最初は、ジュリア（ローラリーガン）は、友人のビリー（ジョンアブラハムズ）が子供として持っていた恐ろしい悪夢について、彼女が「彼ら」に注意することを勧めながら、絶えず黙想することを真剣に受け止めません。 しかし、賢い女の子であるジュリアは、彼女の魅力的なボーイフレンドポール（マークブルーカス）だけに興味を持ち、勉強を終えています。 彼女が悪夢を見て、影に奇妙な形を見ると、彼女は子供の頃の恐怖から戻ってきた乗客にそれを責めます。 一方、ビリーの友人の2人、サム（イーサン・エンブリー）とテリー（ダグマラ・ドミンチク）は、ビリーの不安は十分に根拠があり、恐ろしい何かが起きようとしているという感覚を揺るがすことができないと信じ始めます。 突然、ビリーを恐怖に陥れるモンスターが現実のものとなり、ジュリアは心配して彼女の恐ろしいビジョンについて語ります。 その瞬間から、ポールを含む誰もが彼女がおかしいと疑い始めます。

恋人メリンを何者かに殺害された上に、容疑者にされてしまったイグ。苦しい日々を過ごす中、彼の額に突如として角が生えだす。次第に太く大きくなっていく角に恐れおののくイグだったが、その角にどんな相手であろうとも真実を語らせてしまう不思議な力があることに気付く。角を使ってさまざまな者たちの思惑を引き出し、そこから生まれる新たな疑惑に直面するイグ。やがて事件の真相に近づいていくが、それはあまりにも悲痛で凄惨なものだった。

時は20年前。ジーン・グレイは、プロフェッサーXに底知れない能力を見出され、それを操るべく「恵まれし者の学園」に彼女の居場所を与えた。 その10年後、とある大企業の社長の息子が思春期を迎え背中に翼が生え始めた。社長、ワージントンは、息子を普通の人間に戻そうとミュータント治療薬「キュア」を作り上げた。果たしてミュータントであることは病気なのか。ミュータント達の蟠りとマグニートーの作為が人類とミュータントの戦争を起こそうとしていた。

1950年代から1960年代にかけて、哀愁漂う大きな目の子供を描いた絵画「BIG EYES」シリーズが世界中で人気を博す。作者のウォルター・キーンは一躍アート界で有名人になるものの、実際に制作していたのは妻マーガレットだった。自身の感情を唯一表現できる絵画を守るため、マーガレットは自分が描いたという事実の公表を考える。

CIAの凄腕エージェントであるFDRとタック。彼らはパートナー、そして親友としてお互いを信頼し合い、最高の成果を上げてきた。しかし、ふとしたことでローレンという同じ女性を好きになってしまったことで、その関係に亀裂が入る。二人は職権を濫用し、重要な任務だと偽って精鋭チームまで結成し、お互いのプライベートの様子を無人偵察機やスパイ衛星で監視・盗聴したり、デート中に麻酔銃で狙撃したりと、ありとあらゆる手を使ってローレンをものにしようと企み、泥沼の争いを開始するのだった。