サンリオ創立20周年記念作品。ロミオとジュリエットをモチーフに、火の国の娘と水の世界の少年の禁じられた悲しい恋の行方を描く。仲のよい火の神テミスと水の神グラウコス姉弟に嫉妬した風の神アルゴンは、悪いウワサを流して2人の仲を引き裂こうと企んだ。まんまと乗せられた姉妹は、激しい諍いの末、姉は陸へ、弟は海へと別れてしまう。時は流れ、水の子シリウスは、ふとしたことから火の子マルタと出会った。たちまち恋に落ちる2人だったが…。

台風一過の朝、のび太は台風の子供と出会い、フー子と名付けて可愛がる。ある日、広い草原でフー子と遊ぼうと、どこでもドアで出かけた。しかし、崖の不思議な洞窟に吸い込まれ、違うところに出てしまう。そして不思議な「風の村」に行き着き、テムジン少年たちと知り合う。そこでは風と共に生きる風の民と、風の力を悪用する嵐族が対立していた。 嵐族は古代の風の怪物マフーガを復活させることを企み、そのためにフー子を奪おうとする。しかも突然スネ夫が豹変し、嵐族の陣頭に立って風の民を襲い始める。スネ夫に何が起きたのか。嵐族が狙うフー子の秘密とは何か。風の大平原を舞台に、のび太たちの新たな冒険が始まる。

スネ夫が、人気のミステリー列車の切符を3枚手に入れたと自慢する。ジャイアンと静香は、ぜひ連れて行ってほしいとスネ夫に頼み込む。そこへのび太が駆け込むと、お約束通り、スネ夫が「のび太の分はない」と嫌味を告げようとするも、彼はどうでもいいと一蹴。実は、ドラえもんが3日間も帰らないので、その行方を捜していたのだ。結局、その日も当てはなく、すっかり落胆して帰る。 ところが、家に帰ると何事もなかったかのようにドラえもんがいた。どうやら彼の話によると、別の用事で22世紀へ戻った際、長い行列を見て並んでみたら、それは22世紀で大人気の銀河ミステリー列車の切符の販売前で、3日間かかってやっと手に入れたらしい。それを知って大喜びするのび太、二人はさっそくその話題のミステリー列車に乗り込む。それは列車というより宇宙船で、さながら銀河鉄道の夜の世界であった。地球では到底見ることのできない宇宙や惑星の絶景にすっかり感銘を受けたのび太は、お返しとばかりにスネ夫たちを集めて、盛んに自慢した。 そんな話を聞かされては到底黙ってられない3人。ジャイアンも静香も、自分たちも連れて行って欲しいと頼み込む。さらにはスネ夫までもがちゃっかり旅の準備をしていた。こうして、いつものメンバーが揃った所で、銀河超特急の扉が開いた。 そのミステリー列車で到着したのは宇宙の外れにある巨大遊園地「ドリーマーズランド」。ドラえもんたち5人は気の赴くままに楽しむが、一方で謎の生命体「ヤドリ」がハテノハテ星群のある星を根城に、人間支配を企んでいた。

雲の上には本当に天国があると信じてそれを馬鹿にされたのび太に、ドラえもんは雲の上に自分たちで天国（理想の王国）を作ろうと提案する。 紆余曲折があったものの、仲間たちの協力を得て雲の王国はついに完成。しかし、王国で遊んでいる途中偶然に、本当に天上人の住む雲の上の世界があることを発見する。自然に恵まれ絶滅動物が多数生息するその雲は、絶滅動物の保護地区だった。 そこの監察員パルパルに連れられ、施設に移動する5人。友好的に見えたパルパルだが、天上界では「動植物と地上人をあらかじめ天上界に避難させ、大洪水で地上文明を洗い流して破壊する」という恐ろしい方策「ノア計画」が実行されようとしていた。

