雲、岩、霧、砂という4つの国の里を守る優秀な忍たちがある日突然姿を消す。4つの国で代々一族によって受け継がれてきた“血継限界”と呼ばれる強大な特殊能力を持つ4人の忍が消えたのだが、唯一火の国だけはその難を逃れていた。今にも第四次忍界大戦が起きそうな予感から、火の国の大名は綱手に何としてでも真相を探るよう厳命する。

南海に浮かぶ常夏の島・みかづき島にある月の国。世界的な富豪でもあるその国の王子ミチルは、息子ヒカルとともに諸国漫遊の旅に出ていた。今回ナルトたちに与えられた任務は、王子親子を無事にみかづき島まで送り届けること。サーカス団を丸ごと買ってしまうような王子の桁外れの金持ちぶりに振り回されるナルトたちだが、ようやくみかづき島にたどり着いてみると、そこでは大臣の裏切りによりクーデターが勃発していた。

かつて世界を破滅寸前まで追い込めた魔物・魍魎は、かつてその力を借りて大陸を蹂躙した黄泉によって封印から解放され、暗黒忍術によって黄泉の体内に魂を移植された。復活した魍魎率いる幽霊軍団の襲撃を前に、ナルト・サクラ・ネジ・リーの4人は、火影である綱手の命を受けて、この世で唯一魍魎を封印する力を持つことから魍魎に命を狙われる鬼の国の巫女・紫苑の護衛に当たる。

中学生の天童純は、父を7年前に亡くし京都で母と2人暮らしをしている。ある日、純は学校帰りに突然現れた謎の魔物に追いかけられる。純は古寺に迷い込み、僧侶・源雲に助けられる。しかし、純はそのまま時空を超えて平安の都に連れて行かれる。平安の世界で純は貴族から「鬼」と呼ばれる者たちが様々な妖術で自然を操り都の安寧を脅かしているという話を聞く。その戦いに終止符を打つためには、封印されたオロチを目覚めさせる伝説の選ばれし救いの御子が必要であり、それが純だと告げられる。

岸本斉史の人気漫画を原作にしたアニメ短編映画。「劇場版　NARUTO　ナルト　疾風伝　ザ・ロストタワー」の併映作品。どんな願いもかなえる魔神の入った壺を見つけた少年時代のナルトたちの大騒動を描く。監督は「劇場版　NARUTO　ナルト　疾風伝　ザ・ロストタワー」のむらた雅彦。壺の魔神役としてキャイ～ンの天野ひろゆきがゲスト出演。

「ダッセェな、クソオヤジ。」親の忍道、子知らず―。長きに渡る戦争を経て高度成長を遂げた新時代。七代目火影・うずまきナルトが統治する木ノ葉隠れの里を中心に、新たな忍を育てる「中忍選抜試験」が5つの里合同で開催されようとしていた。里の手練場で修業に明け暮れる三人一組の下忍たち。サスケの娘にしてナルトに憧れを抱くサラダ、多くの謎を持つ超優秀な忍ミツキ、そして才能を持ちながらもナルトをクソオヤジ呼ばわりするボルト。ボルトは、多忙が故に家族と過ごす時間すらないナルトを「親なんて初めからいない方がいい」と寂しさゆえに忌み嫌うようになってしまっていたのだ。「弟子にしてくれ！倒したいヤツがいるんだ！」ある夜、異空間での任務にあたっていたサスケが、妙な危険が迫っている事を知らせにナルトの元に訪れる。互いの子世代の忍の事を話すナルトとサスケ。そんな中、サスケの事を「ナルト唯一のライバル」とサラダから聞き憧れていたボルトは、父親の弱点を知ろうと弟子入りを願う。友の状況を悟ったサスケは“ある条件”付きで師匠となることを約束。ボルトはナルトに実力を見せつけるために、サラダ、ミツキと共に中忍選抜試験への出願を決めた。知能勝負の一次試験、チームワーク勝負の二次試験と難関を突破していくボルトたち。三次試験の個人戦コロシアムでは、各里の長である五影が見守る中、ついにシカマルの息子であるシカダイとも激突！父の背中―。超えるべき存在―。その時、空間が捻じ曲がるほどの大爆発が！禍々しい雰囲気を纏い現れたモモシキとキンシキと名乗る二人組は、両手に宿した輪廻眼を操りナルトの命を執拗に狙う。何もできず立ちすくむボルトを護るサスケ。それを背に立ち塞がったナルトは、モモシキが放った術と共に消えてしまった。ボルトへ微笑みを残して―。父親が歩んできた道、そしてその想いを初めて知ったボルト。その小さな姿にかつてのナルトを見たサスケ、そして五影とともにボルトは敵うハズのない敵が待つ異空間へ、決死の覚悟で挑む！