サイボーグ009、初の映像化作品。 世界中に戦争を引き起こし、兵器を売りつける謎の組織「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」に誘拐され、最強の兵士＝兵器であるサイボーグに改造されてしまった少年・島村ジョー。数々の戦闘テストに合格し、ゼロゼロナンバー9人目の戦士・009となった彼は、同じように改造された8人のサイボーグ戦士たちとともに「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」からの脱走を試みる。脱走は成功したかに思われたが、仲間の一人、003が敵の手に捕らわれてしまった。再び「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」へと乗り込んだ009たちは、罠をかい潜り無事003を救出し、敵基地を壊滅させたのだった。

世界各地の都市を破壊する巨大怪獣を倒すべく、平和な日常を捨てて、再び集結したサイボーグ戦士たち。その旅の途中で009は記憶喪失の少女・ヘレナと出会うが、それさえも「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の罠だった。怪獣を追い詰めたその先に待っていたのは009の前に立ちはだかるヘレナ。なんと彼女は「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」のスパイ、サイボーグ0010だったのだ！ ヘレナと対決するものの、彼女にトドメを刺すことができない009。やがて009に命を救われたことで心が動いたヘレナの助力によって、サイボーグ戦士たちは敵基地の爆破に成功し、ついには「黒い幽霊団（ブラック・ゴースト）」の野望を打ち砕いたのであった。