太古の昔に地獄が封じられたと伝えられる芭羅慈遺跡――。 その謎に挑んだ強欲な男・黒崎（マイケル富岡）によって、 その封印が破られてしまった！ この世を地獄へと変える閻魔獣ザイゴーグの大復活！ その恐るべき力の前に、我らがウルトラマンエックスの光が消えてしまう。 地球はこのまま終わりを迎えてしまうのか…？ Ｘｉｏ隊員たちは、考古学者・玉城ツカサ（吉本多香美）と力を合わせ、 決死の覚悟でザイゴーグ封印のカギとなる神秘の力を追う。 絶望の中、ツカサの息子・ユウト（高木星来）の母への強い想いが奇跡を呼び――。 参上！ウルトラマン、ウルトラマンティガ！！ 結集したウルトラヒーローたちと力を合わせ、ザイゴーグと怪獣軍団に総力戦を挑むＸｉｏ。 死闘の火ぶたが、いま切られる！

物語は、大空を覆いつくさんばかりの超巨大浮遊要塞が突然飛来し、総攻撃を開始、世界の大都市が壊滅状態に陥るところからスタートする。仮面ライダーエグゼイド、宇宙戦隊キュウレンジャーが迎え撃つも、圧倒的な大きさと数を有する謎の敵にまったく歯が立たない。だが、その窮地を救うヒーローたちが現れる。死んだはずの九条貴利矢と、見たこともないヒーローの勇姿…。敵はどこから、一体何のために来たのか？命を落としたはずの者たちが、なぜ現れたのか？そして、勝利の行方は…？この途方もない強敵に打ち勝つ鍵は、ヒーローたちが新たな力を手にすること。異空間でレベルアップを繰り返し、「最強」を超えた「最強」のヒーローが誕生する時、想像を絶する奇跡が起きる！！

幻夢コーポレーションにDr.パックマンを名乗る覆面を被った人物が率いる4人の白衣の一団が襲撃し、檀黎斗 / 仮面ライダーゲンムから、ガシャコンバグヴァイザーと4つのプロトガシャットを強奪する。 そしてその集団は警官隊を全滅させ逃走した。 眼魔との死闘を乗り越えて完全に生き返ることが出来た天空寺タケル / 仮面ライダーゴーストは平和な日々を過ごしていたが、突然街に正体不明のゲームウイルス（パックマンウイルス）が出現し、人々を襲う。タケルは月村アカリや山ノ内御成と共に「不可思議現象」の発生を受け、出動する。 そんな中、同じく仮野明日那 / ポッピーピポパポと共にパックマンウイルスの事件を探っていた宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドとタケルは再会を果たすが、パックマンウイルスに感染した影響でタケルはゴーストドライバーを失う。また、高校生にして大人気ゲーム『ハテサテパズル』を開発した清宮東吾も、パックマンウイルスに感染する。

『仮面ライダークロニクル』を巡る騒動が終結し、宝生永夢 / 仮面ライダーエグゼイドたちは平穏な日常を送っていた。 そんなある日、突如として新種のバグスターウイルスによる大規模なパンデミックが発生した。時を同じくして謎の忍者集団が聖都大学附属病院を襲撃しこのウイルスをまき散らした。永夢たちはこの忍者集団を迎え撃つが、敵の攻撃により鏡飛彩 / 仮面ライダーブレイブや花家大我 / 仮面ライダースナイプたち、そして永夢が研修時代に出会った難病の少女・星まどかがウイルスに感染してしまう。ウイルスに感染しなかった永夢は忍者集団を率いる南雲影成 / 仮面ライダー風魔に挑むも、圧倒的な実力差から敗れてしまう。

物語はスカイウォールという巨大な壁で三つに分断された仮面ライダービルドの世界に、仮面ライダーエグゼイドの敵であるバグスターが出現する謎から始まる。存在しないはずの敵がなぜ居るのか。正体不明の敵に為す術なくその場に崩れる戦兎の眼前には、体の半分がメカに覆われた奇怪な人物が佇んでいた。科学者を名乗るその男が巨大なマシンを起動させると上空に突如として逆さになった世界が出現した。一方、エグゼイドの世界でも同じ現象が勃発。スカイウォールのある世界が、地上へ刻一刻と迫りくる。二つの世界が激突するまでに残された時間は、わずか24時間。消滅へのカウントダウンが始まった。

消滅したはずの小姫が突然現れ、困惑する飛彩。だが、小姫は復活を遂げたラヴリカに心を操られていた！そして、ニコを慕うアメリカ人・ルーク＝キッドマンが大我の病院におしかけるが、ルークは大我の目の前でラヴリカのゲーム病を発症する”最悪の恋愛ゲーム”の前に、二人の運命が翻弄される！そして暗躍する檀黎斗の目的とは・・・？

かつて人気レスラーだった大村孝志（棚橋弘至）は、怪我や世代交代の影響で今は悪役覆面レスラー・ゴキブリマスクとして懸命に戦っていた。孝志と妻の詩織（木村佳乃）は息子・祥太（寺田心）に大きくなったら父親の仕事を教えてあげると約束していたが、祥太はひょんなことから父親の仕事を知ってしまう。 「まさか、大好きなパパが、みんなに嫌われている悪役レスラー・ゴキブリマスクだなんて！！」 ショックと恥ずかしさで混乱した祥太は、クラスメイトにはパパは人気レスラーだと嘘をついてしまう。 だが、必死で戦うゴキブリマスクの姿はだんだんとカッコ良く見えてきて…。 2018年、観る人みんなの心を最高に熱くする感動ファミリードラマが誕生する！

ゲンム、ついに覚醒！新ガシャット『ゴッドマキシマムマイティX』を手にした檀黎斗が仕掛ける最後のゲーム『ゾンビクロニクル』に世界は未曽有のパニックに陥る。ムテキに勝るとも劣らない力を手に入れた黎斗を止めるためのカギに気付いた貴利矢は、正宗からある言葉を託され、一人ゲンムに立ち向かい。果たして2人の、そして世界の運命は・・・？