ある日の夜、空き地でドラえもんのひみつ道具「生命のねじ（いのちのねじ）」で命を得たウマのぬいぐるみ「パカポコ」がのび太と一緒に走りの練習をしていた。しかし空き地は手狭であり、またのび太はジャイアンやスネ夫に「牧場を持っている」と嘘をついてしまったため、何とかならないかと考えていると、ドラえもんが未来から福引の小惑星引換券のはずれ券を持ってくる。そこに牧場や町を作ろうと思ったのび太は早速、小惑星を調べてみる。ところがいろいろ調べても、地球とはまったく違っていて小さくて穴だらけ。しかし最後の1枚を調べるとなんとそこは、大自然の広がる美しい星であった。 のび太とドラえもん、そしてしずか、ジャイアン、スネ夫のいつものメンバーで、この星におもちゃの町を作ろうと考えた。のび太がその町を「ねじ巻き都市（ねじまきシティ）」と名づけた。のび太たちと、ドラえもんが誕生させたぬいぐるみたちによって住みやすい所になりつつあるが、不審なことにどこからともなく「出ていけ」との声が聞こえるようになる。 そんなある日のこと、1人の脱獄囚がねじ巻きシティに忍び込む。熊虎鬼五郎という前科百犯の犯罪者である。この星を自分のものにしようとした熊虎は偶然落ちていた「タマゴコピーミラー」を使い、たくさんの自らのクローンを誕生させる。 ドラえもんたちは熊虎が忍び込んだのも知らず、雷のショックで生まれたピーブたちとともにさらなる町づくりをする。ねじ巻きシティを舞台に、ドラえもんたちと熊虎の戦いが始まろうとしていた。

ドラえもんとのび太はひみつ道具の「絵本入りこみぐつ」で絵本の中に入り『シンドバッドの冒険』を楽しんでいた。のび太は最近、絵本の世界に夢中になっており、彼女なら共感してくれるであろうとしずかを誘おうとする。だが、彼女は今からピアノ教室の仲間とキャンプの予定。代わりに割り入ったのはジャイアンとスネ夫だった。彼らはのび太から絵本の世界で遊ぶと知るや大笑い。それでも、機嫌を損ね激昂するのび太を見るや、半信半疑で絵本の世界に飛び込んだ。 そんな彼らと入れ代わり、しずかがのび太の家を訪れる。実は日程を一日勘違いしていたらしく、それならと二人は『ピノッキオ』の世界を楽しむことにした。だが、どうも事情がおかしい。物語にない嵐の場面が登場したかと思えば、人魚姫や竜宮城が現れ、果てはお化けの百鬼夜行。あまりに荒唐無稽な世界にのび太は大笑いするが、イメージが崩れたとしずかは不機嫌になって帰ろうとする。ところがその矢先、彼女は何かに衝突した。 奇っ怪な物語は、絵本を勝手にない交ぜにしたスネ夫たちの仕業だったのだが、のび太はそれを知る由もない。絵本の良さを理解してくれない友人たちに、のび太もすっかり機嫌を損ね、バラバラになった絵本を置き去りにしたまま、ママの小言もあって勉強を始めた。だが、それが事件の発端だった。

源静香と出木杉英才が空き地で仲良く「白雪姫」の劇の練習をしているところを見て、野比のび太は本当に将来自分としずかが結婚できるのかどうか不安になる。但し、本来ののび太の妻は剛田ジャイ子で、6子を儲ける。 そこでドラえもんと共に、タイムマシンでのび太の結婚式の日へ向かったが、間違えてその前日に着いてしまった。せっかくだからと、未来ののび太の結婚前日の様子を見ていくことにするが…。

最近、のび太は何かとぼんやり空想に耽っている。それは魔法の世界に憧れていたからで、それを静香とドラえもんに打ち明ける。2人はまるで本気にしないが、のび太はその夢を諦めきれない。そんな彼はふと、ドラえもんのひみつ道具「もしもボックス」で、魔法の世界を実現させることにした。 しかし、そのもしもボックスで実現した「魔法の世界」は、のび太が期待していたような、魔法で何でも解決できる世界とは程遠く、魔法を学ぶために学校に通わねばならず、魔法の絨毯に乗るには難しい免許と高額の絨毯が必要となるような、いわば文明の礎が科学から魔法にそっくりそのまま摺り替わっただけの代物だった。結局、現実世界と変わらずこっちの世界でも落ちこぼれてしまったのび太は、すっかり落胆する。 だが、この世界でもジャイアンやスネ夫に馬鹿にされると、せめて簡単な魔法の1つでも覚えてから元の世界に戻そうと意気込む。ドラえもんもそんなのび太の心意気を買って必死に応援するが、その矢先に地震が2人、そしてちょうど彼らの元を訪ねていた静香を襲う。彼女によれば、頻発する地震は魔界接近説という、ある魔学博士の仮説と関係しているというのだ。

