南米ペルーの密林深く。高い知能を持つ新種のクマの生き残りである子グマは、地震で親代わりの叔父を亡くしてしまった。かつて、ロンドンに来たら歓迎すると叔父に言い残した探検家の言葉を頼りに、彼はイギリスへとやって来る。都会の人々の冷たい仕打ちに途方に暮れる彼だったが、挿絵画家メアリー・ブラウンに助けられることに。出会った駅名にちなんでパディントンと名乗ることになった彼は、ブラウン家に居候する。

今やすっかり“ロンドンっ子”となり、ブラウン一家の人々と幸せに暮らしているパディントン。育ての親のルーシーおばさんの100歳の誕生日プレゼントを探していたパディントンは、アンティークショップでステキな飛び出す絵本を見つける。世界にひとつの絵本を買うお金を貯めるために、働き始めるパディントン。ところがある日、絵本が盗まれ、現場に居合わせたパディントンが、容疑者として逮捕されてしまう。それは、絵本に隠された秘密を知る、落ち目の俳優ブキャナンの仕業だった。有罪になったパディントンは、刑務所一恐ろしい囚人ナックルズと、まさかの友情を結ぶ。