季節外れの雪が降った夏の日。頼まれごとを断れない内気な少年は、いなくなった母親を捜しに来たという気が強い少女に連れられ、ふしぎな旅に出ることに。

1944年広島。18歳のすずは、顔も見たことのない若者と結婚し、生まれ育った江波から20キロメートル離れた呉へとやって来る。それまで得意な絵を描いてばかりだった彼女は、一転して一家を支える主婦に。創意工夫を凝らしながら食糧難を乗り越え、毎日の食卓を作り出す。やがて戦争は激しくなり、日本海軍の要となっている呉はアメリカ軍によるすさまじい空襲にさらされ、数多くの軍艦が燃え上がり、町並みも破壊されていく。そんな状況でも懸命に生きていくすずだったが、ついに1945年8月を迎える。

U.C.0097――。「ラプラスの箱」が開かれて一年。ニュータイプの存在とその権利に言及した「宇宙世紀憲章」の存在が明かされても、世界の枠組みが大きく変化することはなかった。のちに「ラプラス事変」と呼ばれる争乱は、ネオ・ジオン残党軍「袖付き」の瓦解で終結したかに見えた。その最後の戦闘で、2機のフル・サイコフレーム仕様のモビルスーツが、人知を超えた力を示す。白き一角獣と黒き獅子、2機の脅威は、封印されることで人々の意識から遠ざけられ、忘れ去られるはずだった……。しかし、2年前に消息不明となっていたRX-0 ユニコーンガンダム3号機が、地球圏に再びその姿を見せ始めた。金色の“不死鳥”……その名は、フェネクス――。

ルパン三世との共謀の容疑で、銭形警部に逮捕令状が出される。それを知ったルパンはテレビに出演し誤報であることを伝えるが、誤解を解く代わりに特別なダイヤモンド「タイムクリスタル」を盗むはめになる。そのダイヤは、世界征服をも可能にするスーパー量子コンピューター・エミルカを起動するために必要なものだった。ルパンは見事ダイヤを盗むことに成功するが、仲間のはずの次元に奪われてしまう！　その頃ロンドンではショパンコンクール最有力優勝候補の少女・アリサが誘拐される。