ある日の真夜中、酔っ払って寝ぼけたのび太のパパ・のび助がスキーと海水浴が同時に楽しめるというブリキンホテルに部屋を予約する。その話を聞き、春休みはどこにも旅行に行けないと諦めていたのび太は大喜びし、みんなにも自慢してしまう。しかし、それがパパの夢だと知ると、すっかり落胆してしまう。ところが、翌日、野比家の玄関に見知らぬトランクが置かれていた。トランクから出現した門を抜けると、そこはブリキンホテルの建つブリキのおもちゃの島、ブリキン島であった。 ホテルの人々に手厚くもてなされ、のび太とドラえもんは島で遊んでいたが、やがてのび太がわがままを言い出す。ドラえもんは渋々ひみつ道具を出して説明を始めるが、のび太はそれをろくに聞きかずに操作を始めてしまう。暴走した道具によって、のび太はその場から猛スピードで走り出し、行方をくらましてしまう。呆れ果てたドラえもんは「未来へ帰る」と叫ぶものの、しばらくしてのび太の捜索を開始する。しかし、突如として現れた謎の飛行船から電撃を受けた彼は、そのままさらわれてしまう。 ひみつ道具の暴走から開放されたのび太は、ドラえもんの「未来へ帰る」という発言を思い出し、本当に怒って帰ってしまったのではないかと不安になりながらホテルに戻る。そして「決して入るな」と言われた地下室にうっかり足を運んでしまう。そこには物々しい声を発する不気味な扉があり、すっかり気味が悪くなった彼は、二度と島へは訪れないと心に決めてトランクを仕舞い込むのであった。

春休み。胸躍るような大冒険を求めて、のび太たちは偶然拾った野良犬・ペコを引き連れ、謎の巨神像があるというヘビー・スモーカーズ・フォレストへやって来た。ひみつ道具が少ない中で数々の危機を潜り抜けた末に彼らが辿り着いたのは進化した犬の国・バウワンコ王国。そしてペコはその国の王子・クンタックだった。 しかし、王国はダブランダー大臣に支配され、禁断の古代兵器を用いての外界侵略が始まろうとしていた。クンタックと一緒にいた、ドラえもんたちはおたずね者として指名手配され、似顔絵が貼り出されてしまう。 クンタックの亡き父王の親衛隊長・ブルススによれば、王家には「王国が危機に陥った時、10人の外国人が巨神像の力をもって国を救う」という言い伝えがあるという。外国人はのび太たち5人しかいないものの、一同はこの危機を打開するため、巨神像の所に向かう。

アリババ33世。初代アリババが手に入れた莫大な財宝も、32世までで半分を、そして33世があとの半分を使い切って、もはや残るのは古ぼけたランプがただ一つ。実はこれがこすると魔物が出てきて何でもするというランプなのだ。しかしランプの魔物、猫がいるとまるでダメ。そこで徹底的な猫狩りが行われる。そんな時、捕らえられた猫を助けたのがアル・ハック。彼は猫の英雄として38匹の猫と共に反抗に立ち上がった。

のび太、しずか、ドラえもんたちが出会った鳥人の少年グースケ。鳥人の世界バードピアから人間界に迷い込んだという。 グースケ自作の人力飛行機スノーグース号を一緒に修理し、グースケのテストフライトを見守っていたのび太たち。だが、グースケの墜落現場をソフトクリーム(漫画ではポテトチップ)を食べながら見ていたジャイアン、スネ夫がその時目撃する。2人はスノーグース号につかまり、そのまま謎の穴に3人を追ってバードピアへやって来たのび太たちは、ドラえもんのひみつ道具「バードキャップ」で鳥人となり、人間界の鳥類を保護する「渡り鳥パトロール隊」の入隊テスト「イカロスレース」に挑むこととなる。グースケもスノーグース号でレースに挑む。 だがその影では、人類を憎悪する鳥人たちが、人間界侵攻のために古代の怪物フェニキアを蘇らせようとしていた。のび太やグースケたちはバードピアを救うため、伝説の勇者「イカロス」と共にフェニキアに立ち向かう。

