ルパン三世との共謀の容疑で、銭形警部に逮捕令状が出される。それを知ったルパンはテレビに出演し誤報であることを伝えるが、誤解を解く代わりに特別なダイヤモンド「タイムクリスタル」を盗むはめになる。そのダイヤは、世界征服をも可能にするスーパー量子コンピューター・エミルカを起動するために必要なものだった。ルパンは見事ダイヤを盗むことに成功するが、仲間のはずの次元に奪われてしまう！　その頃ロンドンではショパンコンクール最有力優勝候補の少女・アリサが誘拐される。

21世紀、バイオテクノロジーとロボット産業の急速な発展により人類の寿命は飛躍的に延び、日本は世界の市場を独占し大きくリードした。しかし、同時に様々な危険性も浮かび上がったため、国際連合はこれらの技術に対して厳格な規制をかけようと動き出す。しかし日本はそれに従うことなく、2067年にハイテク技術を駆使し鎖国状態に突入。外国人は日本に入国できなくなり、その情勢を外から窺い知ることはできなくなった。

フィオーレ王国の神殿に祀られた魔法の杖・ドラゴンクライ。世界を滅ぼすほどの力を秘めるというこの杖が、王国の反逆者・ザッシュによって奪われ、ステラ王国の国王・アニムスの手に渡ってしまう。ドラゴンクライ奪還の依頼を受けた魔導士ギルド・フェアリーテイルのナツ、ルーシィ、ハッピー、グレイ、エルザ、ウェンディ、シャルルは、ザッシュを追ってステラ王国へと潜入する。そしてドラゴンクライを巡る攻防の中で、彼らはアニムスに仕える魔導士・ソーニャと出会うが…。ドラゴンクライを我が物にしようとするアニムスの狙いとは！？ 国を救いたいと願うソーニャの秘密とは！？様々な思惑が交錯する中、フェアリーテイルは世界の危機に立ち向かう！！そして、壮絶な戦いの中で、ナツの本能が目を覚ます--！？

"死者蘇生技術"が発達し、屍者を労働力として活用している19世紀末。ロンドンの医学生ジョン・H・ワトソンは、親友フライデーとの生前の約束どおり、自らの手で彼を違法に屍者化を試みる。 その行為は、諜報機関「ウォルシンガム機関」の知るところとなるが、ワトソンはその技術と魂の再生への野心を見込まれてある任務を命じられる。 それは、100年前にヴィクター・フランケンシュタイン博士が遺し、まるで生者のように意思を持ち言葉を話す最初の屍者ザ・ワンを生み出す究極の技術が記されているという「ヴィクターの手記」の捜索。 第一の手がかりは、アフガニスタン奥地。ロシア帝国軍の司祭にして天才的屍者技術者アレクセイ・カラマーゾフが突如新型の屍者とともにその地へ姿を消したという。 彼が既に「手記」を入手し、新型の屍者による王国を築いているのだとしたら…?フライデーと共に海を渡るワトソン。 しかしそれは、壮大な旅のはじまりにすぎなかった。 イギリス、アフガニスタン、日本、アメリカ、そして最後に彼を待ちうける舞台は…? 魂の再生は可能なのか。死してなお、生き続ける技術とは。 「ヴィクターの手記」をめぐるグレートゲームが始まる!

……大切なものを守るのと引き換えに僕は、僕の未来を売り払ったんだ。良家の子女のみが通うことを許される女学校。父親と「契約」を交わしたイザベラ・ヨークにとって、白椿が咲き誇る美しいこの場所は牢獄そのもので……。未来への希望や期待を失っていたイザベラの前に現れたのは、教育係として雇われたヴァイオレット・エヴァーガーデンだった。