三国時代の中国。漢の丞相の曹操（のちの魏の礎を築いた）は、北部を平定した後、南部も制圧するために兵を進める。その目的は、天下統一に邪魔な劉備・孫権の抹殺だけでなく、今は周瑜の妻となった天下一の美人小喬の奪取にもあった。荊州にいた劉備軍は南下して軍を立て直そうとするが、途中の当陽県長坂にて追いつかれ、敗走する。 夏口へ逃げた劉備は、部下の諸葛亮（孔明）の提案に従い、孔明を孫権（のちに呉を建国）のもとへ派遣する。孔明は孫権の総司令である周瑜と意気投合し、2つの勢力は共に曹操と戦う同盟を結ぶ。孫権は数万の軍勢を派遣し、劉備軍とともに長江の赤壁付近で曹操軍と相対し、両者互いに決戦のために水軍と陸軍を動かすのだった。

唐朝末期の西暦665年。皇帝が送り出した10万もの水軍が何者かの襲撃で全滅、巷間では海の神“龍王”のたたりであり、若い女性をいけにえにしなければ怒りが鎮まらないとの噂が広まる。そんな中、都・洛陽に赴任した若き判事ディーは、いけにえに選ばれた美しき花魁、インをめぐる誘拐事件の捜査に乗り出し、インを奪いに現われた異形の怪物に遭遇する。その正体を探るうち、ディーたちは怪物の悲しい真実を知る。

曹操の元へ男装して潜入していた孫権の妹・尚香は、疫病で亡くなった兵士たちの死体が船に積まれ、連合軍のいる対岸へ流されていく光景を目撃する。死体に触れた連合軍の兵士から次々と疫病が感染し、曹操の非情なやり方に周瑜をはじめ、連合軍は憤りを感じ、劉備軍は自軍の兵と民のために撤退を決意するが、孔明はただひとり戦地に残るのだった。