ネットワークの発達した近未来…… 裏電脳世界で邪悪な電脳生命体「ネビュラグレイ」が動き出す。 ある日、非物質化現象という「現実世界が消滅する」奇々怪々な事件が世界各地で発生。 これを食い止めるために父・光祐一朗に命じられ、 大手IT企業トリニティ・ブレイン社にあるヒカリタダシプログラムを破壊するためサイバーワールド最深部へと向かう熱斗とロックマン。 しかし破壊には失敗し非物質化現象は加速。熱斗の目の前で友人や多くの人々がその非物質化現象の犠牲となってしまう。 衝撃を受ける熱斗にさらなる事件が追い討ちをかけるように かつて熱斗とロックマンが倒したはずの悪の科学者・Dr.リーガルが突如現れ、祐一朗を何処かへと連れ去ってしまう。 愕然となる熱斗の前にネットセイバー仲間である炎山とライカの二人が協力を申し出、 南海の孤島にある20年前に閉鎖されたアメロッパの軍事基地でネビュラグレイとの最終決戦を繰り広げる。

メイクーモンが異変を起こしてレオモンを消滅させ、ゆがみの向こうに消えたことに動揺を隠せない太一たち。光子郎はメイクーモンの異変の原因を探り、対策を練ろうとするが、有効な手立てが見つからない。一方、光子郎のオフィスに隔離されていたアグモンたちは、ヒカリに宿った声を通してデジタルワールドに関する重大な秘密を知り……。

アルファモンが出現してから時は流れ、お台場の街は少しずつ復興が進んでいた。「日本に帰ったら、絶対大きいお風呂に入ろうって決めてたんだ！」ミミの一声もあり、新たに仲間に加わった望月芽心とメイクーモンを歓迎するために選ばれし子どもたちは近所の温泉テーマパークへ。楽しいひと時を過ごす一同だったが、そこに丈の姿はなかった。大学受験という目の前にある現実と、「選ばれし子ども」であるという責任の間で煩悶する丈。「なんでまた、僕達がやらなきゃならないんだ？」そんな折、またしてもお台場に感染デジモンが現れる。それはあの誇り高きウィルス種、オーガモン―暴走するその姿をTV局のヘリコプターが中継する中、立ち上がるミミとパルモン。「いいデジモンもいるってことを、はっきり分からせてあげる！」しかし、光子郎の制止を無視したミミとパルモンの戦いは、予想外の結果を招くのだった―それぞれに悩みを抱える丈とミミ。月島総合高校の文化祭当日、そんな二人の前に、あの男が現れる―

八神太一ら「選ばれし子どもたち」が異世界・デジタルワールドへ渡ったあの夏の冒険から６年。そして、八神ヒカリたちとベリアルヴァンデモンとの最後の戦いから３年の月日が流れようとしていた。平穏な毎日が続くなか、いつの間にか閉じてしまったデジタルワールドへのゲート。選ばれし子どもたちにもその原因は分からぬまま、時間だけが過ぎ去っていく――そんなある日、突如としてお台場の街にクワガーモンが出現。その暴走により街は破壊され、人々は大混乱に陥る。クワガーモンを偶然見かけた太一は、その暴走を止めるために単身その姿を追いかけるのだった。しかし、クワガーモンと対峙するも、どうすることも出来ない太一。「だめだ…俺一人じゃ、なにもできない…」咆哮とともにクワガーモンが太一に襲いかかったその瞬間、デジヴァイスが大きな光を放ち始めた――「太一、でっかくなったなーっ！」懐かしいあの声とともに、物語は再び大きく動き始める。

メイクーモンの暴走や、起きてしまったリブートに対して苦悩する芽心を残し、太一たちはデジタルワールドへ向かう。そこで再会したパートナーデジモンたちは過去の記憶を失っていたが、太一たち「選ばれし子どもたち」は、再び絆を築こうとデジモンたちと接していく。そんなある時、突然姿を現したメイクーモンが芽心を探していることを知った太一たちは、メイクーモンを救うためデジタルワールドを旅する決意を固めるが……

パートナーである望月芽心が謎の男に傷つけられているのを見て、メイクーモンが再び暴走を始めた。一方、西島大吾と望月博士のもとに現れたハックモンが、現実世界に消えたメイクーモンこそが歪みそのもので、強大な力を持ちすぎた世界を壊す鍵であり、世界の調和を保とうとするホメオスタシスが、メイクーモンを切り捨てようとしていると、真相を明らかにしていく。現実世界に戻った「選ばれし子どもたち」は、デジモンとともにいるがゆえに人々から追われ、孤立無援の状態になりながらも打開策を探るが……

