妖精たちの棲むピクシーホロウは、秋の到来を祝う「秋の祭典」の準備に取り掛かっていた。ティンカー・ベルは、クラリオン女王と秋の大臣から月の石を納める聖なる杖を作ることを任された。しかし、テレンスと口論したはずみに完成間近だった聖なる杖を壊してしまう。その後、妖精の粉を生み出すための大切な宝物である月の石まで壊してしまう。壊れた月の石を復活させるため、インカンタの魔法の鏡を探しにティンカー・ベルは旅に出る。

ピクシー・ホロウのはずれに冬の森があると聞いたティンカー・ベルは、禁じられた境界線を越えて冬の森を訪れ、そこで自分にそっくりな冬の妖精ペリウィンクルと出会う。仲良くなった二人は、お互いの住む村や森に相手を誘うようになるのだが、そんな行動がピクシー・ホロウに重大な危機を招くことになるなど、まったく気がついていなかった。

空飛ぶ海賊船、現る！それはまだ、ティンカー・ベルがピーター・パンに出会うずっと前のこと。ある日、孤独な妖精ザリーナが、とても貴重な“青い妖精の粉”と共に姿を消してしまいました。なんと彼女はネバーランドに現れた海賊と手を組み、盗んだ粉でピクシー・ホロウだけでなく人間の世界も危機にさらす“あること”を企んでいたのです。そこで立ち上がったティンクと仲間たち！！しかし、すでにザリーナは独自にブレンドした妖精の粉を使い、ティンクたちの能力を操ろうとします。果たしてティンクたちは“青い妖精の粉”を取り戻すことができるのでしょうか…！？

初めて“夏”のメインランド（人間の住む世界）を訪れた時、ティンカー・ベルは『妖精さん ようこそ』と書かれた札の書かれた“妖精の家”を見つける。“妖精の家”に入ったティンカー・ベルは、“妖精の家”を作った少女リジー・グリフィスに捕らえられてしまう。忙しくて相手をしてくれない父親に寂しさを感じていたリジーとティンクは次第に心を通わせていく。一方、妖精の仲間たちは、捕らえられたティンクの救助にやってくるが、今度はヴィディアがリジーの父親、グリフィス博士に捕まってしまう。