時は2015年、SRC宇宙開発センターでは、怪獣と人間の共存のための新天地を開拓するネオユートピア計画が着々と進行していた。宇宙飛行士(アストロノーツ)として、新たな希望に燃える春野ムサシ。だがそこへ、宇宙からの謎のロボット群が飛来!輸送ロケットを破壊しようと迫ってきたその時、危機一髪!ウルトラマンコスモス登場!! ムサシはコスモスと共に戦い、それらを退けることに成功!だがその矢先、かつてコスモスと共に地球の危機を救ったウルトラマンジャスティスが現れ、驚くべき事にロボット群の機能を復活させただけでなく、コスモスをも倒してしまった! 果たしてジャスティスの真意は? そして、刻々と宇宙から迫り来る、巨大物体の正体は何か?

夢見る勇気を失わず、少年時代の夢を叶えアストロノーツ(宇宙飛行士)となった春野ムサシ。ムサシが宇宙船で目指したのは聖獣パラスタンが守る緑あふれる星、遊星ジュラン。しかし、遊星ジュランでムサシが見たものは、一面赤い砂に覆われて死の星と変わり果てた遊星ジュランであった。動揺するムサシに赤い地表から突如現れた怪獣兵器スコーピスが襲いかかる。遊星ジュランを死の星にしたのはこのスコーピスであった。スコーピスに殺られると思った瞬間、上空から降臨した眩い光がムサシを救う。眩い光は巨大な人の形へと変化する。ムサシはその人の形を見て驚き叫ぶ「ウルトラマンコスモス!!」。 コスモスに助けられ無事地球へ帰還したムサシは、幼馴染のツトムの結婚式に参加するために常夏の島サイパンを訪れる。結婚式に集まった旧友達との楽しい時間を過ごすしていたムサシは人魚を目撃する。楽しい時間は長くは続かなかった。遊星ジュランを死の星にしたスコーピスがサイパンに飛来し破壊行動を始めたのである。そんな中ムサシが目撃した人魚が海底怪獣レイジャと同化してスコーピスに立ち向かっていく。しかし、スコーピスの圧倒的な力にレイジャは押されっぱなし。堪らずコスモスを呼ぶムサシ。しかしコスモスは現れない。暴れるだけ暴れてスコーピスはあっさりと飛び去った。 ムサシが人魚と呼ぶ不思議な少女はシャウと名乗った。シャウはムサシに「スコーピスは逃げたのでは無い。サンドロスの元へと帰還したのだ。」と告げるのであった。 謎の少女シャウとは?シャウとスコーピスの関係は?スコーピスの背後に不気味に潜むサンドロスとは?地球はジュランと同じく死の星になってしまうのか!?

京都・太秦にある、日映撮影所。そこに所属する香美山清一（福本清三）は、斬られ役として長年大部屋俳優を務め、無数のチャンバラ時代劇に出演してきた。ある日、およそ半世紀にわたって放送されていたテレビ時代劇「江戸桜風雲録」が打ち切りになり、後番組として若年層向け時代劇がスタートするが、そこにはベテランたちが活躍する場はなかった。そんな中、香美山は伊賀さつき（山本千尋）という新進女優と出会い、殺陣の師匠となって彼女に指導をしていくが……。

東京・渋谷の盛り場に出入りしている19歳のルイは、顔中にピアスをして舌の先をスプリットタンにした青年アマと出会い、タトゥーなどの身体改造に興味を覚えるとともに、彼と恋に落ちる。アマは繊細さと凶暴さが同居する奇妙な性格で、ルイは彼に惹かれつつ、彼から紹介された彫り師シバとも肉体関係を持つように。やがてルイが体に大きなタトゥーを入れようと決意する一方、アマが街でケンカしたチンピラが死んでしまう事件を起こす。