貝塚北署所轄内で、顔をつぶされ指紋も焼かれた男の死体が発見された。少ない遺留品から身元が判明、担当刑事の内海と草薙は弁当屋を営む被害者の元妻・靖子を訪ねる。だが有力容疑者と思われた彼女には完璧なアリバイがあった。捜査に行き詰まった2人は、帝都大学の物理学者、“ガリレオ”こと湯川に協力を求める。当初は興味を示さない湯川だったが、靖子の隣人が学生時代に数学の天才と認めた親友・石神であることを知り……。

主人公「マ男」はある時、3年前に入社した会社で、ある「限界」を感じ、2007年11月24日に、スレッド「ブラック会社に勤めてるんだが、もう俺は限界かもしれない」を立てたのだった。主人公はそのスレッドで、その「限界」について伝えるため、入社からスレッドを立てるまでに会社で起きたことを書くことにする。

東京・六本木の廃校で毎晩開かれる非合法の格闘技ショー“ガールズブラッド”。性同一性障害の空手家、皐月らは、肌を露出したコスプレで戦っていた。ある日、ガールズブラッドに美しい人妻の千夏がやってくる。皐月と千夏は恋に落ちるが、千夏をDVで苦しめた夫が彼女のもとに訪れ…。

地方都市で写真館を営む深沢雅仁は、妻・慶子と小学４年の息子・英治、幼稚園児の娘・絵里奈の４人家族。慶子のお腹には新たな命も宿り、幸せな毎日を送っていた。そんなある日、２人だけで買い物に出かけた兄妹が交通事故に遭ってしまう。英治は奇跡的に一命は取り留めたものの、絵里奈は帰らぬ人に。以来、家の中からは笑顔がすっかりなくなり、それぞれが重い喪失感や自責の念に駆られていく。

学歴も職歴も申し分ないエリートでありながら、過去にアダルトビデオに出演した過去を持つ29歳の女性。そんな彼女は、新聞社に勤めながら友人たちとホストクラブに通い続け、昼と夜で別の世界にいきながらも幸せを追う。

内気な高校生の幸雄（通称コユキ）は、ある日、ニューヨーク帰りで天才的なギターテクニックを持つ竜介と運命的な出会いをし、音楽の道にのめり込んでいく。ボーカルの千葉、ベースの平、そしてコユキの親友サクがドラムに加わり、バンドBECKが結成された。ライブハウスでの活躍、自主制作CDの作成、そして大型ロックフェスへの出演が決まり、順調に見えたかの船出。しかし、ライバルバンドの大物プロデューサーが罠を仕掛けてくる。

ボクシングの東洋チャンピオンだった朝秀晃ことマル（窪塚洋介）。彼は試合中に頭部に負ったけがの後遺症に苦しみながら、警備会社でアルバイトをしていた。野良猫が行方不明になったのと同じころ、自動車整備工場勤務の梅津郁巳ことリリィ（降谷建志）に出会う。ひょんなことからシングルマザーのボディーガードを頼まれたマルと、女をストーカーする男を殴ってしまったリリィは、女を守るために東京へ向かう。

日本最大のやくざ組織･天道会。その傘下兵頭組組長が惨殺される。天道会若頭･鷲尾組組長･鷲尾一馬（小沢仁志）は、兵頭殺しの背後に元天道会若頭補佐で、今は東京の半グレやマフィア等を仕切る、明神良成（哀川 翔）の存在を確信する。同じ頃、鷲尾は天道会5代目会長･勝重（白竜）から遠山凪（堀田茜）の身柄を押さえるよう命令される。鷲尾は子分の沖田（本宮泰風）、伊達（中野英雄）、らと共に行動に出るが、武装した若者たちの集団に襲撃される。からくも凪をアジトに連れ出すが、彼女は「東京都カジノ計画」の利権争いのキーパーソンだった。 これによって、やくざ、マフィア、半グレ、警察、国家をも巻き込んだ、最大の抗争が始まる——

大東亜団から襲撃を受けた天道会。鷲尾（小沢仁志）は天道会の中に内通者がいるとして、出所したばかりの天道会若頭補佐・織田（的場浩司）に調査を命ずる。一方、鷲尾は今回の依頼人である元経産省・正岡（岡崎二朗）に真相を聞きだす。そこに保護していた遠山凪（堀田茜）と鷲尾の元兄貴分・河島（六平直政）の娘・すみれ（中山こころ）が大東亜団に誘拐されてしまう。しかも、すみれは薬漬けにされてしまい、鷲尾を誘き出す人質となっていた。怒りに狂う鷲尾は、単身で大東亜団の本部に乗り込むのだが、そこに待ち受けていたのは・・・。オールイン エンタテインメント２０周年記念作品。任侠作品には欠かせない豪華俳優陣が総登場！！カジノ利権を巡るヤクザvsマフィアの壮絶なる戦いを描く完結編。

刑事課に赴任して5年、内海は湯川との関係を続け捜査に当たっていたが、年齢が30を超えた為将来についてしばしば悩むようになっていた。上司の間宮からはアメリカ研修を勧められ、一層悩みは深まるばかり。そんなある日、車いすに乗った派手な身なりの老婆を見て不審に思った内海は職務質問をするが、その途端老婆が倒れる。その女性・岩見芙美はすでに亡くなっており、車いすを押していた男・上念は彼女の娘・千加子を殺害した罪で指名手配されていた為そのまま逮捕。逮捕のきっかけを作った内海は事件の捜査に当たる為長野県警に派遣され、若手職員・当摩と組んで事件捜査に当たることとなる。しかしこの事件の裏には上念、そして長野県警の闇があった。

人生の一発逆転を願って企てた銀行強盗が見事成功したキャバクラ「ハニーバニー」店長のシュウ、ボーイのコジ、常連客の健さん。彼らは奪った数億円の大金を均等に分け合うはずだったが、自らの取り分を少しでも増やしたいという欲から壮絶な争いが始まる。さらにほかにもその金を奪おうとする者が現われ、事態は予測できない展開となる。

とある島で密室殺人事件が起きた。事件解決の糸口を求め、専門家の意見を聞くために帝都大学を訪れた草薙刑事（北村一輝）は、大学の掲示板で懐かしい名前を発見する。その男の名は、湯川学（福山雅治）。かつて草薙と同じバドミントン部の仲間で、今は帝都大学理工学部物理学科の助教授だ。学生時代から“超がつくほどの天才”と名をはせていたこの男の頭脳にいちるの望みを抱き、草薙は、湯川の研究室を訪ねることにした。 湯川と再会した草薙は、助手の栗林宏美（渡辺いっけい）の制止に耳も貸さず熱心に湯川を口説く。はじめは｢興味はない｣と冷たくあしらっていたが、草薙に｢事件現場の島には、ステキな水着美女がウジャウジャいるぞ｣とそそのかされてその気になった湯川は、捜査に協力するため事件現場に向かうことになった。そして、湯川研究室の研究生で好奇心旺盛な塩野谷あかり（長澤まさみ）もこの事件に興味を示し、勝手に湯川たちについて行く。一方、事件現場を訪れた湯川と草薙の前に現れたのは、被害者の父親で車いす生活を余儀なくされている友永幸正（蟹江敬三）、被害者の妹で父親の介護をしながら生活を共にしている奈美恵（香里奈）、そして彼女の婚約者、紺野宗介（長谷川朝晴）・・・。謎めいた人々が次々と捜査線上に浮かび上がってくる中、果たして犯人は誰なのか？動機は？そして何よりも、どうやって密室殺人を完遂させたのか・・・？