超空間の事故により、のび太の部屋の畳とロップルの宇宙船の倉庫とがつながった。宇宙の惑星、コーヤコーヤ星を第2の遊び場としたのび太は、ロップルやチャミーと共に楽しい日々を過ごす。 しかし、コーヤコーヤ星を含めた小宇宙の各星に鉱脈をはる鉱石「ガルタイト」の独占を企む大企業ガルタイト鉱業は、コーヤコーヤ星に移住し始め採掘の邪魔になる開拓住民の追い出しを画策していた。そのためロップルらはガルタイト鉱業の攻撃の標的となって執拗な脅迫や嫌がらせの中、生活していた。 そのことを知ったのび太らは、ロップルたちの生活を守るため、ガルタイト鉱業に戦いを挑む。

夏休み、大西洋で金塊を積んでいた沈没船発見のニュースが流れる中、物語はのび太としずかが山へ、ジャイアンとスネ夫が海へキャンプに行きたいと議論するところから始まる（映画では逆）。結局ドラえもんの提案で海底山へ行くこととなる。海底山キャンプに出かけたのび太たちは、そこで海底人のエルたちに出会った。 そしてのび太たちは、海底火山の活動の影響で、数千年前に滅亡した海底国家アトランティスに残された自動報復装置ポセイドンが活動を再開したことを知る。ポセイドンによって鬼角弾が発射されれば海底ばかりか全地球上に甚大な被害が及び全ての生物が死に絶えてしまうという。 のび太たちは鬼角弾の発射を阻止するため、アトランティスのあるバミューダ海域へ向かう。

恐竜が今でも生き残っていると言い張って、スネ夫らに笑い者にされたのび太は、ドラえもんのひみつ道具「○×うらない」でも「地球上に生き残っている恐竜はいない」と判定されてがっかりする。 ところが、多奈川で巨大な生物を目撃したスネ夫は、それが恐竜ではないかという疑問にかられてすっかり動転してしまい、挙げ句の果てにノイローゼになってしまう。一方、のび太は0点の答案を隠すためにひみつ道具の「どこでもホール」を使い、地底にある大空洞を発見する。のび太とドラえもんはしずかやジャイアン、スネ夫と一緒に地底の大空洞を秘密の遊び場にするがスネ夫が地底で迷子になり、その後で「どこでもホール」が不祥事で壊れてしまう。 しかし多奈川の河底から地底への入口があると知り、再び地底へ入り込むがそこでのび太たちは、河童そっくりな地底の野蛮人ナンジャ族に捕まってしまう。あわや地底人の餌にされそうになったところで竜の騎士バンホーが彼らを救い出す。地上で滅亡したと思われていた恐竜は地底、すなわち「地球上」ならぬ「地球内」に生き残り、トゥロオドン（旧名：ステノニコサウルス）から進化した恐竜人（ディノサウロイド）が高度な文明を築き上げていたのだった。バンホーの案内でのび太たちは地底国の首都・エンリルで保護されていたスネ夫と再会したが、首都観光の最中にのび太が乗った恐竜の暴走によってみんなからはぐれてしまう。そして偶然に入り込んでしまった施設でのび太は武装した竜の騎士たちが不穏な計画を立てていることを知ってしまうのだった。

ティラノサウルスの爪の化石を自慢するスネ夫に対抗し、のび太は「恐竜の化石を一匹分丸ごと見つけてみせる!」と、突拍子もない宣言をしてしまう。 その後、偶然にも首長竜の卵の化石を発掘したのび太は、タイムふろしきを使って卵を化石になる前の状態に戻し、孵化させる。のび太は孵化した首長竜の子供をピー助と名づけて可愛がり、ピー助ものび太を慕って育つ。だが成長するにつれてピー助を匿うのが困難になってくる。ピー助の本当の幸せを願い、のび太はタイムマシンで白亜紀の世界へ帰してやる（ここまでが短編作品のあらすじ）。 しかしその後、ピー助を白亜紀へ連れ帰ったときに恐竜ハンターの攻撃を受けたことによりタイムマシンの空間移動機能が故障しており（時間移動機能はダメージを受けておらず、作動する）、ピー助を本来の棲息地である日本近海ではなく、北アメリカ（エラスモサウルスの生息域）へ置いて来てしまったことが判明する。ドラえもんとのび太はタイムマシンで再びピー助のもとへ行こうとするが、ジャイアン・スネ夫・しずかが無理やり同乗して定員オーバーで暴走した[7]ためにタイムマシンの空間移動機能が完全に壊れてしまい、日本の、正確にいえば1億年後にのび太の机が置かれることになる場所にタイムマシンを置かない限り元の時代へ戻れなくなってしまう。さらに未来から来た恐竜ハンターがピー助をつけ狙う。ピー助を元の住処へ戻すべく、そして無事に20世紀に帰るべく、白亜紀を舞台にのび太達の冒険が始まる。

