新帝国ギアの総統・ドクターマンが本格的な侵略活動を開始した。その頃、突然現れた謎の巨大ロボが、郷史朗ら5人の若者を富士山麓に集めていた。5人は体内にバイオ粒子を持った、宿命の戦士だったのだ。郷史朗たちは、超電子バイオマンとなって新帝国ギアに立ち向かっていく。

サタンゴースがよみがえり、巨獣が暴れだした。エジンに育てられた銀河の野生児ジャスピオンは、超惑星戦闘母艦ダイレオン、アンドロイドのアンリと共にサタンゴースの野望を阻止するため、宇宙へと旅立った。やがて、サタンゴースはその魔手を地球に伸ばした。巨獣帝国建設の野望を打ち砕くべく、ジャスピオンの戦いは地球に舞台を移した。

派閥争いが激しい私立総合「天真楼病院」に、アメリカのカンザス大学から確かな腕を持っている熱血漢の青年医師・石川玄（石黒賢）が赴任してくる。その勤務先の外科には、天才的なメス捌きをもつ医師・司馬江太郎（織田裕二）がいた。患者に最善の努力を尽くそうとする石川に対し、物事にいい加減で傲慢な態度を取り続ける司馬は、医療の際限について冷酷なまでの判断を下す。しかし、外科部長の中川淳一（鹿賀丈史）は司馬の冷血な行動を知っていながらそれを受け入れていた。お互いの理念は分かり合える事もないまま、激しく衝突を繰り返していく・・・