約２万年前の地球。温暖化の波が押し寄せ、氷河期（アイス・エイジ）は終わろうとしていた。マニー、シド、ディエゴをはじめ谷の動物たちはこのポカポカ陽気を満喫している。しかしある日、マニーたちは仲間から“このままだと５日後には大洪水が起こる”という不吉な情報を得る。そして実際に、水をせき止めて谷を守っていた氷壁が割れ始め、谷の動物たちは急いで水の少ない谷の反対側へと大移動を開始。だが、彼らはその道中でさまざまな障害に遭遇してしまう。

まもなく我が子が誕生するマンモスのマニーは、パパになる準備に夢中。一方、サーベルタイガーのディエゴは平和ボケしてしまった自分を見つめ直すため、一人旅を決意。そんな彼らに取り残され、寂しさを感じていたナマケモノのシドはある時、氷に開いた穴に落ちてしまう。すると、そこで３つの卵を発見。家族が欲しいシドは、それらを持ち帰り育てることにするが、生まれてきたのは、なんとティラノサウルスの子どもだった。

ミネソタ州の小さな町にある本屋で、飼い主リンダと仲良く暮らすインコのブルー。読書家で人間顔負けの博識ぶりを誇る彼だが、屋内で育ったために飛び方を知らずにいた。そんな中、リンダのもとをブラジルの鳥類学者チュリオが訪問し、ブルーが絶滅危惧種のアオコンゴウインコだと告げる。絶滅回避のためにリオデジャネイロの研究施設へ来てほしいという頼みを受け、ブラジルへと向かうリンダとブルー。施設で出会った同じ種のジュエルに心ときめくブルーだが、施設に侵入した何者かによってジュエルと共に密売団へと引き渡される。

リオデジャネイロで人間に飼われて暮らすアオコンゴウインコのブルーは、妻のジュエルや3羽の子供たちと共に幸せな日々を送っていた。ある日、野生の仲間がいるかもしれないと知ったブルーは、彼らに会うために一家でアマゾンへと旅立つ。しかし、都会の生活に慣れたブルーたちはジャングルの奥地で様々なトラブルに遭遇してしまう。

ブルースカイ・スタジオが絵本『はなのすきなうし』をアニメ化する感動アドベンチャー。闘牛として生まれながら花が好きな優しいフェルディナンドが、大好きな少女との再会を夢見て、楽しい仲間たちと冒険を繰り広げる。