舞台は1923年のドイツ（ワイマール共和国）にあるミュンヘン。この頃のドイツでは、第一次世界大戦敗戦後の、インフレに伴う貧困に喘ぎながら、それでも人々は懸命に生きていた。 アニメ最終話で錬金術世界から現実世界へと飛ばされたエドワードは18歳になり、元の世界に戻る為にロケット工学を研究していたが、先の見えない現実に焦燥していた。その頃、エドの同居人で「自らの手でロケットを作りたい」と夢見るアルフォンス・ハイデリヒは、パトロンを得て念願のロケット製作に着手する。しかしその裏には謎の組織・トゥーレ協会の陰謀が隠されていた。 あるとき、街で行われたカーニバルに来ていたエドワードは一人の女性に出会った。彼女の名は「ノーア」。彼女には、自分が触った相手の心の中や記憶を観る事ができるという不思議な力があった。彼女は「ジプシー」と呼ばれる被差別民族で、自分たちのことは「ロマ」と呼んでいた。そんな彼女と出会ったエドワードは、次第にドイツで起ころうとしている壮大な計画へと巻き込まれてゆく。そしてそれは同時に、錬金術世界の破滅の危機をも意味していた。 一方、アメストリスで13歳に成長したアルフォンスは兄を探す旅に出る。アルはエドとともに旅した4年間の記憶を失くしていたのだった。そして大切な思い出とともに、希望が時に予想だにしない悲劇を引き起こすことになるということも忘れていた。「兄さんに会いたい」その純粋な想いの果てに悲劇が待っているとは知らずに…。 引き裂かれた兄弟、シャンバラを求める者。門の鍵を為す者、様々な人間の思惑と欲望を孕んで物語の幕は再び上がる。

宝町で暮らす親を知らない少年クロとシロ。町で“ネコ”と呼ばれるふたりは、かつあげやかっぱらいで暮らしていた。その町で“子供の城”の建設話が持ち上がる。しかし、それは古めかしい宝町を近代化して支配しようとするヤクザの仕業。昔気質のヤクザのネズミは反対するが、彼のボスは謎の男“蛇”にこの計画を一任していた。残酷な蛇はクロとシロを邪魔者だと判断し、刺客をおくる。ケンカでは誰にも負けない凶暴なクロだったが、刺客の前では手も足も出ない。そして追いつめられたシロは刺されてしまう…。

「太一が大人になると、ボクたち一緒にいられないの?」「俺たちは、ずっと一緒だ」 ＜太一とアグモンたちが出会い、デジタルワールドを冒険した夏から十年以上が経過した2010年。 世界中の“選ばれし子どもたち"は徐々にその存在が認知され、現実世界にデジモンがいる風景も珍しくなくなっていた。 太一は大学生となり、ヤマトたちもそれぞれ歩むべき道を見定め、自身の進路を進み始めていた。 そんな中、世界中の“選ばれし子どもたち"の周囲で、ある事件が起こり始める。 太一たちの前に現れたデジモンを専門に研究する学者・メノアと井村は、"エオスモン"と呼ばれるデジモンが原因だと語り、助力を求めてくる。 事件解決に向けて、太一たち選ばれし子どもたちが再び集結。 しかし、エオスモンとの戦いの中でアグモンたちの“進化"に異変が起こる。 その様子を見たメノアは、太一たちに衝撃の事実を語る。 選ばれし子どもが大人になった時、パートナーデジモンはその姿を消してしまう――。 エオスモンの脅威は、次第に太一の仲間たちにも及んでいく。 戦わなければ仲間を救えない、しかし無理な戦闘はパートナーとの別れを早めていく事に。 ずっと一緒にいると思っていた。 一番大切な存在と別れてでも戦うのか?“選ばれし子ども"が大人になるということ―。 変えられぬ宿命を前に、太一とアグモンの"絆"が導き出す、自分たちだけの答えとは？＞

子供たちとそのパートナーであるデジモンが悪の存在と戦う「デジモン」の新シリーズ映画第1弾。夏休みに両親に代わって沖縄へ墓参りに出かけたタカトは、凶悪なデジモンに襲われていた少女・ミナミを助ける。デジタルペットソフト“Vペット”の開発者の娘である彼女は、一台のノートパソコンをとりだした。そのなかにプログラムされていたのは、人類の滅亡を企むメフィスモンのウイルスを破壊するワクチンだった。メフィスモンを倒すため、タカトたちは仲間と協力して悪のデジモンと戦いを繰り広げる。

「デジモン」シリーズ劇場版第2弾。デジタルワールドでの冒険から太一たちが帰ってきて半年後。あの冒険が信じられないほど穏やかな日々を送っていた。ところが、ある日インターネット上で不気味なタマゴが誕生し、凶悪なデジモンへと進化、ネットを伝って世界中を混乱に陥れた！ネットの中で暴れまくるデジモンを、太一は倒すことができるのか。

子供たちとそのパートナーであるデジモンが悪の存在と戦う「デジモン」の新シリーズ映画第1弾。夏休みに両親に代わって沖縄へ墓参りに出かけたタカトは、凶悪なデジモンに襲われていた少女・ミナミを助ける。デジタルペットソフト“Vペット”の開発者の娘である彼女は、一台のノートパソコンをとりだした。そのなかにプログラムされていたのは、人類の滅亡を企むメフィスモンのウイルスを破壊するワクチンだった。メフィスモンを倒すため、タカトたちは仲間と協力して悪のデジモンと戦いを繰り広げる。

どこにでもいるごく普通の元気な小学生タカト。ある日、偶然に青いカードを手に入れたことからタカトが思い描いた通りのデジモン、ギルモンが誕生する。以来、最強のデジモンテイマーを目指した2人の二人三脚の冒険が始まった。そんなある日、正体不明の機関車のようなデジモン、ロコモンが東京・山手線に突如出現し、信号機をなぎ倒し暴走を続ける。大都市東京はかつてない大パニックに陥る。一体ロコモンとは何者なのか？そしてその目的は？すべてが謎に包まれたまま、タカト、ジェン、ルキはこの暴走特急に敢然と立ち向かうのだったが……。