ダンスコンテストに出場するために横浜みなとみらい21に向かったラブ達は、途中で道に迷ってしまう。そこへ街を飲み込む邪悪な者「フュージョン」が現れる。力を欲したフュージョンは妖精達を襲い、さらには各プリキュア達を襲う。結集したプリキュア達は力を合わせ、世界を脅かす強大な敵に立ち向かう。

幼馴染みである北条響と南野奏は、妖精のハミィと一緒にオープン初日の巨大ショッピングモールへやって来たが、途中でハミィとはぐれてしまう。その後二人はハミィを見つけることができたが、来海えりか主催のファッションショーに乱入してしまう。 そんな最中、おもちゃの国やデザート王国といった別世界の建物や住人が出現する。さらにかつてプリキュア達を苦しめた強敵達が、ブラックホールの闇の力で蘇って、世界を繋ぐ奇跡の花「プリズムフラワー」を枯れさせて世界を暗黒化させようと企んでいた。 敵の策によって異世界に飛ばされたプリキュア達は、いつものパートナーや仲間から引き離されてしまい、強敵達が作り出した世界にそれぞれ招かれてしまう。

幼少期のみゆきは、図書館の処分本コーナーで1冊の絵本を見つけた。家に帰ったみゆきはその絵本が途中で破れてしまっていることに気づき、「いつか必ず自分が続きを描く」と決意する。 時は流れ、「世界の絵本大博覧会」にやってきたみゆき達5人とキャンディは、そこの映画館でスクリーンから飛び出してきた不思議な少女と出会う。 妖怪たちに追われていた少女ニコを助けたみゆき達に、彼女は絵本の世界からやってきたと告げる。助けてもらったお礼として、ニコはみゆきたちを連れて絵本の世界にやってくる。そこで様々な絵本の主役になれると聞いて、みゆき達はそれぞれ主人公になってあちこちの世界へと送られた。 物語の主人公として動いていたみゆき達だが、違う絵本の主人公達が現れて話がメチャクチャになり、さらに黒い影に包まれた瞬間、彼等はみゆきたちに襲いかかってきた。 全ては、自分のことを忘れたみゆきを恨むニコと、絵本の最後で彼女を捕えた魔王の仕業だった。ニコは、かつてみゆきに教えた笑顔も否定し、魔王の望むハッピーエンドもバッドエンドも存在しない、永遠に終わらない世界を作ろうとしていた。 みゆきたちは絵本のハッピーエンドを取り戻すため、そしてニコに心から謝るために、魔王の城へと向かう。ニコはみゆきの本心に触れたことで怒りは少しずつ解けていくが、魔王はニコを捕え、さらに巨大な姿を現す。 魔王の強大な力にはプリキュアの必殺技も通用しなかったが、ニコのみゆきに対する本当の想いから絵本の破れたページが再生、ミラクルつばさライトが現れる。ニコが世界に呼び掛け、皆が点けたミラクルつばさライトから笑顔のパワーを得たキュアハッピーはウルトラキュアハッピーへと変化し、魔王との決戦に挑む。 ウルトラキュアハッピーはプリキュアとキャンディの協力を得て魔王を浄化し、彼を元の小さな姿に戻した。みゆきとニコ、そして魔王は和解し、絵本の世界に平和が戻った。ニコはページが再生した絵本をみゆきに見せ、絵本の続きを自分たちが作っていくと決意するのだった。

ネバダ州にあるグレーム・レイク空軍基地、通称「エリア51」に銭形警部と警官隊、さらに新米女性捜査官エミリー・オブライエンが警備に来ていた。ルパンからの予告状が来たのだ。ルパンの獲物は、ロズウェル事件で墜落したUFOのカケラである「オリジナルメタル」だった。ルパン・次元・五ェ門の3人は銭形らの警備をかいくぐり、まんまとオリジナルメタルを盗み、アメリカ軍が建造したUFOに乗って脱出に成功するが、試作型であった為に墜落してUFOは短時間で壊れた。

未開の美味の探求者、美食屋のカリスマ、トリコを捜し求めていた少年ペックは、やっとの思いでトリコと出会い、村に突如出現した高山の怪鳥ゲロルドを捕獲してほしいと懇願する。とんでもないバケモノであるゲロルドの姿を想像したトリコは食材としての魅力を感じ、まさしく食うか食われるかの命懸けの捕獲作戦を決行する。