慶応四年一月。鳥羽・伏見の戦いの大勢は決し、幕軍は潰走を始めていた。そんな中、大坂の盛岡藩蔵屋敷に満身創痍の侍が紛れ込む。かつて盛岡藩を脱藩し、新選組の隊士となった吉村貫一郎であった。保護を求める吉村に対し、蔵屋敷差配役であり吉村の旧友であった大野次郎右衛門は冷酷にも彼に切腹を命じる。 時は流れ、大正4年。北海道出身の記者が、吉村を知る人々から聞き取り調査を行っていた。

天竺を目指して旅を続ける三蔵法師とお供の孫悟空たち。砂漠を進む一行は、やがて虎誠（フーチェン）の国に到着。そこで王女・玲美と出会った彼らは、本来緑に包まれていたこの国が強大な妖怪、金角大王と銀角大王によって砂漠に変えられ、玲美の両親である国王と王妃が呪いによって亀の姿に変えられてしまったことを知る。国と両親を救うため力を貸してほしいと懇願する玲美に、血気盛んな悟空は協力すると約束する。

クリスマス目前のローマ。亡き夫との思い出が詰まった街で、矢上紗江子（天海祐希）は最愛の娘の失踪（しっそう）するという最悪の事態に見舞われてしまう。身代金目的の誘拐か、それともテロか……？　犯人グループが警察の包囲網をかく乱し、捜査が一向に進展しない中、事件の真相に迫る外交官・黒田（織田裕二）は、ある事実に行き当たる。

2010年3月28日。湾岸署は3日後の新湾岸署の開署にむけて、刑事課強行犯係の係長・警部補となった青島俊作の指揮の下、引越しの準備で騒然となっていた。 引っ越し作業の最中、管内でバスジャック事件とネットワークで管理された金庫がクラッキングでこじ開けられた銀行強盗事件が立て続けに発生。青島やすみれがそれぞれ現場に急行するが、どちらも「何も盗られていない」という妙な共通点があった。

2012年12月、湾岸署が管轄内で行われている国際環境エネルギーサミットの警護で慌ただしい中、その会場内で誘拐事件が発生、数時間後に被害者は射殺体で発見された。捜査会議が開かれるが、使用された拳銃が警察が押収した物の一つだと発覚したことから、その隠蔽のため、全ての捜査情報を鳥飼に文書として報告し、所轄には極秘状態という異例の捜査体制となる。 やがて捜査本部はある一人の男性に注目。本庁に類が及ばないよう、現場を知る所轄を信頼しているからと言葉巧みに湾岸署刑事課強行犯係を誘導して、この男を任意同行させ、捜査本部による自白強要によって被疑者に仕立てて事態収束を図るが、青島はそんな上層部達の不審な動きに気付いていく。そんな中、第二の殺人事件が発生、被害者が当時交渉課課長時代の真下も関わった6年前の誘拐殺人事件の被告で無罪判決を受けていたことが判明する。一方、独自に動いていた青島は鳥飼の策により、先だって捜査本部が逮捕した被疑者に対する「誤認逮捕」「自白強要」という冤罪を着せられて辞職勧告にまで追いやられ上層部に警察手帳を奪われる。一方で室井も事件の捜査本部長の任に就いた後に青島の責任を取る形での辞職が決定されてしまう。 そして真下の息子が誘拐される第三の事件が発生。警察手帳を取り上げられてしまった青島だったが、誘拐事件の発生を知り室井に報告し共闘を進言。室井はこれを受け入れて青島に捜査への参加を命令する。青島は室井からの命令を受けて人質救出・犯人逮捕に奔走。一方、捜査本部を率いる室井は本庁・所轄問わずに集められた情報から事件の真相へと近づいていく。

1970年代、群馬県の山奥にある全寮制中学“独立学園”。父を亡くして転校してきた道夫は、きつ音のため、級友からのいじめに遭う。道夫はソプラノの声で歌う美しい少年、康夫に出会い、合唱団の顧問、清野に引き合わされる。清野から歌っているときは、きつ音にならないことを指摘された道夫は、合唱団に入部し、康夫と共に地区大会を目指し練習に励む。

