五十嵐大二は、フェニックスの後継組織「ブルーバード」で平和維持のため日々奮闘していた。一方、同組織で隊長を務める門田ヒロミの肉体にも回復の兆しが。それは遺伝子工学の権威・市村博士の研究の成果だった。そんなとき“ギフ亡き新時代のガーディアン”を自称する組織「アリコーン」が出現。彼らはある目的のために、少年少女たちを誘拐・監禁していた。ブルーバードによる救出作戦が展開される中で、ヒロミが被害者のひとり・留美を連れ去ったと疑いをかけられ、なんと指名手配されてしまう。さらに、真相を追う大二たちの前には、ヒロミと同じ顔を持つ人物――“ムラマサ”が現れー。新たな敵と謎の“悪魔”を前に揺らぐ大二。さらに、半身であるはずのカゲロウの裏切りも――！？囚われていた少女・留美に隠された秘密……そして、ムラマサの真実とは。一年間魂のバディ関係を描いてきたリバイスの遺伝子を受け継ぐラストエピソード、開幕！！

五十嵐一輝、大二、さくらの三兄妹は五十嵐元太と五十嵐幸実に幸実の誕生日祝いとして温泉旅行をプレゼントするが、その旅客機がアヅマ率いる一団によってハイジャックされる。五十嵐三兄妹は両親と乗客を救うために、旅客機が着陸した、かつて科学研究施設ノアが非人道的な実験を行った施設があり、現在は閉鎖された禁断の場所である「エリア666（トリプルシックス）」に向かう。

2021年、ディアブロスタンプに封印されていた悪魔・ディアブロが蘇り、完全体となって世界を支配した結果、50年後の2071年では悪魔たちが上空のデビルシティに住み、その下界で生き残った人類たちもすでに悪魔の奴隷となり果てていた。 「親子ハッピーウィーク」を開いていたしあわせ湯で五十嵐一輝 / 仮面ライダーリバイは、しあわせ湯を訪れていた客である百瀬秀夫が落とした古い切符の入ったパスケースを彼に届ける。そんな時、2071年の世界から百瀬龍之介という男が2021年の世界にやってくる。龍之介は秀夫に憑依して仮面ライダーセンチュリーに変身し、龍之介を追って現れたディアブロを倒そうとするが暴走し、ディアブロと交戦していたリバイとバイス / 仮面ライダーバイスを襲う。そこに現れた神山飛羽真 / 仮面ライダーセイバーと新堂倫太郎 / 仮面ライダーブレイズの協力を得てセンチュリーを変身解除させる。実は、龍之介は秀夫の父であり、完全体となる前のディアブロを倒すために精神体となって2021年の世界にやってきたという。 一輝、バイス、飛羽真は、龍之介と力を合わせ、悪魔が支配する世界の到来を回避しようとする。