シアトルのラジオ局で働く27歳の青年、アダム。酒もたばこもやらない生真面目な彼を突然の病魔が襲う。ガンと診断され、５年後の生存率が50％と宣告される。覚悟を決め、闘病生活に入るアダムに対し、恋人のレイチェルはじめ誰もが心配し優しく励ましてくれる。しかし、腫れ物に触るように接する周囲の態度に居心地の悪さを感じてしまうアダム。ただ一人、女好きで能天気な親友カイルだけは、無神経なほどそれまでと変わらない態度で接してくれた。そんなカイルや少々頼りない若い新米セラピスト、キャサリンのサポートを受けながら病気を笑い飛ばして前向きに闘病生活を送ろうとするアダムだったが…。

かつてFBIの人質救出部隊のリーダーとして活躍していたウィルは、ある事件で左脚が義足になる大怪我を負い辞職する。それから10年を経た現在、愛する家族も得て危機管理コンサルタントとして働いていた。香港に建設された高さ3500フィート（約1067m）の史上最大のビル「ザ・パール」の本格開業に向け、ビルのオーナーのジャオから安全管理のチェックを任されたウィルは、家族を伴ってザ・パールに滞在することになるが、ビルに隠されたある秘密を狙う犯罪組織もまた侵入していたのだった。

ミュータントとして生まれたローガンは、少年時代にその能力が覚醒し以来、人としての幸せを捨て、幾多の戦争に身を投じて生きてきた。ケイラという女性と出会い、初めて人間として生きる喜びを知るが、ローガンの兄ビクターの手によって彼女は殺されてしまう。兄を倒すため謎の巨大組織と取引したローガンは、最強の戦士となるべく、超金属アダマンチウムを全身の骨に移植する改造手術をうけ、ウルヴァリンという名の人間兵器に生まれ変わる。