お笑いコンビ・房総スイマーズは結成12年を迎えながらもいまだに売れる気配がない。高校卒業後にお笑いの世界を目指して走りはじめた田中（伊藤淳史）と甲本（小出恵介）も、気がつけば30歳を目前に控えていた。コンビの将来について真剣に話すことをなんとなく避けてきた二人は、もう後がない自分たちをなんとかするために、交換日記を始める。次第に真剣に互いの本音をぶつけ合う二人。再び夢に向かい始めた二人は、お笑いコンテストにすべてを賭けるが……。

通常の捜査では解決できない特殊な事件を専門に扱う部署「警視庁公安部公安第五課未詳事件特別対策係」通称“未詳(ミショウ)”。特別捜査官の当麻紗綾（戸田恵梨香）と瀬文焚流（加瀬亮）の元に「ミイラ死体殺人事件」のニュースがもたらされる。これはスペックホルダーによる犯行なのか？事件はやがて国家をも揺るがす大事件となっていく。シンプルプランとは？ファティマ第3の予言とは？その時、当麻の左手に激痛が走る！

Aiセンター稼働を巡る司法と医療の対立が表層化した東城大学医学部付属病院を襲った未曾有の危機「アリアドネ・インシデント」から一月後の7月。不定愁訴外来責任者の田口は高階病院長から、先方の依頼で院長宛に送られた「八の月、東城大とケルベロスの塔を破壊する」と綴られた脅迫状の調査協力を依頼される。しかも、田口に協力を要請した先方とは高階にこの件を相談を受けていた白鳥の部下・姫宮香織だった。

名古屋の女子高に通うお気楽女子高生のさやかは全く勉強せず、毎日友人たちと遊んで暮らしていた。今の状態では大学への内部進学すらままならないと案じた母は、さやかに塾に通うよう言いつける。彼女は金髪パーマにピアス、厚化粧にミニスカートのへそ出しルックで渋々入塾面接に行き、教師の坪田と出会う。

かつて妻が殺された事件の謎に迫った警視庁公安部の倉木。新たに東京では高層ビルのあるフロアに権藤ら武装集団が押し入って占拠する事件と、ペナム人の少女が拉致されそうになる事件が同時に発生し、後者の現場に居合わせた倉木に救われた少女は、かつて倉木と働き、今は私立探偵になった元刑事の大杉に偶然かくまわれる。だがそこへ権藤が現われ、少女の代わりに大杉の娘を連れ去り、倉木の同僚の明星も権藤の一味に拉致される。

仙崎（伊藤英明）は50日間に及ぶ潜水士の研修で、工藤（伊藤淳史）とペアを組まされる。誰よりも能力が劣る工藤を励まし支える仙崎。しかし、リーダー格の三島（海藤健）は彼らに理解を示さず、やがて仙崎と対立する。

高専に通う里美は何事にもやる気ゼロの落ちこぼれ生徒。授業の課題だったロボット製作も手を抜いたばっかりに1ヵ月の居残り授業が確実に。それを免れる条件として担任の図師は“ロボット部に入って、ロボコンに出場する”という妥協案を出してきた。実は、わずか3人のロボット部は1人がほとんどユウレイ部員と化していたせいで、大会出場規定の3人を満たせずピンチに陥っていたのだった。他の2人もどうしようもない変わり者だったが、居残り授業よりはマシと、渋々仮入部する里美。そして、とりあえず地方大会へと出場するのだったが…。

愛媛県今治市にあり、弘法大師空海が開いたとされる四国八十八カ所霊場の第57番札所、栄福寺で生まれ育った進。彼は高野山の山上都市にある高野山大学で修業し、僧侶としての資格である“阿闍梨（あじゃり）”の位を得て実家に戻ってくる。髪も伸びて地元の書店で働きだした進だったが、祖父が病に倒れたことを機に自分の進むべき道を定めた彼は光円と改名し、住職としての活動を始める。だが、新生活は思わぬことばかりだった。

