「週刊少年ジャンプ」連載の同名コミックを原作とする人気アニメ「僕のヒーローアカデミア」の劇場版第3弾。原作者の堀越耕平が総監修を務め、全世界を舞台にした壮大なオリジナルストーリーで描く。世代を経るごとに混ざり合う“個性”が人類を終焉に導くとする思想「個性終末論」を掲げる謎の集団「ヒューマライズ」。世界中の個性保持者の殲滅をもくろむ彼らは、個性を強制的に暴走させ崩壊へと導く「個性因子誘発爆弾」を世界各地に仕掛ける。全世界のプロヒーローと彼らのもとでインターン中だった雄英高校ヒーロー科が招集され、各地で爆弾の回収任務にあたることに。エンデヴァー事務所でインターン中だった出久・爆豪・轟の3人も、日本から遠く離れた国オセオンへ向かうが、任務中に事件に巻き込まれた出久が指名手配されてしまう。タイムリミットが迫る中、世界を救うべく奔走する出久たちだったが……。

日本のはるか南にある離島の那歩島(なぶとう)に、デクこと緑谷出久をはじめとする雄英高校ヒーロー科1年A組の面々が到着する。その目的は、伝説的ヒーローであるオールマイトの後継者育成プロジェクトの一環として、島民の生活を助ける期間限定の校外ヒーロー活動をすることだった。しばらく大きな事件が起きていない島で、彼らは忙しく動き回りながらもどこかゆったりと過ごしていた。だがある日、敵(ヴィラン)たちが前触れもなく那歩島に現れる。

交通事故(!?)によりあっけなく人生の幕を閉じるはずだったゲームを愛するひきこもり・佐藤和真(カズマ)は、ひょんなことから、女神・アクアを道ずれに異世界転生することに。「RPGゲームのような異世界で、憧れの冒険者生活エンジョイ!めざせ勇者!」と舞い上がったのも束の間、転生したカズマには厄介なことばかり降りかかる。トラブルメーカーの駄女神・アクア、中二病をこじらせた魔法使い・めぐみん、妄想ノンストップな女騎士・ダクネスという、能力だけは高いのにとんでもなく残念な3人とパーティを組むことになったり、借金で首が回らなくなったり、国家転覆罪の容疑で裁判にかけられたり、魔王軍の幹部を討伐したり、たまに死んだり……。そんなある日、駆け込んできた紅魔族の少女・ゆんゆんの爆弾発言にカズマたちは凍りつく。「私、カズマさんの子供が欲しい!」事情を聞けば、めぐみんとゆんゆんの生まれ故郷「紅魔の里」が、滅亡の危機に瀕しているという。里を救うために旅立ったゆんゆんを追いかけて、紅魔の里へ向かうカズマたちだが――!?カズマたちパーティを襲う最大の危機!平凡な冒険者カズマが過ごす、異世界ライフの未来はどっち!?

白熱の期末試験が終わり、夏休みの林間合宿を控えた雄英高校メンバー。デクとオールマイトは、ある人物からの招待を受け海外に浮かぶ巨大人工移動都市「Ｉ・アイランド」を訪れていた。世界中の科学研究者たちの英知が集まったまさにサイエンスハリウッドのような島で個性やヒーローアイテムの研究成果を展示した「Ｉ・エキスポ」が開催される中デクは“無個性”の少女・メリッサと出会う。メリッサに、かつて同じ“無個性”だった自分を重ねあわせるデク。その時、突如鉄壁のセキュリティを誇るアイランドの警備システムが敵（ヴィラン）にハッキングされ島内全ての人間が人質に獲られてしまう！いま、ヒーロー社会の構造を揺るがしかねない【ある計画】が発動する―！その鍵を握るは、平和の象徴(ナンバーワンヒーロー)・オールマイト。