西暦2371年（宇宙歴48315.6）、惑星連邦のキャスリン・ジェインウェイ艦長率いる最新鋭の宇宙船ヴォイジャー号は、未開の星域で行方を絶ったマキの宇宙船を捜す任務にあたっていたが、未知なる生命体の驚異の力で銀河系のはるか彼方“デルタ宇宙域”に飛ばされてしまう。地球から7万光年離れたそこからは、最大ワープスピードで進んでも70年を要するのだ…。しかしジェインウェイ艦長の見事な統率により、対立するヴォイジャーとマキ両船のクルー達は生きて惑星領域に戻るべく団結、未踏のデルタ宇宙域を調査しながら地球への早期帰還を目指す。

24世紀初頭。辺境の惑星ベイジョーは、近くでワーム・ホールが発見されたため、銀河の果ての、未踏の地への入り口として戦略的重要拠点となった。30年あまりの間、カーデシア人の侵略を受けた惑星ベイジョーの人々は、壮絶な戦闘の末、彼らを撃退した。しかし、その美しかった国土は焦土と化し、資源は全て搾取され、惑星内の情勢は不安定であった。また、カーデシア人の前線基地だった宇宙ステーション“ディープ・スペース・ナイン（DS9）”は防衛機能などの最新設備が破壊されたまま放置された。地球を中心とする150の文明が同盟を組んだ『惑星連邦』は、惑星ベイジョーの連邦加盟のため地球人ベンジャミン・シスコを司令官に任命し、“DS9”に派遣する。ベイジョー奪還をもくろむカーデシア人に包囲され、宇宙探検家、商人、スパイなどさまざまな航行者が行き交う混沌とした宇宙ステーションを舞台に、シスコ司令官ほかクルーたちの活躍を描く。

24世紀初頭。辺境の惑星ベイジョーは、近くでワーム・ホールが発見されたため、銀河の果ての、未踏の地への入り口として戦略的重要拠点となった。30年あまりの間、カーデシア人の侵略を受けた惑星ベイジョーの人々は、壮絶な戦闘の末、彼らを撃退した。しかし、その美しかった国土は焦土と化し、資源は全て搾取され、惑星内の情勢は不安定であった。また、カーデシア人の前線基地だった宇宙ステーション“ディープ・スペース・ナイン（DS9）”は防衛機能などの最新設備が破壊されたまま放置された。地球を中心とする150の文明が同盟を組んだ『惑星連邦』は、惑星ベイジョーの連邦加盟のため地球人ベンジャミン・シスコを司令官に任命し、“DS9”に派遣する。ベイジョー奪還をもくろむカーデシア人に包囲され、宇宙探検家、商人、スパイなどさまざまな航行者が行き交う混沌とした宇宙ステーションを舞台に、シスコ司令官ほかクルーたちの活躍を描く。