若くして新人賞を受賞して人気作家になった小説家の佐久本だが現在はスランプで、週刊誌での連載も低迷。年下の担当編集者ミチルに励まされても筆は進まない。ある夜、占い師風の女性から“タコ”というキーワードを教えてもらった佐久本は地方の多古町にある古民家に引っ越すが、そこで近所から庭先に集まってくる猫たちに魅了され、餌などを与えてかわいがるように。一方、週刊誌では佐久本の連載を打ち切ることが決まる。

２０１２年。彗星が地球に激突するまであと５時間。人々が方々へ避難し静まり返った街で唯一つ営業を続けるレコード店があった。そこにいるのは、店長と不気味な車椅子の客、谷口。“もうすぐ世界が終わる”と語る谷口に、店長は“正義の味方が世界を救う”と返す。店内には７０年代に解散したマイナーなパンクバンドの曲“FISH STORY”が流れていた。１９８２年。気の弱い大学生、雅史は仲間と車で合コンに参加。その最中、1人が“FISH STORY”という曲にまつわる不気味な噂を語り始める。無音になる１分間の間奏の間に、女性の悲鳴が聞こえるという。

夏の日の東京。ギャンブルから足を洗えず、借金まみれのシンヤ(岡田准一)は、オレオレ詐欺に手を染め、老婦人をだまそうとする。しかし、その老婦人と心が触れ合ってしまい、金を引き出せずにいると、街で寿子(宮崎あおい)という女性と出会う。寿子は、母・鳴子(宮崎あおい・二役)の恋の軌跡をたどろうと、とある場所へ向かっていた。

ヤクザの幹部として潜り込み、麻薬取引を監視する潜入捜査官。 森屋純は、指定暴力団織田組に6年潜入捜査をしている神奈川県警の警察官。そのことを知るのは、直属の上司・小野寺力警視正のみ。森屋は、ヤクザと警官という長年の二重生活に加えて正体が露見し殺害される恐怖による苦痛から任を解かれる事を切望していた。 森屋はタイのマフィアとの麻薬取引の情報を小野寺に漏洩させるが、県警内部に組長織田が送り込んだスパイの県警の刑事・高山亮介警部が警察の捜査情報を織田に流し、警察とヤクザの間で情報戦が展開される。結果、麻薬取引は失敗し組員は証拠不十分で全員釈放され、両者痛み分けになった。このことで双方の内部に犬（内通者）の存在が明らかになった。 織田組に買収された刑事がいると踏んだ小野寺は森屋に、潜入捜査官が組内部にいると踏んだ織田は高山に犬の正体を探らせる。 森屋の唯一の安らぎは、偶然知り合った精神科医の西田奈緒子のカウンセリングだった。森屋は奈緒子に、自分の正体を「友達の話」として語り、元に戻ったら乾杯しようと約束する。 時を同じくして、森屋は織田の決定的な犯罪証拠を掴むが、弟分のヒロシが潜入捜査官の疑いをかけられ、織田や組員らに拷問を受けてしまう。半殺しの目に遭いながらも拷問に耐えたヒロシに、森屋はカタギになるよう言い聞かせる。 翌日、森屋はあるビルの屋上で小野寺と密会し、ようやく潜入の任務から解放されることになった。しかし、小野寺の動向から潜入捜査官と密会することを察知した高山からの連絡を受けた織田は、組員たちを差し向ける。小野寺の機転でビルから脱出した森屋だが、小野寺は組員に捕らえられリンチの末惨殺された。さらに逃走を図る組員と刑事の銃撃戦の中で、更生を促したヒロシも致命傷を負ってしまう。森屋の正体に気づいていたような言葉を残して息を引き取ったヒロシを残し、森屋は1人夜の闇の中へ消えて行った…。

