1945年、第二次世界大戦末期の東部戦線。ある密命を受けたソ連軍の偵察部隊がカメラを携えた記録係を伴い、ナチス・ドイツの占領地域へと向かう。やがて一行は、古びた教会で謎の大虐殺が行われた現場に遭遇、さらにその地下で不気味な施設を発見する。そこは、禁断の実験に取り憑かれたフランケンシュタインの末裔であるナチスのマッドサイエンティスト、ヴィクター・フランケンシュタイン博士が最終兵器として死体と機械を合体させ、不死身の“武器人間”を製造している秘密工場であった。

リオデジャネイロの犯罪王から100億円を、まんまと奪い取ったドミニクだったが、世界中で犯罪行為に手を染める巨大犯罪組織を追うFBI特別捜査官ホブスに協力を依頼される。ホブスの話によると、その犯罪組織に関わっているのはドミニクの死んだはずの元恋人レティだった。

国際情勢が緊迫する1960年代、強力なテレパシー能力を持つ青年チャールズが、金属を自在に操れるエリックとめぐり合う。ミュータントとして人類と闘うべきか共存すべきか、異なる信念を抱きながらも友情を深めたふたりは、世界各地のミュータントを仲間に迎え入れていく。しかし戦時中にエリックの母親を殺した元ナチスの科学者ショウが、ミュータント集団“ヘルファイヤークラブ”を結成。やがてショウが悪魔のごとき計画を実行に移したとき、チャールズとエリックはその野望の阻止に挑むが、過酷な運命は彼らの絆を引き裂き、人類との“共存”か“支配”か、という正反対の道へと導いていくのだった……。

世界最大級の歌合戦に出場するチャンスを手にした小さな町のデュオ。だが有力なライバルや邪魔者、舞台での思わぬ出来事が、夢をかなえたい2人の行く手を阻む。

何世紀もの間、ひそかに人類を守ってきた4人の不死身の兵士たち。だが、その特殊能力を知った謎の組織が、私利私欲のために彼らを狙い始める。