第2次大戦末期、ナチスのオカルト結社は怪僧ラスプーチンの指揮の下、地上に地獄をもたらすラグナロク計画を実行。だがそこを米軍が急襲。ラスプーチンが地獄の門へ飲み込まれるとともに、真っ赤な異形の赤ん坊が残される。科学者ブルーム博士に引き取られたその悪魔の子は、やがてヘルボーイと名付けられ、極秘機関《超常現象調査防衛局》のエージェントになる。そして現代。オカルト結社の残党はラグナロク計画の完遂を目指す。

4世紀、ローマ帝国末期のエジプト、アレクサンドリア。宗教をめぐる市民の対立から街が荒廃する中、類まれなる美貌と明晰な頭脳を持った女性天文学者ヒュパティア（レイチェル・ワイズ）は、分け隔てなく弟子たちを受け入れ、講義を行なっていた。彼女は訴える。「世の中で何が起きようと、私たちは兄弟です。」生徒でもあり、後にアレクサンドリアの長官となるオレステス（オスカー・アイザック）、そして奴隷ダオス（マックス・ミンゲラ）は密かに彼女に想いを寄せていた。やがて、科学を否定するキリスト教徒たちと、それを拒絶する学者たちの間で、激しい対立が勃発。戦いの最中、キリスト教指導者は知る。この都市の有力者たちに多大な影響を与えているのは、ヒュパティアだということに。そして攻撃の矛先は、彼女に向けられたのだった―。

過去との決別のために新天地に来たグレタ は、老夫婦と暮らす8歳の男の子のベビーシッターのアルバイトとしての仕事に就いた。しかしその少年は人間サイズの人形だった…。冗談かと思い笑うグレタを前に、老夫婦はその人形を「ブラームス」と呼び人間として溺愛しグレタを驚愕させる。さらにその人形を世話するときの「必ず守らなくてはいけない」10のルールを知らされグレタは衝撃を受ける。やがて老夫婦が旅行に出かけ不在になった屋敷でグレタがルールを無視し始めた時から人形に奇妙な現象がおき始める。それは想像を絶する惨劇の始まりだった。一体人形に何が起こりはじめたのか?

極秘任務の失敗により海兵隊を除隊された女性が、ニューヨークの高級ビルでドア係として働き始める。あるとき、そのビルに強盗団が侵入。一味の狙いは、ビルの壁の奥に隠された、東ドイツの名画だった。入居者、さらには甥と姪を人質に取られたドア係の女性は、海兵隊で培ったスキルを駆使して強盗団に挑みかかる。