2001年春、2週間の休暇で帰郷したジョンは、女子大生のサヴァナと出会い恋に落ちる。しかし米軍に所属するジョンは赴任地へと旅立ち、ふたりは互いの距離を縮めるため、手紙を交わして愛を育んでいくのだが...。

パキスタンで極秘任務にあたっていた国際機密部隊「G.I.ジョー」は、米大統領の裏切りにより組織解体の危機にさらされる。「G.I.ジョー」の弱体化を受け、テロ組織「コブラ」が再び勢力を拡大。ロンドンをはじめとした大都市が陥落していく。孤立無援に追い込まれた「G.I.ジョー」は初代司令官ジョーをリーダーに迎え、世界の危機に立ち向かう。

身寄りのない思春期ど真ん中の子供、ビリー。ある日突然、彼は魔術師からスーパーパワーをゲット！「シャザム！」それは、最強でサイコーな魔法の言葉！これを唱えれば、筋肉ムッキムキ！稲妻バッキバッキ！のスーパーヒーローに変身できるのだ！ヒーローオタクのフレディといっしょに、悪ノリ全開！止まらない！そんなスーパーパワー絶賛ムダづかい中のビリーの前に、科学者Dr.シヴァナが現れる。手に入れたスーパーパワーのために、フレディがさらわれてしまう…ビリーはついにヒーローとして目覚める！

そんな半人前ヒーローのシャザムが大人の事情が理解できず、神々を怒らせてしまい、“恐怖の神様３姉妹“がペットのドラゴンを引き連れて地球に襲来。未曾有の危機を前に、シャザムは世界のためではなく、ダメな自分を受け入れてくれた仲間のために立ち上がるが…。神々の力を手にするシャザムVS神様3姉妹。神様だらけの最強バトルが開幕する！