長い紛争と政治的混乱に苦しみ宇宙へ進出した人類。世界の破滅を目論むコヴナントを阻止できるのは、超兵器"スパルタン"のマスターチーフただひとり。しかしコヴナントの真の野望とマスターチーフの謎めいた過去が重なる時、彼は大きな決断を迫られる。

ドクターは元々ガリフレイ（Gallifrey）という惑星に棲むタイムロード（Time Lord）という種族だった。タイムロードは外見は人間と同じだが、心臓を2個持ち、体が重度の損害を受けた場合は少なくとも12回まで別の体に再生（Regeneration）できる能力を持つ非常に長命な種である。また彼らはターディス（TARDIS：Time And Relative Dimension In Space の略）というタイムマシンにより、宇宙のあらゆる場所、時代に行けるほど高度な文明力を持つ。ただし、自分たちの高い技術を他種族に知られることを恐れて基本的には宇宙で起こる事件に関しては不干渉主義を貫いていた。ドクターはそうした官僚主義的な状態に反発して、修理中のターディスを盗み出して出奔し、数々の冒険を重ねていくことになった。

強い力を持つ見知らぬ女性の登場により、5人の若い村人の人生は一変する。その女性の主張によれば、5人のうちの1人は特別な力を持っており、光と闇のバランスを永遠に変えると予言された人物だという。闇王が牢獄を脱して最後の戦いを始める前に、5人はその女性と共に世界の運命を背負うべきか決めなければならない。