1963年11月22日、ダラスを訪問し、市内を車でパレードしていたJ・F・ケネディ大統領が、何者かに狙撃されるという衝撃的事件が発生。瀕死の大統領はパークランド病院に緊急搬送されるが、当直勤務の医師たちによる必死の救命措置もむなしく息を引き取る。やがて大統領暗殺の容疑者としてリー・ハーヴェイ・オズワルドが逮捕されるが、彼もまた銃撃を受けて、くしくも同じパークランド病院に担ぎ込まれることになる。

かつて、“ウォッチメン”と呼ばれる者たちがいた。彼らは＜監視者＞となって世界の重大事件に関わり、人々を見守り続けてきた。だが1977年、政府の施行したキーン条例によりその活動を禁止され、ある者は一線を退き、ある者は密かに活動を続けていくことに。1985年、未だニクソン大統領が権力を振るい、ソ連との核戦争に陥りかねない緊張状態にあるアメリカ。10月、ニューヨークの高層マンションからエドワード・ブレイクという名の男が突き落とされ、無惨に殺された。そして、そのそばには血の付いたスマイルバッジが。スマイルバッジは、かつてブレイクがスーパーヒーロー“コメディアン”として活躍していたときのトレードマークだった。現場に現われた“顔のない男”ロールシャッハは、事件の背後に陰謀の臭いを嗅ぎとり、すぐさま“ウォッチメン”と呼ばれたかつての仲間たちの周辺を独自に調べ始めるのだったが…。

1969年7月20日、アポロ11号は月面着陸に成功し、ニール・アームストロングとエドウィン・オルドリンは人類で初めて月に降り立ったが、全世界が見守ったこの歴史的偉業の陰で、NASAとアメリカ政府は、ある事実をひた隠しにしてきた。実は月の裏側には、彼らよりも先に未知の宇宙船が不時着していた。