江戸時代-宝永四年。かつてこの世が闇に支配された時代。霊峰・富士の大噴火により、封印されていた魔界との結界が破れ、次々と地上に悪しき妖怪が溢れ出す。この事態を打破すべく、幕府の命を受けたひとりの少女がいた-17歳の少女、妖怪討伐士さくや。彼女は、この世で唯一、妖怪を斬ることができる妖刀"村正"を受け継ぐが、この村正が、妖怪たちの汚れた血を吸うたびに、さくやの生命の残量は減っていく。やがて、さくやは父が手にかけた妖怪の子供を、弟として育てることを決意する。血を超えた絆で結ばれた二人の行く手には、世界の存続を賭けた壮絶な戦いが待っていた!

25年前の若い頃に出会った富江という名の美少女に魅せられた記憶をいまだ忘れられず、娘に登美恵と名付けてしまった父・橋本和彦。登美恵は自分の殻に閉じこもりがちで学校ではもっぱらいじめられっ子だった。そんな登美恵の前に富江と名乗る美少女が現われ、奔放な振る舞いで登美恵を魅了し二人は友だちの関係になる。ある日、富江が登美恵の家に遊びに来て初めて顔を合わせた和彦と富江だったが和彦が目にしたのは、まさに25年前の富江その人だった。

「醜く老いてしまう前に自らを葬ってしまおう」　春、背中に天使の羽根のタトゥーを入れた17歳の少女・チカコは、そうやって年上の3人の男と1年間の愛人契約を結んだ。男たちは少女を”華子“と呼び、少女は彼らを”A、B、C“と呼んだ。いつも優しく華子を抱くA、物静かでミステリアスなB、乱暴に華子を犯すC。逢引の為だけに用意された洋館で、無感情な情事が繰り返される。夏、補習でどこにも行けない華子を、男たちは花火に連れて行った。花火を見つめる男たちの目はまるで少年のようで、その時、華子は彼らもかつては子供だったのだと実感する。秋、涼子と言うクラスメイトに誘われて行った映画館で、華子は見知らぬ男にレイプされ、妊娠した。居合わせた涼子の弟・行人が彼女に救いの手を差し伸べようとするも、彼はまだ幼く純粋すぎた。冬、Cが何者かに刺され入院した。その病室からは、華子の通う高校が見えた。彼女は知る。かつて同じ部屋に、「彼女を愛人にしたい」と言い遺して死んだ、男たちのかけがえのない仲間が入院していたことを。1年後、華子の18歳の誕生日。男たちは、華子を4番目の男の墓へ連れて行った。彼女は、男の墓にキスをした。そして、別れの時。華子は、自分の中に今まで感じたことのない感情が芽生えていることに気づく。それは、男たちへの愛だった。彼女は思う。「私は、またここから歩いて行ける」と。

怪鳥ギャオスが世界各地に出現し、人類に深刻な被害をもたらす。そんな中、東京・渋谷にギャオスが飛来し、それを追ってガメラも現われ、両者の戦いで渋谷の街は壊滅する。一方、かつてのガメラとギャオスの闘いで両親を失い、現在も激しくガメラを憎む少女・綾奈は、奈良の禁域の森のほこらで、奇妙な卵を発見。やがて卵からは不思議な生物が誕生し、綾奈はそれを“イリス”と名付けてひそかに育てるが、イリスは急速に成長する。

双子の兄弟・上杉達也と和也、そして隣家の一人娘・浅倉南は、生まれた時からの幼なじみ。そんな3人の夢は、甲子園出場だった。だが、夢の実現の為に明青学園野球部のエースとして活躍する和也に対し、兄の達也は何をするにも長続きしない落ちこぼれ。その一方で、南は和也の好意に気づきながらも、秘かに達也に惹かれていた。甲子園出場をかけた高校一年の夏季西東京大会。予選を勝ち抜いた明青は、いよいよ強敵・須見工業高校との決勝戦に臨もうとしていた。ところがその朝、和也が交通事故に遭い、帰らぬ人となってしまう。無論、予選敗退。彼らの夢も潰えた。その後、達也は和也の意志を引き継ぐ形で野球部に入部するが、続く秋季大会で須見工に敗れた彼は深く傷つき、チームから離脱、南もマネージャーを辞した。しかし、親友の原田らの励ましで再びマウンドに立つ決意をした達也は猛練習を積み、翌年の夏季大会に出場を果たす。そして決勝戦で宿敵・須見工に打ち勝ち、南の見ている前で甲子園出場という夢を果たすのだった。

1961年、全国制覇の旅に出て、手始めに大阪中をシメて回っていたカオル。次の地として神戸へとやってくるがそこは中華街（チュウカマチ）。ひょんなことから出会った陳小絹と黄正英にここには高校もなく番長はいないと言われるが・・・。シリーズ最終作！