序章 アクマイザーと呼ばれる魔界の者たち、ザタン・イール・ガーラが地の底から甦り、太古の昔に目論んだ地上侵略を再開した。 アクマイザーたちは秘術を使用し、歴代ライダーたちと戦ったヤミー・ドーパントといった怪人たちを続々と生み出していく。 『仮面ライダーフォーゼ』 天ノ川学園高等学校で起こった仮面ライダー部とホロスコープスの戦いから5年後。卒業したライダー部の面々[5]がそれぞれの道を歩む中、如月弦太朗 / 仮面ライダーフォーゼは天高の教師となり、宇宙仮面ライダー部も部員1名でありながら健在していた。 そんな中、天高に潜む謎の集団「怪人同盟」が旧人類に代わって世界を支配しようと暗躍を始める。 『仮面ライダーウィザード』 ファントムたちの陰謀を食い止めるために日々戦っている、指輪の魔法使いこと操真晴人 / 仮面ライダーウィザード。そんなある日、モンスターを無限に生産するマシンによって騒動が発生する。 事件解決のため、ある人物のアンダーワールドへ侵入した晴人たちは、そこで魔法使いの上村優 / 美少女仮面ポワトリンと出会う。 『MOVIE大戦アルティメイタム』 フォーゼ・ウィザード、2人のライダーの戦いが交わった時、アクマイザーの野望も最終局面を迎えようとしていた。そこへメテオ・なでしこ・オーズ・バース・W・アクセルといった歴代ライダーたちも加わり、8大ライダーは怪人大軍団との決戦に挑む。

突如現れた謎の存在・MUによって、隔絶された東京。中に残った高校生の神名綾人は逆に外の世界が滅亡したと教えられ、恋人の同級生美嶋遙との記憶も遠くなりつつあった。その綾人の前に一人の女性が現れる。

平凡な女子中学生まどかは、ある日の放課後、親友のさやかと奇怪な異空間にとらわれてしまう。異様な怪物に襲われた2人を救ったのは、同じ学校の先輩で、戦う魔法少女に変身したマミだった。言葉をしゃべる不思議な生き物・キュゥべえから、どんな願いも叶えることを条件に、マミのような魔法少女にならないかと誘われる2人。だが、まどかのクラスの転校生で同じく魔法少女だったほむらが、なぜかまどかの契約を激しく妨害する。