都立ツツジ台高校。 放課後の教室で、響裕太はグリッドマンをノートに何度も描いては消していた。 かつてこの世界はひとりの少女によって作られ、壊された。 その少女の心を救ったのは、異次元からやってきたハイパーエージェント・グリッドマンと、彼女が作った心を持った怪獣、そして裕太たちであった。 平和になった世界で過ごす彼らの日常は、轟音と共に崩れ始める。

五十嵐大二は、フェニックスの後継組織「ブルーバード」で平和維持のため日々奮闘していた。一方、同組織で隊長を務める門田ヒロミの肉体にも回復の兆しが。それは遺伝子工学の権威・市村博士の研究の成果だった。そんなとき“ギフ亡き新時代のガーディアン”を自称する組織「アリコーン」が出現。彼らはある目的のために、少年少女たちを誘拐・監禁していた。ブルーバードによる救出作戦が展開される中で、ヒロミが被害者のひとり・留美を連れ去ったと疑いをかけられ、なんと指名手配されてしまう。さらに、真相を追う大二たちの前には、ヒロミと同じ顔を持つ人物――“ムラマサ”が現れー。新たな敵と謎の“悪魔”を前に揺らぐ大二。さらに、半身であるはずのカゲロウの裏切りも――！？囚われていた少女・留美に隠された秘密……そして、ムラマサの真実とは。一年間魂のバディ関係を描いてきたリバイスの遺伝子を受け継ぐラストエピソード、開幕！！