のび太は偶然北極で巨大なロボットの足を拾い、自宅に持ち帰った。それ以来、家の庭に次々と降ってくるロボットの部品を、ドラえもんと協力して鏡面世界で組み立ててザンダクロスと名づけ、しずかを呼んで遊んでいた。 だがその最中、そのロボット（ザンダクロス）に恐るべき兵器が組み込まれていたことが判明。安全のため、ロボットを3人の秘密にすることを誓ったが、のび太のもとにロボットの持ち主と名乗る少女リルルが現れ、のび太はうっかり口を滑らせてしまう。のび太はロボットを返すことを断れず、さらに鏡面世界へ入り込むために必要なひみつ道具「おざしきつり掘」まで貸してしまった。 実は、ロボット惑星メカトピアから派遣された少女型スパイロボットであるリルルは、メカトピアの地球侵略作戦の足がかりとして、尖兵である他のロボットとともに鏡面世界で前線基地を建設し始めた。偶然現場近くで真相を知って逃げたドラえもんたちを追うため、リルルたちが鏡面世界の入り口を無理やり広げようとした結果、時元震による爆発が発生し入り口は塞がれた。それにより危機は免れたかに見えた。 しかしそれも束の間、メカトピアから鉄人兵団が地球へ送り込まれてくることを知り、のび太たちはジャイアンやスネ夫と協力し、取り返した巨大ロボを改造して味方につけ、鏡面世界を舞台に鉄人兵団を迎え撃つことになる。

ある夜、のび太はピンクのもやをくぐって見知らぬ森に迷い込む。そこでは動物たちが人間の言葉で話していた。翌日、のび太はその体験を皆に話すが「幼稚園児並みの夢だ」と馬鹿にされるだけ。しかし、動物たちが持っていたホタルを入れていた花（ホタルブクロに似ている）が部屋の前に落ちていたのを知り、昨夜のことは本当にあったのではないか…とのび太は考える。そんな中、ママの話からのび太たちの学校の裏山がゴルフ場建設のために切り崩されてしまうという計画があることを知る。 その夜、寝ぼけたのび太は、再び部屋の前に現れたあのもやの中に入り込んだことに気付き、あの世界は夢ではなかったと確信。後を追ってきたドラえもんと共にもやの向こう側を探検する中で、2人はチッポという犬の少年に出会い、友達になる。 翌日、裏山を開発しようとする業者らが下見に訪れた。ドラえもんがひみつ道具で追い払ったものの、これくらいであきらめるとは思えず、安心はできない。悩んでいた時、2人はまたあのピンクのもやを見つけた。しずかも誘い、再びアニマル星へ遊びに行くことに。だが、こっそりついてきたジャイアンとスネ夫は、もやの中をさ迷ううち、見渡す限り荒れ果てた世界に辿り着いてしまう。ジャイアンはその中で「恐ろしい何か」を感じると語るのだった。

スネ夫の趣味で特撮映画を作っていたのび太たちは、ピリカ星から来たという親指ほどの小さな少年パピと知り合い、友達になる。そんな彼らの前に突然クジラのような形の宇宙戦艦が現れ、映画の舞台装置を熱戦攻撃で破壊して去って行った。 実はパピはピリカ星から亡命してきた大統領で、独裁者ギルモアの手に落ちたピリカ星の情報機関PCIA（ピシア）が、地球まで彼を追ってきたのだ。パピを守ることを約束するドラえもんたちだが、しずかを人質に取られた上、ドラえもんたちが「スモールライト」で小さくなっている間にスモールライトを奪われてしまった。ドラえもんたちに迷惑をかけまいと、パピはしずかの身柄と引き換えに自ら投降し、PCIA長官ドラコルルの手に落ちてしまう。 ドラえもんたちは、スネ夫の作ったラジコン戦車を武器に、スモールライトを取り戻しパピを救い出すため、パピの愛犬ロコロコの案内のもとピリカ星へ向かう。

