タイムマシンの実験中、落雷のショックで時空移動できる屋敷となったトンデラハウス は、その場に居合わせたゲンたち子供を乗せて新約聖書の世界にたどり着く。キリストとその弟子たちの生涯を追った聖書シリーズ第2作。

西暦2045年。リン・ミンメイの歌により宇宙戦争を終結させてから35年の時が流れた。新マクロス級の7番艦(マクロス7)は移民惑星を求め、7年前地球を旅立ち宇宙旅行を続ける。その船団内では100万人の人々が平和に暮らしていた。しかし、そんなある日、突如としてマクロス艦の前衛艦が奇襲を受ける。一方、マクロス・シティ内の公園に設置された野外ステージでは、ロックバンドのライブが行われていた。そのグループの名は｢ファイアー・ボンバー｣。ボーカル&ギターは破天荒で情熱的な熱気バサラ。ボーカル&ベースはマックスとミリアの7番目の娘、ミレーヌ。キーボード&リーダーに飄々としたレイ。ドラムに寡黙なゼントラン女性、ビヒーダ。ライブが盛り上がりを見せた最中、敵の戦闘部隊がマクロス本艦にまで攻め込んできた。果たしてなぞの船団の目的は、そして正体は…100万の市民の運命を載せ巨大戦艦マクロスは、やがて恐るべき戦いの渦に呑み込まれてゆく……

1999年、突如、地球に巨大な宇宙戦艦が落下してきた。人類は地球外の宇宙空間で戦闘があることを知り、落下した戦艦から高度なテクノロジーを吸収した。一方、数年におよぶ地上での統合戦争を経て、地球統合政府を樹立。戦艦は地球統合軍のものとして修復された。そして2009年。｢SDF―1マクロス｣と命名された戦艦は進宙式の日、人類の意に反して主砲を発射してしまう。直後、地球外の巨大異星人ゼントラーディは、その圧倒的な戦力をもって地球への攻撃を開始した。 それは｢マクロス｣にプログラムされていた、巧みなブービートラップだった。マクロスは、発進と同時に実戦を開始するはめになってしまう。進宙式を見にきていた民間人パイロットの一条輝は偶然、可変戦闘機バルキリーに乗ってしまい、否応なく戦場に駆り出される。戦闘の最中、輝は軍の管制オペレーター早瀬未沙や、中華料理店の娘、リン・ミンメイと出会う。圧倒的な戦闘力をほこるゼントラーディ軍からの攻撃を逃れるため、宇宙空間へフォールドを決行する。だが、まだ試験段階に近いマクロスの機能は、フォールドの失敗という形で表れてくる。発進の際に収容した5万6千の一般市民を抱え込んだまま、マクロスは太陽系の外周部へと…。しかも、強大なゼントラーディ軍の魔の手はマクロスにものびてきた。かくして地球の安否も知れぬままに、マクロスの長く苦しい地球への帰還の旅は開始された。