元アメリカ軍のエリート秘密捜査官ジャック・リーチャーは、現在はたったひとりで街から街へと放浪の旅を続けている。ある日、ケンカ騒ぎの末に保安官に連行されそうになったリーチャーは、この騒動が何者かによって仕組まれたものだと気づく。元同僚のターナー少佐に会うため軍を訪れると、ターナーはスパイ容疑をかけられ逮捕されていた。ターナーを救い出したリーチャーは、軍内部に不審な動きがあることを知り、真相を探り出そうとする。

スーザン・スミスは、地域一帯を支配する麻薬密売人であるキャッシュの女として、裏社会に生きていた。だが薬物所持の現場をFBIに押さえられ、罪を問われない代わりにFBIの情報提供者となるよう、捜査官のマーク・パットナムに要請される。パットナムは裕福な不動産開発業者の娘と結婚していたが、ある日、スミスの誘惑に負け関係を持ってしまう。ベッドでパットナムに抱かれながら、スミスの脳裏にはある計画が浮かんでいた。

2001年9月11日のその翌日、ミッチ・ネルソン大尉は、最も危険な対テロ戦争の最前線部隊に志願し、特殊作戦の隊長に任命される。わずか12人でアフガニスタンへ乗り込み、反タリバンの地元勢力を率いるドスタム将軍と手を結び、テロ集団の拠点マザーリシャリーフを制圧するのだ。だが、現地に着いた彼らに、次々と予期せぬ危機が襲いかかる。敵の数はまさかの5万人、しかも彼らは米兵の命に高額の懸賞金をかけていた。さらに、将軍から険しい山岳地帯で勝利を収めるための最大の武器は、ほとんどの隊員が1度も乗ったことのない“馬”だと言い渡される。

1967年の夏、アメリカ・ミシガン州デトロイトで大規模な暴動が発生し、街が騒乱状態となる。2日目の夜、州兵集結地の付近で銃声が鳴り響いたという通報が入る。デトロイト警察、ミシガン州警察、ミシガン陸軍州兵、地元警備隊は、捜査のためにアルジェ・モーテルの別館に入る。数人の警官が、モーテルの宿泊客相手に捜査手順を無視した尋問を開始。自白を強要された宿泊客たちは……。

最愛の家族を殺害されたひとりの女性。ささやかな幸せを奪った者たちに自ら正義の制裁を加えるべく、平凡な心優しき主婦から最強パニッシャーへと生まれ変わる。