凶悪犯の張り込みの最中に親友で同僚の堀部の好意に甘え、数カ月前に幼い子供を亡くし失意のまま体調を崩していた妻・美幸を病院に見舞った西は、そこで妻が不治の病で助からないことを聞かされる。ショックを受ける西。だがそんな彼に、更に堀部が犯人の凶弾に倒れたとの連絡が入った。その後、犯人は別の場所で発見されるも、逮捕へのあせりから西は失態を演じ、後輩の田中が命を落としてしまう。罪悪感にさいなまれ、職を辞す西。彼は、下半身不随となり車椅子の生活を送る堀部に画材道具を贈る為、また田中の妻や余命幾ばくもない美幸との生活資金を工面する為、ヤクザから借金を重ねるようになる。しかし、その返済に首が回らなくなり、思い余って銀行強盗を決行。盗んだ金を堀部や田中の妻に送り、ヤクザに借金を返済すると、残った金を持って美幸と共に旅に出るのだった。だが、そんな西をヤクザたちは利子が足りないと言って執拗に追いかけてきた。妻との残り少ない時間を誰にも邪魔されたくない。西は、追ってきたヤクザたちを次々に殺害していく。やがて、後輩の刑事の中村が西の身を案じて駆けつけてきた。しかし、西は彼にもう少し時間をくれと頼む。静かな砂浜、妻をそっと抱き寄せた西は、自ら自分たちの人生に幕を引く。

湾岸署刑事課強行犯係係長に昇進した青島俊作（織田裕二）は、強行犯係のメンバーである和久伸次郎（伊藤淳史）、篠原夏美（内田有紀）、緒方薫（甲本雅裕）、栗山孝治（川野直輝）、王明才（滝藤賢一）らと「交通安全教室」を開催するなど、普段と変わらない日々を過ごしていた。そんな折、湾岸署署長となった真下正義（ユースケ・サンタマリア）から王刑事の結婚式が執り行われることが発表される。王刑事は、中国警察との国際交流の一環としての研修で湾岸署に配属されたこともあり、式には長官官房審議官の室井慎次（柳葉敏郎）はもちろん、中国側の高官も出席し、外向的な意味合いも含め、湾岸署あげてのビッグイベントになるという。 幹事には、真下の不安をよそに青島が立候補。強行犯係のみならず、警務課、交通課、生活安全課、地域課などを含め、入念な準備を進めていると報告する青島。しかし、署長の真下と前署長の神田総一朗（北村総一朗）が仲人を巡る派閥争いを繰り広げたり、式の出し物はどうするかなど湾岸署はてんやわんや。そんな中、国際指名手配されている結婚詐欺師が来日したとの情報が湾岸署に入る・・・。

　　「検索する女」 　　「自殺者リサイクル法」 　　「理想のスキヤキ」 　　「呪い裁判」 　　「夢の検閲官」

2003年6月。大学生の真中有人は偶然、中学生時代の同級生の相楽美音と再会した。美音は実は笛吹興産社長・笛吹音右衛門が妾に産ませた子であり、母親の死後に笛吹家に引き取られたのだという。 ここ数年の笛吹家は立て続けに不幸に見舞われており、かつて音右衛門に借金をした末に破産して自殺した音楽家・琴村弦三が「笛吹家を呪う」と言い残していたという。その呪いのためか、当主の音右衛門が一ヶ月前に海難事故で死亡していた。 有人は、岡山の別荘で遺産相続の話し合いが行なわれると聞き、美音のナイト役になろうと考え、その話し合いに参加すると申し出る。別荘は死んだ琴村のかつての家だった。この家の周りでは、全身を包帯に包んだ「謎の包帯男」に何度も襲われており、家人たちは面白半分に『琴村の幽霊』ではないかと噂していた。 やがて弁護士が遺言を公開するが、音右衛門の遺産は僅か400万円しか残っておらず、株の大半は副社長の鐘田に相続されることになった。しかも相続税が払えないのでこの屋敷は壊し、土地を売却するしかない状況であった。美音たちの兄姉は悔しがるが事実上打つ手が無かった。美音は何とかしようと、かつて音右衛門が話していた笛を探し回る。 翌日、鐘田が納戸のトランクの中で死体となって発見された。美音は犯行現場のコントラバスケースの中に、探していた笛を見つける。 警察が捜査すると、家にいた全員にアリバイが無かった。笛吹律が養っている芸術家・響木弾は、美音が琴村の弟子だったことを調べ上げ、お前が犯人なのは黙ってやるから体を差し出せと襲い掛かってくる。美音は必死で、「困ったときに吹くと一度だけ助けてくれる笛」を吹き鳴らすのであった。