新入生歓迎会に際し、のび太の提案によって「西遊記」の劇をやることになった。孫悟空役をやりたかったのび太であったが、孫悟空役は出木杉に取られてしまい、実際の役は「村人その1」。セリフも「助けてくんろー!」の一言のみという、提案者とは思えない扱いだった。 孫悟空の存在を信じるのび太は、「本物に似ている人が孫悟空になるべきだ」と主張し、タイムマシンで7世紀のシルクロードへ向かう。そこでのび太そっくりの本物の孫悟空を目撃するが、誰も目撃談を信じない。仲間たちを連れ、再び唐へやって来たのび太だったが既に孫悟空はいない。仕方なくドラえもんのひみつ道具「ヒーローマシン」でのび太自ら孫悟空に成りすましたものの、調子に乗って結局ばれてしまった。のび太は、「ドラえもんの道具を使い放題」という無茶な約束に従わざるを得なくなり、ジャイアンが高笑いしながらタイムマシンを操縦する中、のび太とドラえもんは喧嘩になってしまうのだった。 落胆して現代に帰ったところ、なんとのび太の家族も知人もみんな妖怪になっており、現代は妖怪の世界と化していた。原因は唐の時代でヒーローマシンを使った際、マシンから妖怪たちが飛び出し、現実世界を荒らして三蔵法師を殺し、人類を滅ぼして人間に成り代ったため。 パラレルワールドになってしまった歴史を元に戻すには、唐の時代へ戻って妖怪たちを一匹残らず倒すしかない。本物の三蔵法師一行には、じわじわと妖怪たちの手が忍び寄る。5人は妖怪退治のため、ヒーローマシンで悟空や猪八戒に変身し、再び唐の時代へ向かう。

家でも学校でも叱られてばかりののび太は家出しようと思い立つが、どこもかしこも私有地か国有地でどこにも自分の思い通りになる土地がない。ドラえもん以下4人も各々の理由で家出するも行くところがなく途方に暮れていた。それならばいっそのことまだ人間が誰も住んでいない太古の日本へ行こうと思い立ち、史上最大の家出へと出発した。 誰にも邪魔されないユートピアが完成したが、一時帰宅したところ、本物の原始人と思しき少年ククルに出会う。ククルの一族であるヒカリ族は、凶暴なクラヤミ族と精霊王ギガゾンビの襲撃を受けたという。のび太たちはヒカリ族を救うため、中国大陸へ向かうことにする。

夏休みの自由研究に行き詰まっていたのび太たちは、ドラえもんのひみつ道具「創世セット」で新たな宇宙を作り、地球型惑星の歴史を観察することになった。 新地球に誕生した人類の中には、のび太によく似た人間もいた。のび太は自分に似た人間たちについ肩入れし、その世界の神様となって彼らに力を貸してゆく。そして現代に近い時代、のび太に似た野美のび秀は南極の大洞窟探検に出発する。そして彼らが目にしたものは、なんと地球の中の空洞に広がる、昆虫人による大文明だった。 昆虫人らは、この新地球では昆虫が進化するはずが、のび太が意図的に人類を進化させたため、昆虫は地底に隠れ住んでいた、と主張する。昆虫人たちは地上へ進出し、地上世界を取り戻そうとしていた。

