽部に入部を希望していたが、そこが廃部寸前と知り、ホルン経験者のハルタを強引に巻き込んで部員探しに奔走する。やがてなんとかメンバーが集まり、かつては将来を嘱望された指揮者だった教師の草壁を顧問に迎えて新生吹奏楽部が始動する。だが、今度はフルート初心者のチカが実力不足で練習についていけない。

南町奉行所見廻り同心・渡辺小五郎（東山紀之）、絵師でもある経師屋の涼次（松岡昌宏）、役儀任免で南町奉行所自身番となった中村主水（藤田まこと）らは、表稼業をこなしながらも、仕事人として闇にまぎれて悪人たちを討つ日々を送っていた。ただ一人、からくり屋の源太（大倉忠義）だけは、仕事人として人を殺めたことを後悔して葛藤しながら、作太郎（前田航基）とともにめし処「その」を営んでいた。江戸の街では、なぜか薬の値が高騰する事態が起こる。主水が自身番を勤める長屋横丁でも、与平（前田吟）ら貧しい老人たちが薬の高騰にあえいでいた。そこに、薬を安売りする薬種問屋恵比寿屋が現れる。店の主・恵比寿屋善兵衛（竜雷太）は救世主としてあがめられるが、その裏で善兵衛は、舶来モノの安い薬が江戸に入るのを差し止めていたのだった。そんな中、素浪人・権藤伊左衛門（沢村一樹）が江戸にやってくる。彼は小五郎の剣術道場時代の同士で、自慢の剣の腕で世直しをして名を上げようともくろんでいた。のんきに奉行所勤めをしている小五郎の前で、悪人を闇から闇へと葬る仕事人をクズ呼ばわりする伊左衛門。その矢先、薬の高騰に耐えかねた与平たちは、お上に対して長屋に立てこもり、窮状を訴える決意をした。めし処「その」に集まった老人たちの話を小耳にはさんだ伊左衛門は、助太刀を申し出る。人助けと考えた玉櫛（水川あさみ）も加わった。だが、立てこもりを始めた与平や伊左衛門たちのところへ乗り込んできたのは、老人たちを一掃し、長屋の土地を手に入れようともくろむ土建屋の芳之助（田中要次）と、彼が雇った銀五郎（丹古母鬼馬二）ら辰野組のヤクザ者たちだった。

クリスマスの朝、雪が降り積もった城東第三中学校の校庭で２年Ａ組の生徒・柏木卓也の死体が発見される。警察も学校も飛び降り自殺と判断するが、後日、学校関係者のもとに、柏木の死は自殺ではなく、大出俊次をリーダーとするいじめグループによる殺人だったと訴える匿名の告発状が届く。やがてそれはマスコミにも伝わり、ワイドショーを連日賑わすことに。それでも学校側は穏便に事を収めようと後手を踏むばかりで、事態は悪化の一途を辿っていく。そんな中、事件の第一発見者で２年Ａ組のクラス委員を務める藤野涼子は、大人たちには任せておけないと、自ら真実を暴くべく立ち上がる。そして、全校生徒に対し大出を被告人とする学校内裁判の開廷を提案する藤野だったが…。

前代未聞の中学生による校内裁判、遂に開廷。被告は、告発状によってクラスメイト殺害の嫌疑がかけられた問題児。校内裁判の提案者である藤野涼子は検事として、彼の有罪を立証しようとする。対する弁護人は、他校生ながら裁判に参加する神原和彦。さまざまな思惑が絡み合う中、真相を究明しようと彼らは必死に奔走する。そして、裁判は思いもよらぬ人物の【証言】で幕を閉じる。真相を知った彼らが、その先に見たものは―。