1980年、人類は謎の円盤UFOによる異星人の地球侵略に対し、秘密裏に地球防衛組織「SHADO(Supream Headquarter Alien Difence Organization)」を結成。SHADOの司令部はイギリスにある映画会社の地下深くに建設され、ストレイカー司令の下、月面に建造されたムーンベースと、核弾頭を搭載したインターセプター。衛星軌道上に配置された早期警戒コンピュータ衛星S.I.D。世界で最も進んだ潜水艦で、前部に超音速戦闘機スカイ1を搭載した潜水艇スカイダイバーなどの数々の防衛兵器で日夜謎の円盤UFOによる地球侵略に対抗していた。

1999年9月13日。月面に廃棄されてた大量の核廃棄物質が大爆発を起こし、月はその軌道を外れ太陽系外の宇宙へと漂流をはじめた。大宇宙を果てしなく彷徨うこととなった月面基地ムーンベース・アルファのスタッフは、様々な宇宙の脅威にさらされることとなる。

1980年、人類は謎の円盤UFOによる異星人の地球侵略に対し、秘密裏に地球防衛組織「SHADO(Supream Headquarter Alien Difence Organization)」を結成。SHADOの司令部はイギリスにある映画会社の地下深くに建設され、ストレイカー司令の下、月面に建造されたムーンベースと、核弾頭を搭載したインターセプター。衛星軌道上に配置された早期警戒コンピュータ衛星S.I.D。世界で最も進んだ潜水艦で、前部に超音速戦闘機スカイ1を搭載した潜水艇スカイダイバーなどの数々の防衛兵器で日夜謎の円盤UFOによる地球侵略に対抗していた。