タウト星を目指すジェイナス号のある夜。 ドアに隙間が空いていた女の子の部屋の前に居合わせたことから、スコットはクレアたちに痴漢扱いされてしまう。すっかり腹をたてたスコットは、小型艇でジェイナスを飛び出すが、ボギーが敵の襲来を告げた。ロディたちがスコットの救助に向かったが、敵の姿は見当たらない。どうやらボギーの誤作動が原因だったらしい。 ジェイナスに帰艦する途中、敵の監視衛星を発見したロディは内部に潜入。無人の管制室を破壊して脱出したが、何者かがバイファムに乗り込んでいたことに、まったく気づいていなかった。 無事に戻ることができて機嫌も直したスコットは、自分の部屋でくつろいでいた。そこへ不気味な声が聞こえてくる。バイファムに紛れ込んだ敵のスパイによる妨害活動かと、子どもたちは捜索を始める。すると、怪奇現象が連続した上、ボギーがふたたび敵の来襲を警告する。今度は本物だった警告に従い、子どもたちは敵を撃退した。 戦闘の後、バイファムに乗ってきたのは、小動物であることが判明し、子どもたちはほっとする。しかし、ブリッジが停電した上に幽霊が現れ、艦長を恨むと叫ぶのだった。ジェイナスの過去を探ろうと資料室に向かうロディたち。 資料室で判明したジェイナスの過去に起きた失踪事件について聞かされたスコットは、その謎を解決すべく、全員で事件の現場である13号倉庫に向かおうと決意する。だが、捜索行のさなか、スコットを残して全員が行方不明になってしまった。 スコットは勇気を振り絞り、キッチンルームにいるらしい12人を救出に向かう。だが、そこで彼を待っていたのは、スコット16歳の誕生日を祝う、パーティであった。すべては、ボギーに残されていたプログラムを利用して、スコットを驚かせようという演出だったのである。

ジェダたちリベラリストは地球軍の協力で政府軍を打倒、臨時新政府を樹立していた。一触即発の状態に変わりないものの、平和が訪れたことは間違いない。地球とククトの友好をアピールする式典が開催されることになり、招待されたロディたちは、ふたたびククト星を訪れた。 ククト星の空港ロビーで、カチュア、ジミーと再会し、喜ぶ子どもたち。そして、歓迎の午餐会のさなか、ロディは見知らぬ女性から呼び出しを受ける。ネラと名乗った女性は、ミューラァがロディに会いたがっていると告げた。 翌日、過密スケジュールの中を抜け出し、指定された宿に向かったロディの前に、正真正銘のミューラァが現れた。驚く間もなく、彼は1枚の写真を取り出した。なんと、そこに映っているのは、ケイトである。地球人の捕虜であった彼女を、ミューラァが保護していたというのだ。宿の２階でケイトに再会し、喜ぶロディ。だが、ケイトは捕虜として尋問されたショックで、記憶を失っていた。 ロディから話を聞いたスコットとバーツもケイトに会いに行くが、結果は同じだった。彼らは悩みつつも、スコットの決断で、他の子どもたちにもすべてを話した。その結果、スコット一人を式典に出席させることにして、他の12人は宿舎を抜け出した。 子どもたちはケイトとともに、不時着したままになっているジェイナスを訪れた。懐かしい場所に感激する子どもたちだったが、ケイトの記憶は蘇らない。そこに子どもたちを追った臨時政府の警備隊が迫るが、子どもたちはロディの活躍で追跡を振り切る。 その夜、スコットがたった一人で式典に出席している間、子どもたちは湖のほとりでキャンプを張った。それでもケイトの記憶は戻らず、一同が地球へ帰る朝がやってきた。 ケイトやカチュア、ジミーに別れを告げ、シャトルに乗り込む子どもたち。だが、シャトルのエンジンが始動した轟音が、ケイトの心になにかを呼び覚ました。 シャトルを追って駆けてくるカチュアの表情を窓から見たロディは、“素晴らしいこと”が起きたと、気づくのだった……。

　あだち充の大人気青春コミックスの劇場版アニメーション。テレビ版で描かれた世界の後日譚を描く。下宿屋・ひだまりに住む、岸本かすみや高杉勇作たちのさわやかな青春模様を描く。かすみは国際的なバイク・レーサーを目指す克彦という年上のボーイフレンドがいたが、同級生の勇作の存在も気になっていた。そんな中、克彦が「2年後、君と結婚するために帰ってくる」との言葉を残しアメリカへと旅立っていった。それから2年、克彦が、約束通り一流のバイク・レーサーになって帰国してきた……。森尾由美、三ツ矢雄二、井上和彦、塩沢兼人ら、大人気声優が多数出演。