うら若き女性であるスーザン・マーフィーは自らの結婚式当日、突如空から降って来た隕石と接触したことで、身長15m21cm（50フィート）に巨大化してしまう。軍隊に捕らえられ政府の秘密基地に収容されたスーザンは「ジャイノミカ」と名付けられ、基地内にて個性的なモンスター達と暮らす事になる。ある日、巨大なロボット・エイリアンが地球に襲来。迫り来る人類の危機を回避するため、モンガー将軍はモンスター達の出動を大統領に提案する。

ニューヨークのセントラルパーク動物園。ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、キリンのメルマン、カバのグロリアは大の仲良し。彼らは安全で快適な動物園の贅沢な暮らしをすっかり満喫していた。しかしある日、外の世界に憧れたマーティがテロリストのペンギンたちと一緒に動物園を脱走、マーティを連れ戻そうと後を追ったアレックスたちともども捕らえられ、ひょんなことから四頭はケニア行きの船に乗せられてしまう。さらに思わぬハプニングで海に投げ出された彼らは、やがてマダガスカル島に漂着。そこで現地の動物たちに迎えられ、生まれて初めて野生の生活に触れた四頭は、次第にそれぞれ本来の習性に目覚めていくのだった。

ライオンのアレックス、シマウマのマーティ、カバのグロリア、キリンのメルマンの４頭とその仲間たちがマダガスカル島に漂着してから数年後。ようやく飛行機でニューヨークへ帰る手筈が整うが、離陸して間もなく燃料切れで不時着してしまう。そこは、彼らの生まれ故郷、アフリカ大陸だった。様々な動物と交流を育むアレックスたち。だがそんな中、水が枯渇する事態に見舞われる。アレックスたちはその原因究明に奔走する。

シュレックとフィオナは、沼のほとりの小屋には戻らず、遠い遠い王国で蛙の姿に戻り、病に伏せるハロルド国王の代理として騎士叙任や新造船の進水式、パーティへの出席に明け暮れる。面倒で慣れない行事に苦戦し、うんざりしていたシュレックだったが、フィオナの父であるハロルド国王の症状が悪化し、逝去してしまう。王位は自分に相応しくないと思ったシュレックは、ハロルド国王が言い残したもう一人の王位継承者、フィオナの従兄弟のアーサーを連れてくるべく、ドンキーとドラゴンの子供達や妊娠したフィオナに見送られ、ドンキーや長靴をはいた猫と旅に出る。

海の底に広がる大都会「リーフシティ」。そこに住むオスカーは大金持ちになりリーフシティのトップになるのが夢。ある日オスカーは、借金返済のための金を待ち合わせ場所の競馬場で誘惑に負けて賭けてしまった。運の悪いことに賭けに負けて、アーニー&バーニーによって深海にさらわれてしまった。ちょうど近くにきていたレニーとフランキーがオスカーを狙うが、運悪くフランキーがイカリに潰されて死んでしまう。アーニー&バーニーはオスカーがフランキーを殺したとカン違い。それをいい事に、オスカーは一躍大金持ちのヒーローになってしまう。

旅の末、フィオナの呪いを解き、無事に結婚したシュレックとフィオナ。幸せな日々を送っていたが、ある日フィオナの両親から、結婚の祝いを行うので来る様にとの手紙が届く。嫌われるに決まっていると最初は渋っていたシュレックだが、同じく結婚したドラゴンと近頃気まずいというドンキーと共に仕方なくフィオナの故郷「遙か彼方の王国」に旅立ち、到着するもシュレックの予想通り、シュレックや怪物姿のフィオナを見た両親はびっくりし、怪物という偏見と考えが合わないことでシュレックと国王は喧嘩をしてしまう。

ポップ村で暮らす妖精のトロールズは、歌、踊り、ハグが大好き。かつてトロールズの村は王国だったが、音楽のジャンルごとに分裂していた。女王のポピーはほかのトロールズが存在することに胸を弾ませるが、ロック村のクィーン・バーブは全ての村を乗っ取ろうとしていた。ポピーたちは世界を守るため冒険に繰り出す。

どんな病気も治すという薬草を探し求める探索チーム。自生しているとされる雪山の奥地を目指す彼らだったが、山の守り神でもある雪男は、薬草を盗み出そうとする探索チームに怒りの矛先を向ける。雪男は、彼らを一人ずつ捕らえては、喉を食い裂き、顔面を引きはがし、腕を引きちぎり、はらわたを引きずり出して惨殺していく。探索チームの面々は、雪男に恐怖しながらも薬草を独り占めしようとした末に殺し合いを繰り広げる。

「ワルをやるなら思いきり」を合言葉に、次々とハデな盗みを成功させてきた怪盗集団＜バッドガイズ＞。"天才的スリ"にしてカリスマ的リーダーのミスター・ウルフが率いるのは、"金庫破り"スネーク、"変装の達人"シャーク、"肉体派"ピラニア、そして"天才ハッカーの毒舌ガール"タランチュラだ。お尋ね者の5人組が次に狙うのは、名立たる強盗たちも奪えなかった伝説のお宝《黄金のイルカ（ゴールデン・ドルフィン）》。国立美術館で開催されるパーティに潜り込み、大胆な作戦でイルカを手に入れる----も、あと一歩のところで大失敗、逮捕されてしまう！

ボス・ベイビーと兄ティムが繰り広げた、赤ちゃんvs子犬のバトルから30年。ボス・ベイビーは今や正真正銘のエリート社長、一方のティムは2人の娘を育てる専業主夫となり、別々の人生を歩む兄弟はすっかり疎遠になっていた。ある日ベイビー株式会社に、悪の天才博士が世界征服を企んでいるという情報が入り、再びボス・ベイビーとティムの力が必要となる。その任務を伝えるため2人の前に現れたのは、新たに「ボス・レディ」に任命されたティムの娘ティナだった。ボス・ベイビーとティムは世界中の赤ちゃんを洗脳しようとする博士の計画を阻止するべく、スーパーミルクで赤ちゃん返りして潜入捜査に乗り出すが……。