江戸時代-宝永四年。かつてこの世が闇に支配された時代。霊峰・富士の大噴火により、封印されていた魔界との結界が破れ、次々と地上に悪しき妖怪が溢れ出す。この事態を打破すべく、幕府の命を受けたひとりの少女がいた-17歳の少女、妖怪討伐士さくや。彼女は、この世で唯一、妖怪を斬ることができる妖刀"村正"を受け継ぐが、この村正が、妖怪たちの汚れた血を吸うたびに、さくやの生命の残量は減っていく。やがて、さくやは父が手にかけた妖怪の子供を、弟として育てることを決意する。血を超えた絆で結ばれた二人の行く手には、世界の存続を賭けた壮絶な戦いが待っていた!

“関ヶ原の戦い”を経て、覇権は豊臣家から徳川家へと移った。しかし、未だ徳川家康の天下は盤石とは言えず、反乱分子の芽は決して見過ごすことの出来ない存在だった。そこで、太平の世を願う家康の側近、南光坊天海は、爺に対して反乱を企てる危険のある者を事前に抹殺するための暗殺者集団育成を密かに命じた。それを受け爺は、少女あずみをはじめ戦乱で孤児となった幼子を集めると、過酷な修行を課して最強の戦士へと鍛え上げていく。それから10年、無事修練を終えたあずみら10人の戦士たちは、自らに課せられた尊い使命を信じ希望と闘志に燃えるのだった…。

生物の始祖的存在である不死の生命体・アンデッドは人類を巻き込んだ戦いを繰り広げていた。それを食い止めるため、人類基盤史研究所（以下“ BOARD ”）が作り出した戦士・仮面ライダーはアンデッドを封印し続けていた。 やがて大半のアンデッドは封印され、最後に残ったのは相川始と名乗る人間に化けていたジョーカー、またの名を仮面ライダーカリス。剣崎一真 / 仮面ライダーブレイドは始 / ジョーカーとの死闘の果てに彼を封印し、長き戦いは幕を下ろしたはずであった。 その4年後（西暦2008年）。清掃員として働いていた剣崎の元に、仮面ライダーとアンデッドの戦いを記した本の出版で財を成した、かつての仲間である白井虎太郎が現れる。虎太郎の姪である栗原天音の14歳の誕生日を、昔の仲間で祝おうと言うのだ。虎太郎と共に仲間たちに会いに行く剣崎だが、就職活動で忙しい上城睦月 / 仮面ライダーレンゲルや、結婚を控えた広瀬栞の反応は冷たい。4年間の空白で生じた溝にショックを受ける剣崎たちの前に、封印したはずのアンデッドが多数出現する。生身で応戦する剣崎だが、当然敵わない。そんな時、3人の仮面ライダーが突然現れ、瞬く間にアンデッドを封印していった。声をかける剣崎だったが、生身で戦ったことで夏美に平手打ちされ、聞こうとするも志村に止められ、3人は剣崎を無視してその場を後にした。

10年程前、過労死で夫を亡くした小島紗和子は、自閉症の一人息子、富美男を女手一つで育ててきた。紗和子は不況の影響で勤めていた会社を解雇され再就職のために資格を得ようと職業訓練校へ通うことに。そこには大企業をリストラされた高野周吉がいた。ある日、周吉が紗和子の忘れた教科書を届けたことから二人は次第に心惹かれ合う。