ルポライターの浅見光彦（岩田剛典）は、取材先で様々な事件を引き寄せる不思議な能力の持ち主。今回訪れた軽井沢の浅間山で1枚の写真を拾うが、これも新たな事件の始まりだった――。 光彦は財界の重鎮で大原物産会長・大原賀一郎の別荘を訪問。伝手を頼って元伯爵家令嬢の妻・亜矢子に軽井沢の話を聞けることになったのだ。ところが大原家に警察が。事故死した男性の所持品に亜矢子のものらしきスケッチブックがあったという。亜矢子は明らかに動揺している様子で…。 警察庁刑事局のトップの光彦の兄・陽一郎曰く、男性はベンチャー企業の社員・平山宏一。何者かに追われ事故にあったとされている。また大原物産と仕事で関わりがある人物で、死の間際、婚約者・野本美貴に「ホトケのオデコ」という謎の言葉を残していた。

大ヒットシリーズ『チーム・バチスタの栄光』と『チーム・バチスタ2 ジェネラル・ルージュの凱旋』の間を埋めるスペシャルドラマが『ナイチンゲールの沈黙』。 前作と同様に、原作とは異なる内容でストーリーが展開！ ストは「東城医大救命救急では、不正が行われている」という謎の投書が特別愁訴外来に送りつけられ、田口と白鳥がその調査のために病院内を闊歩するという『チーム・バチスタ2 ジェネラル・ルージュの凱旋』に繋がることが示唆されるシーンで締めくくられている。

シリーズ第2弾の後日談。医療に情熱を燃やす救命医・速水が進退極まるピンチに！

ネバダ州の田舎町に暮らす矢島ファミリーは、小さな美容室を営みながら幸せに暮らしていた。だがある日、一家の父・徳次郎が理由も告げずに失踪、残された母マーガレットと長女ナオミ、次女ストロベリーは途方に暮れてしまう。そんな中、ストロベリーは小学校のライバル、ラズベリーとソフトボール対決をすることになり、ナオミはミス・ネバダコンテストの決勝進出が決定する。心が乱される中、2人の決戦の日が近づいていき……。

「TOKYO MER」の正式認可から半年。全国の政令指定都市にMERを展開するため、チームを去ることになった音羽（賀来賢人）の代わりとなるセカンドドクター問題に喜多見（鈴木亮平）は頭を悩ませていた。チーム内では比奈（中条あやみ）の昇格を望む声も上がるが、音羽は比奈に循環器外科の道に進むべきだと断言。比奈も音羽の代わりになれるのかとプレッシャーを感じ、悩んでいた。そんな折、サポートドクターとして青戸（伊藤淳史）がMERにやってくる。青戸は音羽と同じく厚生労働省の医系技官で、表向きはセカンドドクター候補としての派遣だが、そこには厚労省側のある思惑が･･･。そんな矢先、隅田川で大型水上バスと屋形船の衝突事故が発生。多数の負傷者を乗せたまま、コントロールを失った屋形船は暴走。現場に急行したMERのメンバーたちだが、接舷できないため乗り込むことさえできない。さらに船底内部での燃料漏れにより、多くの患者を乗せたまま爆発する可能性が発覚！喜多見たちは取り残された人々の救助のため、予想外の作戦に出る。それはまさに、決死の挑戦だった･･･。