あの戦いから2年。 セフィロスがもたらした大破壊から立ち直りつつあった 魔晄都市「ミッドガル」を、謎の厄災が襲う。 「星痕症候群」と呼ばれるその病は、治療方法も見つからないまま次々と人々を死に至らしめていく。 この病に呼応するかのように現れた新たなる敵。 平和と引き換えに大事な仲間達を失い、深い自責の念に心を閉ざしていたクラウドは、眼前に迫った避けようのない戦いを前に思い悩む。 「罪って許されるのか。」 長い葛藤の末、ついに戦いを決意するクラウド。 敵の目的は何なのか?なぜ人々が病に倒れるのか? 人知を超えた戦いの先に待ち受けていた真実とは──。

奇妙な殺人事件が立て続けに発生していた。それぞれの事件の犯人につながりはないが、犠牲者の首から胸にかけてがX字型に切り裂かれていること、いずれの加害者も事件直後に犯行現場付近で逮捕されること、そして犯行の直前まで犯人に明確な殺意がなかったことが共通していた。やがて、一連の事件に関連のある人物として記憶喪失の放浪者、間宮が浮かび上がる。マインドコントロールによる猟奇殺人を描くサイコサスペンス。

誰も近寄ることの許されない“アガスティアベース ”には、 S 級の禁書があった。仮面ライダーの書、もう一つはスーパー戦隊の書。その本たちが、禁書を守る番人の裏切りによって封印を解かれてしまう。 新しい本の執筆に悩む神山飛羽真（仮面ライダーセイバー）は、ユーリ（光の剣士）の薦めで、ある本を渡される。そのタイトルは“機界戦隊ゼンカイジャー”。本を開くとあたりが光に包まれ、目を開けるとそこは、人間と機械が共存する、なんと本に書かれていた“ゼンカイジャー”の世界だった。 同じ頃、五色田介人（ゼンカイザー）の身にも同じことが起こり、辿り着いた先で倫太郎（仮面ライダーブレイズ）と出会う。しかも、現実世界と本の世界とが混ざり合っておかしな状況になっていた。 世界を元に戻すべく、飛羽真は介人と互いに協力し、この異常事態に対処するため、歴代の仮面ライダー、スーパー戦隊の力も借り、2大ヒーローたちは集結する。 なぜ世界の境界線がなくなってしまったのか。集まることが仕組まれたものとして、悪い予感を募らせる 大ヒーローたち。自分たちの存在そのものを揺るがしかねない、裏で手を引く大きな陰謀。そして、鍵を握る謎の少年との出会い。総力を結集し、己の存在を賭けて、唯一無二の、本物のスーパーヒーローになれ！！

江戸の街角―。悪徳役人を懲らしめる、近頃評判のお殿様と五人の家臣。ばったばったと敵をなぎ倒していくうちに、なぜか舞台が西部の荒野に早変わり。カウボーイスタイルの源太が早撃ちならず、早斬りで捌くのは中トロ? これは一体何が起きているのか...？

復活した“脂目マンプク”が率いるクサレ外道衆1万体の前に、多勢に無勢で劣勢に立たされたシンケンジャー。この窮地を救う切り札、300年前に初代シンケンレッドが、脂目マンプクを封印した「初代秘伝ディスク」の在り処が判明した。しかし、それは敵陣の真っ只中の神社の中に･･。シンケンジャー6人は敵中突破作戦を決行するが･･･、果たしてその運命は？300年の時を越えて、正義の力が受け継がれる。

折神が舞い、炎神が駆け、ヒーローたちがここに集結する! 蛮機族ガイアークの害統領バッチードと炎神戦隊ゴーオンジャーの戦いは、今もガンマンワールドで続いていた。バッチードは外道衆と手を組み、この恐ろしき野望を知ったシンケンジャーたちは、ゴーオンジャーたちと共に戦うことを決意するが、シンケンレッド以外の他のシンケンジャーたちも別ワールドへと飛ばされてしまう。

シンケンジャーに倒された外道衆の生き残り・マダコダマが現れた。立ち向かうアラタだったが、マダコダマは天装術を無効化する力を持っており苦戦を強いられてしまう。そんな時、彼を志葉家19代目当主・シンケンレッドこと志葉丈瑠が助ける。 シンケンジャーのメンバーたちは復活した外道衆を倒すべく再び集結するが、そこに新たな姿・血祭のブレドランとなったブレドランとマダコダマが現れる。応戦するシンケンジャーだが敵の罠にはまり、丈瑠はさらわれてしまう。しかし、丈瑠を失ったシンケンジャーはゴセイジャーと作戦を考えようにもお互いのそりが合わない。 そんな彼らの前に立ちはだかったのは黒い羽衣を身につけ操られた外道シンケンレッドである。

海賊戦隊ゴーカイジャーが地球に来訪する数年前、宇宙帝国ザンギャックが地球を侵略し始めた。地球を守るべく立ち上がった34のスーパー戦隊は、満身創痍になりながらも全ての力を集約させザンギャックの第1艦隊を退けるも、その代償としてスーパー戦隊の力はレンジャーキーとなって宇宙へ散らばっていった。これが後に「レジェンド大戦」として語られることとなる。 そして数年後の現在。力を失った戦士たちがそれぞれの人生を歩む中、ゴーカイジャーは宇宙から集めたレンジャーキーを使い、地球へ再侵攻するザンギャックと戦っていたが、ゴセイジャーに変身しようとした際に本物の天装戦隊ゴセイジャーの5人が現れレンジャーキーを奪ってしまう。力を取り戻したゴセイジャーは変身を遂げ、さらにゴセイナイトのレンジャーキーを返却するよう詰め寄ったため両戦隊の争いに発展してしまう。 そのころ、ザンギャックの旗艦ギガントホースに黒十字王が出現。ザンギャックと同盟を組んだ黒十字王はかつてスーパー戦隊に敗れた救星主のブラジラ、総裏大臣ヨゴシマクリタイン、冥府神ダゴンらを蘇らせる。さらにゴーカイジャーとゴセイジャーが激突している途中、ギガントホースで攻撃し、ゴーカイジャーからレンジャーキーが入った宝箱を奪い取る。そしてゴーカイジャーとゴセイジャーは3人の強敵によって分断され、別々の異空間へと飛ばされてしまった。