白雪姫の劇の練習をしていた5人。しかしどうにもうまくいかない。しかもドラえもんのひみつ道具「万能舞台セット」をジャイアンに取られてしまう。 絶対返してくれないと判断したドラえもんは、「タイムホール」を使って取り返そうとする。ところが失敗し、おまけにのび太が無理した結果、タイムホールの時空が乱れ、その影響で、のび太の部屋のタイムホールが古代の太陽の国といわれるマヤナ国に繋がってしまう。そこでのび太は、自分そっくりの姿をしたティオ王子に出会う。 現代文明のことを知ったティオは興味を示し、しばらくのび太と入れ替わってほしいと頼む。ティオの母は魔女レディナの呪いで眠り続けており、ティオはレディナを倒す強い力を求めているという。ティオと入れ替ったのび太は王子様気分を楽しむも慣れない王国での暮らしにタジタジ、のび太となったティオは慣れない現代世界のあちこちで騒動を起こす。 やがて秘密を知ったしずかたちも、のび太と共にマヤナ国へやって来る。そんな折、ティオに仕える少女ククがレディナに捕われてしまう。ティオはレディナの神殿へ向かい、のび太たちも後を追う。 魔女レディナとは何者か。またその目的は何なのか。時空を超えた大冒険が今、始まる。

スネ夫に宇宙旅行のチケットを自慢されたのび太たち。のび太はジャイアンとしずか、そしてスネ夫とともにドラえもんに宇宙旅行を頼みに行く。「本当に宇宙に行けるわけない」と言うドラえもん。かわりに「スタークラッシュゲーム」という最新版の宇宙探検ゲームで遊ぶことになる。 一方そのころ、UFOに乗ってやってきた謎の一行が地球に降り立つ。ジャイアンとスネ夫の2人が「スタークラッシュゲーム」の中で迷子になってしまい、やっとのことでゲームから脱出するとそこはUFOの中だった。既に「スタークラッシュゲーム」を終えていたドラえもん、のび太、しずかの3人はすぐに2人を探しに行くのだった。

現代8月7日。この日は野比のび太の誕生日である。のび太は母親の玉子に「勉強しろ勉強しろ」と言われて拗ねてしまい、父のび助にも叱責される。 そのため、のび太は「この家のほんとの子じゃないんだ」と言い出す。「じゃあ、たしかめに行こう」とドラえもんは言う。ドラえもんとのび太はタイムマシンでのび太の生まれた、10年前の8月7日へ行くことになった。

スネ夫に新型のペットロボットを自慢されたのび太は、「ペットロボットが欲しい」とドラえもんに懇願する。ところがドラえもんは「君には僕と言うネコ型ロボットがいるじゃないか」とのび太を叱りつける。怒ったのび太は、腹いせに未来デパートにペットロボットを大量注文するが、送られてきたロボット達はのび太の言うことを聞かず暴れ出してしまう。 町中で騒動を巻き起こしたロボットたちは、ドラえもんによって全て返品されたものの、最後に少年型のロボット『ポコ』が残った。どうやら、そのロボットは地球の技術で作られたものではなく、現代に送られてくる途中で超空間内で紛れ込んでしまったものだという。ポコを元の世界に返してあげるため、ドラえもん達の冒険が再び始まった。 タイムマシンで時空の迷宮へと旅立ち、何とか目的の場所…『王国（キングダム）』に辿り着くドラえもん一行。その世界では、ロボットから感情を抜き取り人間の忠実な下僕へと変えてしまう「ロボット改造命令」が下されていた。少年ロボットであるポコは、ちょうど母親と共に追っ手のドロイド兵から逃げる途中だったのだ。捕まった母親を助けようと飛び出して行ったポコをのび太たちは追いかけるが、ドロイド兵達に見つかり、ドラえもんが拉致されてしまうのだった。

夢の中で良い思いをしたのび太は夢と現実の落差を嘆き、せめて夢の中で良い格好をしたいとドラえもんに懇願する。一度は「もっと現実の世界で頑張らないと駄目だよ!」と怒られるも、最終的にはカセットを入れることで自分の好きな夢を見られるひみつ道具「気ままに夢見る機」を出してもらう。その翌日、宿題をやり忘れたのび太が裏山で宿題をしていると、奇妙な老人が現れ「知恵の木の実」をのび太に与え、帰り道では「あなたはもっとすごい力が手に入る。ただし、『夢幻三剣士』の世界でのことだが」と言い残し去っていく。 「夢幻三剣士」とは気ままに夢見る機の夢カセットのことであった。のび太はドラえもんに「夢幻三剣士」のカセットを買ってもらい、「妖霊大帝オドローム」に侵略されかけているユミルメ国を救う伝説の剣士ノビタニヤンとして冒険する。 しかし、ドラえもんも気づいていなかった。この冒険、この夢世界が単なる一時の夢ではないことに。

