一人の男が処刑された。その男がルパン三世であることは、鑑識の結果確実だったが、当然銭形が信じるはずがない。銭形はルパンが埋葬されているドラキュラ城へと赴き、そこでルパンの生存を確認する。銭形はルパンを捕まえようとするが逃げられてしまう。ルパンはエジプトでピラミッドから「石」を盗み出した。その石は人間に永遠の生命を与えるとの言い伝えがある「賢者の石」と呼ばれるものだった。

「花園実業高校」は不良学校で知られ、大番長高原由紀の死後は平和な様子だったが、怪電話が誠と愛に届き、新たな戦いが始まる。電話主はヤングマフィア緋桜団の団長で、爆弾を振りかざし対決を迫る。誠の捨て身の戦いで、緋桜団との対立が激化。団長の正体は花園実業理事長・座王の息子で、座王が登場し驚きを呼ぶ。団長は誠を倒すため人質を取るが、壮絶な戦いの末、誠がナイフで団長を倒す。早乙女愛の家族は、国有地不正払い下げ事件に絡んだことで、愛の母は黒幕の手先に誘拐され、愛の父は脅迫される。国会での証人喚問で何も言えない愛の父。誠と愛は、黒幕との闘いに挑む。