国際情勢が緊迫する1960年代、強力なテレパシー能力を持つ青年チャールズが、金属を自在に操れるエリックとめぐり合う。ミュータントとして人類と闘うべきか共存すべきか、異なる信念を抱きながらも友情を深めたふたりは、世界各地のミュータントを仲間に迎え入れていく。しかし戦時中にエリックの母親を殺した元ナチスの科学者ショウが、ミュータント集団“ヘルファイヤークラブ”を結成。やがてショウが悪魔のごとき計画を実行に移したとき、チャールズとエリックはその野望の阻止に挑むが、過酷な運命は彼らの絆を引き裂き、人類との“共存”か“支配”か、という正反対の道へと導いていくのだった……。

移住目的で惑星セレステに向かい、40年の旅を続ける宇宙船“オービター9”。出発から3年後、今後酸素が不足することが判明し、娘を生かそうと両親が船外に消えてから17年間、彼らの娘エレナはたったひとりで生きてきた。ある日、酸素供給装置の故障を修理すべく、エンジニアのアレックスが到着。成人後初めて出会った男性であるアレックスに好意を抱いたエレナは、自身から彼に抱かれる。直後、アレックスは船を去る。