ある日、のび太は川でおぼれていた子犬を助け、ドラえもんの道具「壁かけ犬小屋」で玉子に見つからないようこっそりと飼いはじめる。のび太は子犬に「イチ」と名付け、良く懐き頭も良いイチとのび太の間にはたちまち友情が生まれていた。そんなある日、のび太と遊んでいたイチはのび太の思い出の品であるけん玉を見つけるのであった。 のび太の町でも人間の都合により捨てられるペットの犬や猫は多く、のび太の元には町中の野良犬や野良猫も集まり、手に負えない状態となる。のび太たちはイチらの今後のことを考えて、自由に暮らせる3億年前の世界へタイムマシンで連れていき、生きていけるよう進化・退化光線銃で進化させた。イチはたちまち無料フード製造機の操作を覚え、けん玉もマスターする。「あした、必ず来るからね」とイチと約束し、一行は現代に帰る。 次の日、タイムマシンで3億年前に向かうが、時空間の中で「ねじれゾーン」に巻き込まれ3億年前からさらに1000年経った世界に着く。しかも、ねじれゾーンに巻き込まれた際にタイムマシンの部品が飛ばされ、時間移動の手段を失う。 しかし、その時代にはイチらの子孫と思われる進化した犬とネコによる文明社会があった。そこでタイムマシンの部品を探すことにするドラえもんたち。この国で、一行は、イチに良く似たハチのほか、ダク、ブルタロー、チーコら犬の少年少女4人組と出会う。彼らはネコジャラという大富豪の経営する遊園地「ネコジャーランド」が怪しく、4人の親がネコジャーランドで行方不明になってしまった、ということを知らされる。 しかし、そのとき地球には直径約20キロメートルの超巨大隕石が衝突しようとしていた。ドラえもんとのび太達の3億年の時空を超えた冒険が始まる。

アララ・少年山賊団：22世紀の東京。調査ロボットのアララに自分の先祖を調べてさせていたセワシは、戦国時代（1580年）にのび太に負けないほどドジな先祖「のび平」がいたことを知る。セワシから「今の自分の成績を上げるために、のび平のドジを矯正してきてほしい」と頼まれたドラミとアララは、戦国時代へとタイムスリップする。 おかしなお菓子なオカシナナ？：世界一のお菓子工場であるオカシナナ王国の「オカシナナまつり」に出場するロボット学校時代の友人・ジェドーラから、お菓子の材料集めを依頼されたザ・ドラえもんズ。 しかし会場に向かう途中で、謎のロボットから妨害を受ける。それは、同じく「オカシナナまつり」に参加するニガニガの差し金であった。さらに、先に無事に到着していた王ドラとエル・マタドーラは取っ組み合いの喧嘩を始めてしまい・・・。 のび太の結婚前夜：源静香と出木杉英才が空き地で仲良く「白雪姫」の劇の練習をしているところを見て、野比のび太は本当に将来、自分としずかが結婚できるのかどうか不安になる。 そこで、ドラえもんと共に、タイムマシンでのび太の結婚式の日へ向かったが間違えて、その前日に着いてしまった。せっかくだからと、未来ののび太の結婚前日の様子を見ていくことにする。

22世紀。のび太の孫の孫であるセワシ君は、調査ロボット・アララにご先祖を全部調べさせ、のび太の他にもう一人ダメご先祖が戦国時代にいることが判明する。そのご先祖・のび平をなんとかすれば自分の生活が今よりも良くなるだろうと考えたセワシは、ドラミにアララと一緒にのび平のところへ行って欠点を直してほしいと頼む。そこで山賊になっていたのび平や他の子供たちに会ったドラミは、その一番下っ端ののび平に勇気の素といってメガネをプレゼントする。それが本当に勇気の素だと信じたのび平は、年貢を大量に取り立てる領主から米を奪い返すが、間違えて領主のスネ丸まで連れて来てしまう。反発しながらも、のび平たちと一緒に田んぼを耕し、仲間とのふれあいや物を生み出す素晴らしさを知っていくスネ丸だったが、息子をさらわれたと思った領主は山賊退治を実行。のび平たちは、ドラミに助けられながら領主相手に活躍していくのだった。...